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tyj94335625

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gaussian计算有机物NICS值判断有机物芳香性,有一些问题向各位大佬咨询一下。已有1人参与

是这样的。我照着网上查找的一些资料用gaussian 09 计算我使用的有机物的NICS值。关键词输入NMR=GIAO,使用的基组是B3LYP/6-31 + d p。考虑到我使用的有机物分子量很大,一个分子有好几个环,所以我不知道怎么确定有机物的平面,就只好先计算NICS(0),找到有机物的几何中心,在几何中心添加鬼原子,然后进行计算。一些简单的有机物比如苯,甲苯,苯酚之内的有机物很快就可以算出来,但是一些大分子有机物比如染料、抗生素,每次都计算出错,出现error270错误,尝试了很多方法仍然没有解决,我也不知道原因在哪。
我的目的是想通过计算NICS值判断有机物的芳香性。总结一下我的疑问或者问题如下:
1、大分子有机物的平面怎么确定?确定好之后怎么计算NICS(1)?
2、大分子有机物计算NICS值是否有意义?
3、计算过程中出现错误的原因是什么?
如果能提供一些帮助,感激不尽!谢谢!
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paramecium86

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【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
tyj94335625: 金币+100, 有帮助 2020-05-18 19:41:50
小红豆: 金币+50, QC强帖+1, 回帖应助 2020-05-19 15:52:42
1 若干的环如果本身不共面的话,那就得分别考虑不同环的NISC(1)值。 如果多个环整体是构成一个曲面,那就得在曲面的凸面算NICS(1) 和 凹面算NICS(-1) 也就是曲面上下各算一个值 然后分别再去讨论芳香性。因为不是平面的话芳香性在上下两个面就不一样

2 也可以讨论的。而且多环体系还可以尝试用AICD或者GIMIC画磁感应电流图去讨论芳香性。

3 出错原因光说2070 出错  没法帮你判断问题所在。你得找到真正的出错信息
gaussian计算有机物NICS值判断有机物芳香性,有一些问题向各位大佬咨询一下。
QQ截图20200518030937.png

2楼2020-05-18 15:15:31
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tyj94335625

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-05-18 15:15:31
1 若干的环如果本身不共面的话,那就得分别考虑不同环的NISC(1)值。 如果多个环整体是构成一个曲面,那就得在曲面的凸面算NICS(1) 和 凹面算NICS(-1) 也就是曲面上下各算一个值 然后分别再去讨论芳香性。因为不是平 ...

非常感谢您的回答,很受用。我计算有机物NICS值的目的,仅仅只是将它作为有机物的一个参数,用来构建QSAR模型用的,而且我使用的大分子有机物有几十种,每个有机物单独讨论其芳香性的话也不现实。在这种设定的情况下,快速有效的计算每个有机物的NICS值是我追求的目标。根据您的回复,有以下几个问题还想向您请教一下:
1、在一个多平面的大分子有机物中,怎么确定每一个环的平面中心并计算每一个平面的NICS值?
2、多平面分子的每一个平面的NICS值计算出来之后,怎么讨论分析所有平面对该有机物总的芳香性的影响(如何确定该有机物最终的NICS值)?
3楼2020-05-18 22:58:16
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paramecium86

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小红豆: 金币+20, QC强帖+1, 回帖应助 2020-05-19 15:52:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by tyj94335625 at 2020-05-18 09:58:16
非常感谢您的回答,很受用。我计算有机物NICS值的目的,仅仅只是将它作为有机物的一个参数,用来构建QSAR模型用的,而且我使用的大分子有机物有几十种,每个有机物单独讨论其芳香性的话也不现实。在这种设定的情况 ...

1 你可以自己根据环上每个原子的坐标自己来求几何中心(解析几何),当然也可以借助软件比如 Multiwfn, 可以看这篇 http://sobereva.com/261

2 具体我并不做这个方向。你得查类似的文献。我也是看文章看到过。比如这篇 https://doi.org/10.1039/C6RA03246J
4楼2020-05-19 00:07:23
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paramecium86

版主 (著名写手)

另外 衡量芳香性的方法有很多 可以参考 http://sobereva.com/176
不过NICS已经是算是比较快捷的方法了。
5楼2020-05-19 00:09:26
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