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边城雪新虫 (初入文坛)
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QE输出的矩阵元有很多的NaN已有1人参与
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大家好，我用qe-6.3里的bands.x执行文件计算matrix elements of the momentum operator p between conduction and valence bands(需设置lp=.true.)， 计算步骤是 pw.x <scf.in>scf.out pw.x <band.in>band.out bands.x <bands.in>bands.out 在第二步band.in的输入文件中，如果我使用的K点比较密的话，比如： K_POINTS {crystal_c} 3 0.00 0.00 0.00 0 1.00 0.00 0.00 45 0.00 1.00 0.00 45 输出的matrix elements就会有很多的NaN(not a number)； 但如果我用较疏的k-mesh,比如 K_POINTS {crystal_c} 3 0.00 0.00 0.00 0 1.00 0.00 0.00 15 0.00 1.00 0.00 15 输出矩阵元素都可以正常显示，我试了不同的服务器，结果都是如此，我也查询了一些资料，大多认为是数学库对角化的问题。但我不明白为什么会和设置的k点疏密有关？大家有计算这个或者遇到此类问题的吗？希望大家给一些建议，任何指点建议都可以，谢谢~ |
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边城雪
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漫天飘雪: 回帖置顶 2019-01-28 15:47:55
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哈哈，这个问题解决了，刚存够了15个金币，可以回帖了，所以现在才来说一下。。。 我用的是intel2017+impi编译的 configure --prefix=soft/QuantumEspresso/qe-6.3 --with-scalapack=intel CC="icc" FC="ifort" F77="ifort" MPICC="mpiicc" MPIF90="mpiifort" 这样设置的话，BLAS会自动链接 BLAS_LIBS=-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core 问题就出在-lmkl_sequential身上，我手动链接BLAS_LIBS=“-L/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core" 就可以了 不过make.inc有几个地方也需要改动一下： 将-qopenmp添加到FFLAGS和LDFLAGS， FFLAGS="-O2 -assume byterecl -g -traceback -qopenmp" LDFLAGS="-static-intel -qopenmp" 我是看其他人的make.inc文件这样的设置，不过他告诉我，他的也是qe自动寻找链接到的这些数学库，我在好几个超算中心测试，自动链接到的都是-lmkl_sequential，虽然这样链接对qe大部分计算没有问题，但是lp=.true.时计算matrix elements of the momentum operator p就会出现矩阵元为NaN的情况，所以我需要手动强行链接-lmkl_intel_thread 。 |
4楼2019-01-27 00:31:57
漫天飘雪
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2楼2019-01-23 08:20:10
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3楼2019-01-24 19:36:20
边城雪
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5楼2019-01-27 00:35:31
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