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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼2009-05-02 11:11:38
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用vmd查看的坐标文件，如果是同一个个结构的连续变型，譬如说，碳纳米管的拉伸，要看到拉伸的整个过程，我已将xyz坐标文件的开头写上这根碳纳米管的原子个数，然后空一行，然后第一列是大写的C，第一步就是没拉伸的碳纳米管结构，第二步的结构就很乱，有些键应该断掉，但是还连着。是否在VMD中有断键的设置？
就是说两个原子超过多大距离以后就没有键了，不知道怎样能解决。
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35楼2009-07-26 10:53:37
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tangjikede

新虫 (小有名气)
Thanks.
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37楼2009-08-02 15:16:24
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问怎样把连续变化的结构变形，制作成动画，现在只能通过手动拉动滑条看到。我想用VMD 里extensions -->Visualization ---> Movie maker. 但是点击 Make movie 后只自动生成一些bmp 文件，会弹出一条信息，Program not found  could not locate 'videomach.exe' ......, 是否缺了一些东西，
不知道怎样能制作一个视频频文件，然后就可以自动播放卡看到整个过程。
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38楼2009-08-02 15:29:12
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tangjikede

新虫 (小有名气)
thanks
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41楼2009-08-05 21:48:50
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我刚下载了一个VMD187，安装了后怎么点击后，闪了一下一个黑框就没了，是电脑系统的原因吗

[ Last edited by tangjikede on 2009-8-7 at 11:31 ]
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42楼2009-08-05 21:51:15
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我用VMD的movie maker时，当用videomach去将那些bmp图片连起来后，放映动画时会有一个字幕，Produced with videomach，下面还有一个网址， 怎样才能去掉这些字。或者还有其他软件能实现吗。
还有vmd图片中的坐标系是否可以去掉。谢谢。
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45楼2009-08-17 13:40:44
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
怎样在VMD中标记一些原子，譬如说我想把一个结构的端部的原子，用另外一个颜色标记。
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52楼2009-08-18 10:48:14
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tangjikede

新虫 (小有名气)
谢谢
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54楼2009-08-24 12:47:26
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
vmd显示的结构的背景怎样改成白色的阿，这样复制到word 里比较好看一些，我看
display-->background 里只有两个选择，那个solid color 不能再设置了。不知道在那里设置，谢谢
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75楼2009-09-11 14:29:49
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tangjikede

新虫 (小有名气)
非常感谢您！
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79楼2009-09-12 15:48:46
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