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NAMD 模拟一个蛋白和两个配体的复合物的问题已有2人参与
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在生成复合物的pdf文件时，两个配体的坐标全部变成了0 我是在一个网站http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/namd_tutorial.html上生成的两个小分子配体的top文件，连同namd教程里面的蛋白top文件，一共三个一起用的 package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp SAM_F1C6C3.rtf UNN_FC2F37.rtf pdbalias HIS HSD pdbalias atom SER HG HG1 pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD segment A {pdb complex.pdb} coordpdb complex.pdb A guesscoord writepdb complex_autopsf.pdb writepsf complex_autopsf.psf |
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