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PYMOL软件的中文教程，想模拟核酸的结构。
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请大神指教：PYMOL软件如何模拟核酸的高级结构？ |
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hclwonder
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pymol只是用来view，本身不能做模拟。另外，蛋白的同源模建相对成熟，DNA/RNA的结构预测不常听说。 发自小木虫Android客户端 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2018-03-12 20:53:29
送红花一朵|
谢谢，我刚刚接触PyMOL，想用这款软件做一个核酸的高级结构的图。论文上还说需要pdb文件，我就有点懵圈。昨天问了一个师兄，说PyMOL还涉及python语言，不知如何入手  不知您有什么好的建议吗？发自小木虫IOS客户端 |
3楼2018-03-13 08:18:42
hclwonder
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不需要会Python。pdb文件就是记录了structure信息的文件，用pymol打开留可以看到结构了。可以去rcsb pdb网站search&download，一定是有一些核酸结构的，但不一定找得到有你恰好需要的序列。 发自小木虫Android客户端 |
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4楼2018-03-13 08:50:07
送红花一朵|
如果我想看一下我自己设计的一段序列的结构，如何生成pdb文件呢？我看论文里面写的是先用X3DNA program生成PDB file,然后做了一些修饰后，用PYMOL出了一张图。我目前想重复一下这个过程   发自小木虫IOS客户端 |
5楼2018-03-13 09:48:38
hclwonder
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嗯那就是用x3dna这个程序先预测你核酸的结构，得到结构文件比如pdb格式，然后用pymol打开view并做图。 但我找了下x3dna这个网站，我这里的网打不开。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2018-03-13 10:04:20
7楼2018-03-13 10:15:37
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