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dovekk2009

新虫 (小有名气)

[求助] 淀粉-蛋白质-脂质三者相互作用的分子模拟

我想做淀粉，蛋白质和脂质三者的相互作用的分子模拟，看到琳琅满目的软件蒙了。。不知道选择哪种分子模拟软件比较合适，求大神指教！
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1楼2018-01-20 19:25:17
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lytclpf

新虫 (正式写手)
看上去好大的体系，你准备模拟体系有多少原子

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2楼2018-01-20 19:47:59
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dovekk2009

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lytclpf at 2018-01-20 19:47:59
看上去好大的体系，你准备模拟体系有多少原子

我刚开始接触，就是想模拟一个淀粉片段，差不多18个葡萄糖残基，葡萄糖采用β-乳球蛋白，PDB里面有，脂质采用一个棕榈酸分子就可以了。Gromacs是不是比较适合？我是学食品的，专业不是分子模拟的，我看着分子模拟的那些原理好复杂，我还能学得会吗。。。。
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3楼2018-01-21 09:57:01
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hclwonder

新虫 (正式写手)
脂质一个分子就够了吗？gromacs当然可以，但估计需要你捣鼓一段时间。

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4楼2018-01-21 10:07:46
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dovekk2009

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2018-01-21 10:07:46
脂质一个分子就够了吗？gromacs当然可以，但估计需要你捣鼓一段时间。

能加个微信或者QQ吗？想跟您请教一些具体问题
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5楼2018-01-21 10:25:56
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dovekk2009

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2018-01-21 10:07:46
脂质一个分子就够了吗？gromacs当然可以，但估计需要你捣鼓一段时间。

是从头开始学习分子模拟的基本理论还是直接学习Gromacs的使用呢，我们老师说如果我会用了给实验室买个服务器专门做这个。。。。
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6楼2018-01-21 10:27:20
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dovekk2009 at 2018-01-21 10:27:20
是从头开始学习分子模拟的基本理论还是直接学习Gromacs的使用呢，我们老师说如果我会用了给实验室买个服务器专门做这个。。。。...

建议先了解最基本的原理，然后就上手软件，边练习边学理论

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7楼2018-01-21 15:47:31
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雷子是什么

新虫 (初入文坛)
分子动力学模拟专题培训 两个课程
课程一GROMACS分子动力学模拟课程
GROMACS基础  1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余
GROMACS入门操作的Linux基础命令
1 GROMACS入门操作基础   实例操作：编译安装GROMACS
2 GROMACS建模——掌握基本操作流程  实例操作：GROMACS基本建模工具使用
GROMACS建模计算  1 GROMACS计算——熟练掌握GROMACS计算一整套流程，为模拟蛋白做铺垫  实例操作：建立水-甲醇-离子混合特定浓度溶液
实例操作：模拟水-甲醇-离子混合特定浓度溶液（加电磁场）
3  GROMACS数据分析  1 GROMACS数据分析  实例操作：提取各种数据、分析
4，生物大分子建模  1 生物大分子建模(以二氢叶酸还原酶为例) 2 复杂体系建模：蛋白配体复合物(以蓝光受体BLUF为例)  实例操作：多肽分子在水溶剂环境下的建模练习。重点包括二硫键处理，氨基酸质子化状态处理，构建拓扑文件，添加周期性水盒子，添加平衡离子
实例操作：模拟多肽分子的动力学过程。包括能量最小化，跑NVT， NPT平衡
5，数据分析  1 查看动态轨迹(采用VMD软件)
分析工具使用  实例操作：包括在VMD中查看可视化的动态轨迹，分子轨迹的RMSD，计算回转半径、平均结构等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析
课程二  AMBER分子动力学模拟
1，分子动力学原理  课程1 分子力学（力场）  课程2 能量优化的常用方法   课程3 分子动力学
2， Linux与AMBER和模型构建  课程1 Linux基础  课程2 AMBER软件简介  课程3 模型文件的预处理  上机实践：AMBER实例：蛋白-配体复合物的预处理平行实例：环糊精主客体复合物的预处理
3，MD模拟  课程 能量优化、分子动力学模拟  上机实践：AMBER实例：能量优化、分子动力学模拟 （蛋白体系、环糊精体系）
4，能量计算、 结合自由能计算  AMBER实例：结合自由能计算 （蛋白体系、环糊精体系） AMBER实例：结合自由能分解计算 （蛋白体系、环糊精体系）
5，轨迹分析 课程 分子动力学轨迹分析  AMBER实例：分子动力学轨迹分析 （蛋白体系、环糊精体系）
6，ASMD模拟  课程8ASMD  AMBER实例：ASMD模拟 （蛋白体系、环糊精体系）
课程链接：http://flac3d.cn/hdp/jdy.html
联系人：焦东阳   联系方式：18911922251  QQ：1652826636
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8楼2018-01-23 15:46:41
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庸人自扰zf

新虫 (初入文坛)
楼主现在做的怎么样了 能否加个qq呢 我想跟您探讨一下 我也是学食品的 打算往这个方面靠靠  看能不能做
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9楼2018-08-29 14:12:17
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dovekk2009

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 庸人自扰zf at 2018-08-29 14:12:17
楼主现在做的怎么样了 能否加个qq呢 我想跟您探讨一下 我也是学食品的 打算往这个方面靠靠  看能不能做

好的，471728920qq

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10楼2018-10-23 12:02:34
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