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分类	共搜索到 25 个相关话题(最多显示前5000个)	作者	最后发表

分子模拟	分子动力学模拟及其LAMMPS实现对于大多数力场非键结势能用lj12/6描述。对于键结原子之间的相互作用则通过键结势函数进行描述。键结相互作用分为键能（bond），键角能（angle），二面角能（dihedral），离平面能...	luyaobao	2022-05-22 06:58
分子模拟	分子动力学简介（十分钟版）一般分子的起始构型主要来自实验数据或...4）结构输入文件得到了，我们还需要力场参数输入文件，也就是针对我们系统的力场文件，这通常由所选用的力场决定，比如键参数和非键参数等势能函数的...	fchenfeng	2021-07-29 08:55
分子模拟	Materials Studio工具模块介绍包含的力场类型增加到253个(COMPASS229个)，参数及...建立原子和化学键与聚合物性质的关联，因此，它可以预测由碳、氢、氧、氮、硅、硫、氟、氯和溴组成的所有聚合物的性质，而不受基团贡献...	可爱草莓	2021-07-26 07:26
分子模拟	分子动力学简介一般分子的起始构型主要来自实验数据或...4）结构输入文件得到了，我们还需要力场参数输入文件，也就是针对我们系统的力场文件，这通常由所选用的力场决定，比如键参数和非键参数等势能函数的...	可爱草莓	2021-07-22 09:40
仿真模拟	模拟软件介绍小汇总可以研究:分子能量和结构,过渡态的能量和结构,化学键以及反应能量,分子轨道,偶极矩和多极矩,原子电荷和电势,振动频率,红外和拉曼光谱,NMR,极化率和超极化率,...3Body,EAM,AMBER等63个力场可...	李鸿忠	2019-03-07 08:14
分子模拟	非键力场参数数据请问MS虫子高手，如何从MS软件里导出非键力场参数数据？例如水分子的O与H原子	staventchoke	2018-11-13 02:34
分子模拟	写给MS新手：Materials Studio软件常见问题与解决方案（2018年06... （3）ms界面顶部edit→atomselection中，可通过以元素种类、化学键数目、电荷数目、力场类型等等，选取模型中全部满足要求的原子，...在实际的计算参数设置中，直接从ms的预设值中选取即可，没...	月只蓝	2017-04-13 06:58
第一性原理	NL-ATK 2016 新版发布新的MD框架可以实现自定义结构限制（例如：使用简单力场作为限制）根据NEB反应路径的斜率快速估算HTST速率的指前因子...Fuzzfactor：控制原子间连键的显示与否三维中多个光源...	sxj9420	2016-07-29 01:33
硕博家园	拉曼如果键能对应的波数在100cm-1以上，估计是可以的，现在比较新...十六、在测量拉曼光谱仪的灵敏度参数时，有人提出，单晶硅的三阶拉曼峰的强度跟硅分子的取向(什么111，100之类)的有关，使用...	1096264429	2015-12-10 11:09
分子模拟	用隐式溶剂进行MD，能量最小化参数设置问题近期采用隐式溶剂GB模型和charmm力场在namd软件平台上进行MD模拟（溶质为：多肽），在第一步能量最小化时，对得到的log文件进行...nonbondedforcesevery2step（设定每隔多少步长计算一次非...	小小刘亚男	2015-04-22 10:52
分子模拟	求助：请问Gromacs里如何添加SiO2？我看有文章用Gromacs里的CHARMM力场做了quartz层进行模拟。...我照着一篇文献里的.pdb（单体）数据，添加原子类型，再把pdb里的residue添加到.rtp里，然后定义键和非键作用参数，用pdb2gmx能把...	吉米爱多	2015-01-22 01:46
程序语言	利用MATLAB/Origin拟合数据方程，求参数（这两天在看力场参数化的东西，怪不得老板上学期非让我看遗传算法方面的东西，原来就是这里的力场优化拟合能用到）...快捷键F9，在Function栏输入函数形式，输完后，一定要点击最右边的那个...	gaupay	2014-06-21 03:18
分子模拟	使用联合原子力场，计算体系液体密度和蒸发，lammps的输入文件该... 用TraPPE-UA力场，LJ势能函数，分子内有六个联合原子基团，...计算液体密度和蒸发焓，与实验数据比较，然后调整某一基团的非键L-J参数，再计算密度和蒸发焓，不断调整，直到达到可以接受误差...	gx730	2014-01-06 03:22
分子模拟	要用MD拟合力场非键参数，lammps 和DL_POLY哪个比较好用又比较... 主要是计算液体密度和蒸发焓与实验数据比较之后，再重新调整力场参数，再计算液体密度和蒸发焓我要修正的力场TraPPE-UA力场里的一个基团的非键L-J参数	gx730	2014-01-04 03:40
量子化学	大体系弱相互作用计算的解决之道以及后来重新参数化而成的RM1和PM6，对于弱相互作用都比较...改进了其上一代PM6存在的一些缺陷，从统计数据上看热力学性质计算并没什么显著提高，但是这次在训练参数的过程中着重地考虑了弱...	sobereva	2013-12-17 07:41
分子模拟	Materials Studio 7.0 新版本发布非键相互作用：引入Particle-Particle-ParticleMesh(PPPM)Ewald非键方法处理静电相互作用。PPPM方法使用离散傅里叶变换来计算Ewald加和的倒易空间部分，可以提高大体系Ewald加和的速度，...	创腾科技	2013-12-04 03:00
分子模拟	学习TOWHEE的经验和感悟如controlstyle只对输出参数的形式有影响，可通过自己想要...nonbond，仔细核查了输入文件都没有发现问题，总以为是力场里非键参数的问题，结果只是格式出错了，解决办法如下：在linux下运行：...	gx730	2013-11-26 08:12
功能材料	【转帖】拉曼问题汇总：拉曼光谱百问解答总结！如果键能对应的波数在100cm-1以上，估计是可以的，现在比较新...十六、在测量拉曼光谱仪的灵敏度参数时，有人提出，单晶硅的三阶拉曼峰的强度跟硅分子的取向（什么111，100之类）的有关，使用...	atib0539	2012-08-22 12:02
分子模拟	【原创】LAMMPS手册中译版学习,Lammps_安装步骤详解,LAMMPS版本... 我们需要为LAMMPS输入一系列的原子类型，原子坐标，分子拓朴信息和所有原子与键的力场参数。LAMMPS不会自动的为我们创建分子体系与力场参数。对与原子体系，LAMMPS提供了creat-atoms命令来...	御剑江湖	2011-03-24 02:31
第一性原理	【转帖】POTCAR文件详解赝势文件可以理解为分子力学模拟中的力场文件，但包括的信息更多。VASP4.6将各元素优化的INCAR里的参数...PWPerdew-Wang86LMLangreth-Mehl-Hu91Perdew-Wang91QCOR-非价键电子数（core...	Prettyswan	2010-11-17 10:21
分子模拟	【转帖】一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具原子间势参数数据库：'http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials'Stuttgart赝势参数数据库：'http://www.theochem.uni-stuttgar'.ls/...支持gromos87/96力场，支持结构优化。...	gxhfly	2010-08-05 09:04
无机/物化	【分享】好多虫虫在求助Hyperchem 最新版 8.07版有序列号纳米盘... 原子电荷，HOMO-LUMO能隙，电离势，电子亲和力，偶极矩，电子能级，MP2电子相关能，CI激发态能量，过渡态结构和能量，非键相互...数据库，Charmm蛋白质模拟，半经验方法TNDO，磁场中分子计算...	汩汩小怪	2009-12-04 01:49
第一性原理	【转帖】VASP 初学者必读一般如非必要，可以先用自动模式生成k点，VASP会自动生成一个简约化后的k点矩阵，存于IBZKPTfile，可以直接复制里面的数据到...选择POTCAR赝势文件可以理解为分子力学模拟中的力场文件...	顺水	2009-08-21 08:03