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chenxin1992

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[交流] 最小能量路径搜索软件MEPsearcher发布已有4人参与

简介

MEPsearcher基于string计算方法，用于搜索二维全局离散势能面上的能量最小路径Mminimun Energy Path(MEP),通常MEP可以完整揭示反应机理。过渡态、活化能等信息可以从MEP中获取。能量最低路径的搜索可以利用于蛋白质折叠、化学反应、相变等过程的机理研究。

下载地址: https://github.com/chenxin199261/MEPSearcher
具体信息请参考: http://chen-xin.tk/blog/index.php/archives/44/
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使用方法
1. 准备文件

你只需要准备两个输入文件，势能面文件PES.data，初猜生成文件guess.data。

势能面文件写成三列X Y Energy即可。可参考test文件夹中PES.data格式

准备初始猜测需要对势能面有一定的直观感觉，给出起始点、终止点以及初猜珠子(beads)的个数。

2.参数设定

需要进入MEPsearcher.py中对参数进行设定，只有三个参数需要测定，分别是最大迭代次数，收敛限以及优化步长。

最大迭代次数，Max_iter默认1000步，可以根据具体需要调大或者调小。

收敛限，用与上次优化结果的距离差加和表示。Tol默认1e-5,beads过多，可以适当调小、调大这个值。

优化步长值，h，是最速下降优化方法一个必需参数。这个值的设定麻烦些。过小导致优化缓慢，过大导致直接优化到势能面错误的区域。需要使用者反复调试。希望在下一个版本中，能启用其它不需要步长的优化方法。

3.运行

赋予MEPsearch.py执行权限

chmod +x MEPsearcher.py

直接运行

./MEPsearcher.py

计算过程每隔50步迭代，会打印在屏幕上。
运行结束后，产生out.data文件。
这个文件存储了MEP的最终结果。分三列表示，分别为:
X Y Energy

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运行结果

Graph1.jpg

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