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wearethefire

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于分子优化的问题,向各位请教 已有2人参与

大家新年好。
本人不才,做分子优化没能做出文献上的结果。
多番尝试后终于鼓起勇气向大家请教。
首先是我要模仿的实验部分
关于分子优化的问题,向各位请教
关于分子优化的问题,向各位请教-1
关于分子优化的问题,向各位请教-2
以下是我的优化
初始结构
关于分子优化的问题,向各位请教-3
结果 根据文献的DFT B3LYP 6-31+G(d,p)模拟 文件在附件
关于分子优化的问题,向各位请教-4
关于分子优化的问题,向各位请教-5
优化后出现了芳香键?而且总体能量也跟文献有较大差别。
向大家请教!


作为论坛新人,在此自我介绍一下
本人不才,仅是一中药学大四学生,在化学方面实在是一知半解。
来到量化版的原因是接受了老师的实验任务需要进行一些简单的优化及计算,
但是在一开始的初步优化便撞墙了
弱弱的说一下,由于优化没有复杂要求,一直都是直接在G view上面做的,图形化界面比较简单
请谅
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不取俗名

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by wearethefire at 2016-02-18 12:44:28
可能这个键没有意义,但原文的优化结果没有,这个让我很纠结
...

你还是没听懂我说的,这只是个显示的问题,你可以自己调整,理解了吗

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6楼2016-02-18 12:49:24
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普通回帖

wearethefire

新虫 (初入文坛)

2楼2016-02-17 19:57:53
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wearethefire

新虫 (初入文坛)

wearethefire: 回帖置顶 2016-02-17 21:25:17
原来要在论坛上传...
3楼2016-02-17 19:59:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不取俗名

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1.我推测,你所谓的芳香键指的是CN间,但是值得注意的是,判断是否是芳香键远没有想象中那么简单,这边出现键的模式,仅仅是一个软件的阀值自动判断的,也就是说并没有特别强的理论意义

2.我还是推测,你说的能量和文献差别很大,是不是你没有换算单位,要知道,文献中所使用的是kcal.mol-1,而我们计算得到的是a.u.,需要进行换算

发自小木虫Android客户端
4楼2016-02-18 11:21:08
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wearethefire

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-18 11:21:08
1.我推测,你所谓的芳香键指的是CN间,但是值得注意的是,判断是否是芳香键远没有想象中那么简单,这边出现键的模式,仅仅是一个软件的阀值自动判断的,也就是说并没有特别强的理论意义
2.我还是推测,你说的能量和 ...

可能这个键没有意义,但原文的优化结果没有,这个让我很纠结

发自小木虫Android客户端
5楼2016-02-18 12:44:28
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wearethefire

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-18 11:21:08
1.我推测,你所谓的芳香键指的是CN间,但是值得注意的是,判断是否是芳香键远没有想象中那么简单,这边出现键的模式,仅仅是一个软件的阀值自动判断的,也就是说并没有特别强的理论意义
2.我还是推测,你说的能量和 ...

请教一下,原文的总能量下降的图表和我优化的图表单位是一样的吧,但是为何从头到尾能量差别挺大的

发自小木虫Android客户端
7楼2016-02-18 12:51:28
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wearethefire

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-18 12:49:24
你还是没听懂我说的,这只是个显示的问题,你可以自己调整,理解了吗
...

这下子明白了,非常感谢,不过这样的修改在论文中可以用吗

发自小木虫Android客户端
8楼2016-02-18 12:53:10
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不取俗名

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这样的原因很多,最大的可能是建模,另外你可以查看你的这个结构是否是稳定结构,通过查看虚频

发自小木虫Android客户端
9楼2016-02-18 12:54:15
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不取俗名

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wearethefire at 2016-02-18 12:53:10
这下子明白了,非常感谢,不过这样的修改在论文中可以用吗
...

当然可以,这本身就是软件的局限性造成的

发自小木虫Android客户端
10楼2016-02-18 12:54:44
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