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[资源] 【专家一席谈】电镜随谈之二:DigitalMicrograph Demo版的使用

关于DigitalMicrograph Demo版的使用

用过Gatan公司的CCD相机的朋友应该都接触过DigitalMicrograph(下面简称DM)这个专用的电镜软件,一般用这类相机记录的照片都建议存为dm3的默认格式,这样能最大程度的保存照片的信息,对于后续处理很有益处。
但由于DM这个软件不是免费的,所以很多使用者为了使用方便,最后总是要转换成JPEG或者TIFF格式,这就对测量、做FFT、做像处理和其他相关操作带来了不便。Gatan公司注意到这点,并希望有更多的人能为这个软件的功能开发做出贡献,放了一个Demo版的软件在自己的主页上,这个版本就是网上流行的DM demo版。如果您还没有这个软件,可以到如下网址里去找,小木虫里就有:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=426335&fpage=3
上面这个链接似乎有点问题,不过现在已经有了完整版,请点击下面的链接即可。没必要去下这个了:
DigitalMicrograph完整版

大家也可以看一下这个帖子的7楼:
http://bbs.mse.tsinghua.edu.cn/b ... 3D1&page=1&
后来随着版本的改进,改成了如下网址所说的那样,分成两个文件,使用30天就失效。据说使用时是拥有所有功能的,但我试着去下载,有些链接似乎失效了,无法得到相应的文件,无法确认上述说法。
http://www.jdcsh.com/productshow.asp?SmallClassID=105

[ Last edited by zhangwj on 2011-9-24 at 16:26 ]
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tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:24:59
这个demo版解压缩即可使用,版本号如下:


这个软件的基本功能,其实Gatan公司在2005年的一次讲习班上已经有了比较详细的论述,具体内容可以到下面这个帖子的10楼去下载:http://bbs.mse.tsinghua.edu.cn/b ... 3D1&page=1&

我这里就不详细论述,单就版友经常问的几个基本问题说一下我的做法,如果有人有更好的办法,请不吝赐教,俺也好学习学习。

[ Last edited by temedx on 2009-4-13 at 13:10 ]
2楼2008-10-08 16:54:56
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tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:25:02
1. 这个版本的基础功能基本都有,就是不能直接存文件或者转存为其他文件格式。
这个倒是好解决,打开一个dm3的文件,鼠标点中图片,点右键选copy这个选项,而后paste到powerpoint(2003版以上)的空白文件里(或者photoshop里面),而后在powerpoint的文件里,同样点选鼠标右键,选“另存为图片”,这个时候就可以调整图片大小并存为其他格式,比如JPEG,TIFF等等。



另外,注意在copy之前,最好用右边“standard tools”里面的放大镜点击图片,放大之后不要点最大化按钮,这时再copy,就能保证尽量大的像素。关于这个问题,这个帖子,里有详细论述:
http://www.instrument.com.cn/bbs/shtml/20080524/1274229/
还要注意的一点是:copy时要把scale bar(标尺)完全露出来,否则有可能会在paste到其他软件后失去原标尺的数字。

[ Last edited by temedx on 2009-4-13 at 13:12 ]

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3楼2008-10-08 16:56:10
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tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:25:09
2. 上面说过,很多人手头可能没有dm3格式的文件,那么用demo版的DM如何去做图像的测量等操作呢?我这里用一张介孔材料的JPEG图片为例做一下图示:
a) 用DM demo软件打开图片:



b) 用放大镜工具对标尺部位放大两次,并拖动到图片中央:



c) 用ROI tools里面的虚线对准标尺,拉出同样长度的一条虚线:



d) 点选菜单Analysis下面的calibrate,这个时候会出现一个对话框,选nm,并填写50(根据原图片标尺变化),点击Ok后,这个图片就有了自己的标尺。



另外,如果你要标定的是衍射花样,那么就是拉已知d值的衍射点到中心斑,同样操作,但最后的单位选1/nm,填写的数字是所拉线段对应的长度(nm)这样就是倒易空间的标尺了

e) 这个时候再去量任意两点之间的距离,就不是一个数字,而是有了nm的单位,注意control对话框的L的数值和单位(如果没有看到control对话框,那么到菜单window-floating windows里面点击show all):



[ Last edited by temedx on 2009-4-13 at 13:17 ]
4楼2008-10-08 16:59:18
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tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:25:12
3. 虽然有了标尺,这个图片可能还无法做FFT,这就需要对图片的数据格式进行修改:在菜单Edit里面有一个change data type的选项,点选之后会出现如下对话框:



如果开始的格式是RGB或者其他格式,那么改成Integer,bytes选4即可,不论问什么一律确认。这时再点选ROI tools里的虚框,按下Alt键的同时拉一个正方形的范围,再点菜单Process里的FFT,结果出来了:



这个FFT的花样和衍射一致,拉虚线测量,看control的L结果已经是1/nm这个单位,接下来的工作就和衍射花样的标定一样了。

这个FFT花样也同样能做像滤波处理,具体可以参看这个帖子:
http://www.instrument.com.cn/bbs/shtml/20051219/304863/

[ Last edited by temedx on 2009-4-13 at 13:18 ]
5楼2008-10-08 17:01:18
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DM demo不需要安装,找到DM的运行文件双击即可。
38楼2008-10-13 20:44:14
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★ ★
wdwsnnu(金币+2,VIP+0):3x
tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:25:39
引用回帖:
Originally posted by xiaohaier at 2008-10-13 18:55:
这个软件怎么安装呀,Gatan DigitalMicrograph (DM),怎么安装完就没有任何提示了呢,有谁知道怎么回事吗?先谢过

这个软件小木虫里面也有:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=426335&fpage=3
不需要安装,都下载到一个文件夹,点任意文件解压缩到当前文件夹,找到DM的运行文件,双击运行即可。

我已经更新了帖子,在顶楼就能看到。
42楼2008-10-17 13:04:08
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谢谢kqy920的支持,呵呵。等某位牛人的大作很久了,什么时候出炉啊?
50楼2008-11-04 14:31:38
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谢谢您的支持,粉丝没有,蒙古宽粉要不要?
52楼2008-11-14 10:36:33
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现在这个帖子似乎有点问题,不过纳米版现在有更好的完整版本:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1116111&fpage=1
good luck!
62楼2009-01-08 14:35:29
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谢谢各位支持,看来很多人都有正版DM,用不着这个demo的攻略,呵呵。
65楼2009-04-07 09:36:44
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怎么图片失效了?早知道就传到自己的空间了,晕!我还没有备份!!!
66楼2009-04-07 16:05:10
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终于找到备份图片了,图片地址是emuch的自身地址,应该不会失效吧。
67楼2009-04-13 13:19:59
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引用回帖:
Originally posted by lqzjf121323 at 2009-4-15 09:28:

为什么要“用放大镜工具对标尺部位放大两次,并拖动到图片中央:”,放大的目的和原理是什么

这个是保证你copy到其它软件里的图片标尺完整,否则就没有数字了。
70楼2009-04-15 10:53:57
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我记得仪器信息网透射电镜版面有的,不过记不清具体内容了,Gatan的培训班的讲义里面也有,可手头找不着,sorry。
81楼2010-12-10 14:01:23
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引用回帖:
Originally posted by 迷失人生 at 2010-12-29 21:56:11:
您好
请问我也是刚接触DigitalMicrograph1.6.2软件
前几天我偶然点了Histogram工具,发现我之前的TEM照片变得清晰了
请问我这样算是学术造假吗?
图片只是想用在中文文章里
详情请见下图:
[eimg]b0/d5/820 ...

我没有具体看过介绍。个人理解是:这个是一种调节对比度的方法,也就是说通过去除没有信号强度的亮度范围,相对提高了对比度的大小,这种方法Gatan公司也有过介绍,可以使用,不要担心作弊的问题。
88楼2010-12-30 19:42:20
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引用回帖:
Originally posted by 迷失人生 at 2010-12-31 11:34:31:
已经用文件粉碎机处理掉了

呵呵,谢谢提供资讯!
91楼2010-12-31 13:29:37
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tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:27:22
引用回帖:
Originally posted by 迷失人生 at 2010-12-31 11:16:33:

这下我放心了
还有个疑问哈
我在用着软件的时候,在桌面保存了一个dm3的文件
可是现在删除不了了
就1M多,360也清理不了
一碰就不响应
系统是vista home basic
怎么办?
不知道别人有没有碰到 ...

但是请注意,如果这样调节之后,最好另存为一个其他文件名,否则有可能该图片无法再调节亮度和对比度.....
92楼2010-12-31 13:31:32
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tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:27:27
FFT是通过高分辨得到的,那么自然不用去管相机长度,可以直接从高分辨来得到相应的标尺,只是这个标尺单位是nm的倒数。你可以在变换后,直接测量中心点到衍射点的距离,取量取长度的倒数,即可得到d值。
98楼2011-06-02 07:55:46
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引用回帖:
103楼: Originally posted by 毛猴 at 2011-12-01 14:01:11:
好东西,不过不是太全面。

哈哈,今晚我们课题组培训使用这个软件,先看哈您的资料。

的确不全面,只是涉及最基本的功能,如果有谬误或者其他补充,欢迎指点!
105楼2011-12-05 00:25:00
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引用回帖:
108楼: Originally posted by LJ33070314 at 2012-02-09 22:07:43:
多谢楼主的指点,我也是今天刚刚装上这个软件,有个问题,你的FFT图为什么那么大,而我按照你的指点去做,FFT图却很小,而且后来测的两点之间的距离也不对劲,望楼主不吝赐教

1. FFT的图标尺是标定好的吗?最好是dm3格式。
2. 建议用reduced fft,可能会好些。
109楼2012-02-10 09:34:39
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tt.yao: 取消置顶 2012-10-24 09:24:30
引用回帖:
17614182楼: Originally posted by gubinpy at 2012-04-16 00:23:11:
temedx老师,您好。学生现在做非晶结构的研究,刚接触DM软件,有两个问题:
1如何确定非晶衍射环的圆心
2如何从线强度分布图上导出数据
3利用软件得到的线强度分布是图像显示的亮度吧?这可以代表实际的衍射强 ...

已经答复,谢谢您的鲜花。
116楼2012-04-16 09:00:34
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tt.yao: 取消置顶 2012-10-24 09:28:04
tt.yao: 回帖置顶 2012-10-24 09:28:14
引用回帖:
17622257楼: Originally posted by yanjunqing at 2012-06-01 18:50:00
temedx老师,你好,问你个问题哈,我也是刚接触DM软件,
下面是我的一个Ag3PO4高倍电镜,我选中了一块区域做了FFT,请问这个FFT能给出什么信息呢?
19/9a/615543_1338548049_617.jpg
06/91/615543_1338548062_59 ...

您好!FFT只是将HRTEM局部做傅里叶变换,得到的是衍射信息,如果要分析FFT,首先要给出FFT选择的区域(一个方框),另外,选择时,最好选择结晶度一致的区域,而不要选择多晶区域。比如可以选择中间靠左那个颗粒的左上角,变换之后,可以按照我说的步骤标定带轴即可。
120楼2012-06-06 17:30:56
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17633728楼: Originally posted by WallyChou at 2012-08-27 17:05:26
请问下为什么标尺是μm的时候是乱码呢?

这个跟系统有关,一般建议装英文系统才能正确显示。或者你尝试调节一下windows里面的区域和语言选项,改成英文为unicode的默认语言,应该也可以。
128楼2012-08-27 20:06:17
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144楼: Originally posted by xiaoyang小样 at 2014-07-09 22:08:41
老师  您好  我还有几个问题想请教
这是我根据您的帖子的方法分析的
1.为什么FFT的图没有标尺,怎么添加?怎么根据FFT 求镜面间距,也是半径求倒数么?
2、IFFT是不是相当于扣除了原图的噪音,能不能直接取代 ...

1, 如果你是通过DigitalMicrograph来做的FFT,那么很简单,就是转换之后Add Scale Marker即可。不过不同的DM版本这个选项在不同的位置,有的甚至只是一个图标,还得你根据版本来找一下。
2. 一般不建议这么做,而是原图和IFFT的图都给出来
3. 可以。
供您参考。

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145楼2014-07-09 22:21:43
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146楼: Originally posted by xiaoyang小样 at 2014-07-09 22:32:51
谢谢您的解答  那就是说确实是可以根据IFFT来量晶面间距的么 因为我的原图不是很清晰  所以--------...

应该可以,如果处理过程没有添加其他周期性结构进去的话。
148楼2014-07-11 20:56:26
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147楼: Originally posted by xiaoyang小样 at 2014-07-09 23:03:43
还有一个问题就是我看文献里面的FFT图的背景都是黑色的,而我处理出来的颜色都比较浅,这是怎么该的啊...

我也留意过这个现象,不过应该不影响图像质量就好。
149楼2014-07-11 20:57:12
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150楼: Originally posted by lazywawa at 2014-08-11 11:25:34
好厉害,求问如何进行对衍射强度进行积分分析呢?

不会,抱歉。

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151楼2014-08-11 21:50:08
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153楼: Originally posted by 382037092 at 2014-11-18 10:33:05
老师 请问一下 FFT的意义是什么 ?...

FFT是数学变换,其物理意义就是从实空间变到倒易空间,基本可以和电子衍射等同对待。

[ 发自小木虫客户端 ]
154楼2014-11-18 22:34:18
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155楼: Originally posted by 382037092 at 2014-11-19 08:08:54
老师 请问有没有这方面的 参考书或者你有没有发过这方面的文章,我想系统的看一看关于FFT的文章...

抱歉,我没有专门这方面的资料。

[ 发自小木虫客户端 ]
156楼2014-11-19 12:42:12
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163楼: Originally posted by 可乐小子 at 2015-05-21 16:32:36
我把局部的放大,标定尺寸后,如何将图片缩小为原来的大小!我是菜鸟,刚刚下下来的,求教!

按住ctrl+放大镜,就是缩小,点击图片即可。

[ 发自小木虫客户端 ]
164楼2015-05-21 18:29:54
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引用回帖:
169楼: Originally posted by naomi837 at 2015-07-08 08:35:08
control对话框里没有单位该怎么办啊?谢谢指教。

没有矫正标尺吧?按我说的校正标尺后再量应该就没问题了。
170楼2015-07-08 22:54:52
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