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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 新手 关于引物设计的疑惑
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铁板基围虾

新虫 (初入文坛)

[求助] 新手 关于引物设计的疑惑 已有3人参与

我做的工作跟动物免疫有一点联系  最近老师让我设计引物扩增表达一个病毒的结构蛋白 模板的来源是动物病料。我现在疑惑的是扩增的话是扩增整个CDS还是可以选取其中一部分序列？  如果要扩增整个CDS的话  引物的设计可以在这个CDS的外面吗？ 我看到有的人说直接选取开头和结尾，这样做会不会有问题？
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1楼 2016-01-14 16:19:25
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我是淡淡老师

新虫 (初入文坛)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-14 23:02:52
直接选开头结尾，加上酶切位点保护序列，注意上下游引物的退火温度，不要相差太大，3端最好是gc结尾

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2楼2016-01-14 16:35:50
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铁板基围虾

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是淡淡老师 at 2016-01-14 16:35:50
直接选开头结尾，加上酶切位点保护序列，注意上下游引物的退火温度，不要相差太大，3端最好是gc结尾

谢谢回答  我的片段3K  扩起来难度大不大啊（新手 上无师兄 下无师妹）
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3楼2016-01-14 17:06:36
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原海亮

木虫 (著名写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-14 23:03:16
要是做蛋白表达的话，如果没有其他辅助domain的话，应该保证CDS序列的完整，只能从开头和结尾设计，如果往外多扩增则无法保证目的蛋白的正确性

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天空才是极限，我有信心飞的更高！
4楼2016-01-14 20:37:29
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我是淡淡老师

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 铁板基围虾 at 2016-01-14 17:06:36
谢谢回答  我的片段3K  扩起来难度大不大啊（新手 上无师兄 下无师妹）...

3k的话，一般的高保真酶都不怎么好用了，除非你把这个酶的实验条件最优化。要选那种长片段高保真酶，会比较轻松

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5楼2016-01-15 10:59:22
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牛sama

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
3k的话可以试试融合PCR吧
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6楼2016-01-17 16:12:29
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seeker91

木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

当然是其中一部分即可，全部包括的话要多长的引物啊，只要特意位置不一，自己挑取即可。
祝福祝福
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7楼2016-01-17 16:39:17
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guoyanfei

金虫 (小有名气)
3K的话，表达也是一个问题，找个有经验的人指导吧
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8楼2016-01-18 11:07:16
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