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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » in文件里面的元素确定问题
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11B329

金虫 (正式写手)

[求助] in文件里面的元素确定问题 已有4人参与

in文件里元素可以通过哪些命令来确认？一个lattice scale 和一个mass应该能确定吧？
但是这里有一个问题就是units lj的时候，mass的基本单位设为1，你再设置mass的值也只能是单位1的整数倍，可实际的单位1是多少呢？这是不是还和元素种类有关？这不就又回来了吗？所以我就糊涂了，希望哪位大神能够救我脱离苦海啊！！
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往前走吧！
1楼 2016-01-02 10:21:40
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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11B329: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢指点，对我很有帮助！ 2016-01-04 07:44:03
你说的是对的，不同体系在模拟时，质量都选择的是1，要是全原子体系的话，比如水：对应的就是一个水分子的质量，要是甲烷对应的就是一个甲烷分子的质量，要是粗粒对应的就是一个粗粒化粒子的真是质量。这里面的不同体系的区别是有数目密度和势函数的能量单位所决定的，建议你看以MD模拟的无量化过程，上次推荐的那两本书中都有的，但是在具体子操作时，一定要牢记我们的体系是什么物质体系！因为对应的LJ参数，数目密度都会随之而确定，其他的量基本上 都有这几个量导出的。
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4楼2016-01-03 09:36:34
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tang_wei

金虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★
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11B329: 金币+4, ★★★很有帮助, 多谢你的回答！对我有帮助！ 2016-01-04 07:51:06
有一点 units为lj时主要是用于粗粒化模型，介观尺度，也就是把很多原子看成一个整体来模拟的，应该不存在元素了
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2楼2016-01-02 11:15:21
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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11B329: 金币+6, ★★★很有帮助, 多谢你的回答！对我有帮助！ 2016-01-04 07:50:42
建议楼主选定一个带单位的case, 比如将下面这个case转化为无量纲单位的in文件。
http://lammps.sandia.gov/doc/compute_heat_flux.html （页面最底端）

操作方法可以参照http://lammps.sandia.gov/doc/units.html
注意：你所需要做的仅仅是：选定规定的特征值，mass，epsilon等等
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3楼2016-01-03 04:12:59
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luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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units lj将单位无量纲归一化了的，用的时候要特别注意容易出错
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5楼2016-01-04 07:48:10
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