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gookies

新虫 (初入文坛)

[求助] 双酶切很近的酶切位点,总是切不成功,如何解决? 已有6人参与

实验需要将已有的载体进行双酶切,再插入一段片段。

由于只能插入到多克隆位点上,所以酶切位点的选择有限,只能选择靠得很近的两个酶切位点,序列是:
GACGTCGGATCCGAATTCGGTACC
需要切的是GACGTC(Aat II)和GGTACC(Kpn I)

之前用的TAKARA的酶,由于Buffer不同,分步酶切,但是效率一直很低,得不到最终的双酶切。
后来用NEB的酶,使用的是Aat II 和 Kpn I HF快切酶。
然后回收(回收浓度也非常低,0.004~0.015(ug/ul)之间),与目的片段连接。
由于插入片段的目的是为了破坏氨苄的抗性,同时载体本身具有卡纳的抗性。
所以转化之后,先用卡纳平板筛选, 挑斑到卡纳液体LB中,摇浑后再取部分在amp液体LB中培养,想着amp不浑浊的就是插入了片段的。

可是挑了几十个斑,都是两种抗性都有,随机挑了两个进行测序,发现目的片段压根就没有插入。

中间换了新酶切后的插入片段进行连接,仍然没有成功。

又做了一次双酶切,回收条带也非常浅。

是要再多次做一下双酶切嘛?(因为第一次有六个载体同时做双酶切,但是又试了两个进行连接,也都没有连接上)

不知道有什么方法可以更好地进行双酶切?

求大神醍醐灌顶。。。
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tiaojihaizi

银虫 (小有名气)

双酶切距离太近效果就是不好,实在不行建议重新设计

发自小木虫Android客户端
3楼2015-12-17 00:12:36
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shanyue00

铁杆木虫 (著名写手)

你这酶平时的酶切效率高么?

发自小木虫Android客户端
耐心说话,好好说话!
2楼2015-12-16 23:14:13
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逸萧菲尔

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-12-18 12:35:12
1.酶切位点很近的话不建议用快酶。
2.分别切开,一次切一个,总共切两次,
3.每次切的时间要充分。保证每次都充分的切开
4楼2015-12-17 16:19:09
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gookies

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shanyue00 at 2015-12-16 23:14:13
你这酶平时的酶切效率高么?

还是挺高的,另外一个目的片段切的就比较好
5楼2015-12-18 09:46:38
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