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218854055

银虫 (初入文坛)

[求助] 救急,3RACE老是没有目前条带 已有2人参与

实验论文需要做RACE克隆全长,现在做了3’RACE就做了好久,老是做不出来。
简单说下自己试验流程:我用的是5‘/3’ RACE Kit,2 and Generation盒子。实验目的基因的片段是从基因芯片上得到了,前期做了一些预备工作,发现该序列是多基因家族。因为在设计引物的时候,发现从该片段设计出来两对引物(A3/A5、B3/B5)扩增的产物并不是完全有重叠区,本来A3/A5前面一段的序列应该全部与B3/B5尾部重叠的,但是B3/B5尾部序列和A3/A5前面序列只有一段是100%相同,后面有较大的差异,把两个片段Blast与目的基因同源性覆盖率是不同。故此认为这个基因是多家族基因(不正之处望虫友指正)。
所以我拿了和目的基因覆盖率最高,同源性最好的引物A3/A5做后面的实验。3‘RACE我用了A3(也就是RNA的正义引物),按照盒子cDNA反转录,55℃60分钟孵化,80℃灭活。
后面用了盒子推荐的Expand High Fidelity PCR System,我的A3引物引物制作公司给的TM是64℃,CG含量56%,PCR程序自己定的:94℃ 30s,72℃ 2min,5个循环;94℃ 30s,70℃ 30s,72℃ 2min,5个循环;94℃ 30s,60℃ 30s,72℃ 1min;72℃ 7min。(PS我是不是要按盒子推荐的程序呢?因为别人说不要按盒子程序设置)每次做结果都不一样,要么很多非特异性条带,要么片段太小,要么弥散。不知道问题出在哪?求问,急!
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humaoer00112

新虫 (正式写手)

我也在做RACE情况和楼主很像 祝福楼主先~
2楼2015-12-27 15:28:51
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sdjnyxn123

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用特异性高的酶做做看,我以前用普通的r-taq一直都是条带弥散,后来换ad酶体系做出来了
3楼2015-12-27 17:50:20
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804371539

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问怎么确定3‘产物大小呢
4楼2016-04-01 22:31:26
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