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生科深似海

新虫 (小有名气)

[交流] lncRNA的表达载体构建已有3人参与

小弟有个问题:编码蛋白的mRNA是有读码框的,因此构建某一个蛋白的过表达载体只需要将其对应的 ORF插入到载体如pcDNA3.1中。但是lncRNA是没有读码框的,因此构建一个lncRNA的过表达载体,需要注意哪些问题?
问题1:即怎么确定其要插入到载体中的lncRNA序列?其5’端和3‘端的具体位置怎么确定?根据什么?
问题2:lncRNA也有类似于ORF的元件吗?
问题3:选择什么载体合适构建lncRNA过表达载体?
问题4:有些lncRNA有polyA尾巴,有些则没有,怎么通过RT-PCR扩增lncRNA?
哪位大神交流下?
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BioChen

银虫 (正式写手)

问题1:即怎么确定其要插入到载体中的lncRNA序列?其5’端和3‘端的具体位置怎么确定?根据什么?
lncRNA序列去数据库中找,比如NCBI,Ensembl,NONCODE,精确确定lncRNA的序列需要做RACE实验。
问题2:lncRNA也有类似于ORF的元件吗?
lncRNA可能包含短的ORF
问题3:选择什么载体合适构建lncRNA过表达载体?
pcDNA系列载体就非常合适
问题4:有些lncRNA有polyA尾巴,有些则没有,怎么通过RT-PCR扩增lncRNA?
反转录时使用随机引物
5楼2018-05-01 22:37:20
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查看全部 5 个回答

上官尹悠

金虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
NCBI输入你要研究的长非编码RNA ,有些能扩增出来有些扩不出来需要合成,一般构到 pcDNA3.1上

发自小木虫Android客户端
努力,追求自己的追求!
2楼2015-12-02 22:16:50
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生科深似海

新虫 (小有名气)

3楼2015-12-02 22:31:35
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jijunyan

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主问题解决了吗?想问过表达LncRNA的序列怎么获得呢?用基因组cDNA进行全长PCR吗?
4楼2018-04-11 14:11:15
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