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yangqian_517

新虫 (初入文坛)

[求助] 用植物cDNA扩增一个1700bp左右的全长序列,一直扩不出来,求助原因 已有4人参与

补充:1、引物是根据已有的cDNA序列设计的;2、同样的引物用基因组DNA做模板就能扩增出来;3、cDNA是反转录之后马上就做PCR的,同时还用荧光定量的引物扩增了一段200bp的小片段,200bp的片段能扩增出来,但是全长一直扩不出来。求助有经验的同学给分析一下
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misang

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangqian_517 at 2015-11-25 18:21:04
就是用普通的Taq酶做的,用DNA扩出来了,用cDNA就一直没有东西出来
...

DNA扩出来的不一定就是你要的片段,因为毕竟有内含子,除非你测过序了。我以前扩的时候,就1kb,怎么都扩不出,换了扩长片段的酶就扩出来了。如果你确定自己的RNA没降解的话,可以换个酶试试。

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6楼2015-11-25 18:36:14
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匿名

用户注销 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖仅楼主可见
2楼2015-11-24 20:09:31
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东乐乐

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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yangqian_517: 金币+5, 有帮助 2015-11-25 18:22:58
我之前一直也是扩不出来,这两天刚刚有点成绩。我问过生物公司的技术人员,也在论坛求助过,他们说可能是因为逆转录不完全,有一部分的链没有打开,你可以换个好一点的逆转录试剂盒,或者你可以试试用分段克隆的方法分别设计引物,克隆出几段,然后连接起来。有说用重叠延伸pcr方法连接几个片段的,但我用的是论坛求助时他们告诉我的方法,就是在你的目的序列里找到几个酶切位点,在酶切位点处设计引物,分别扩增出几个片段,酶切并胶回收后进行粘性末端连接,连完再以这个为模板,用全序列的引物进行pcr。

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3楼2015-11-24 21:28:39
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misang

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangqian_517: 金币+5, 有帮助 2015-11-25 18:23:15
基因组DNA和cDNA不一样,你把退火温度降一下,你用的是扩增长片段的酶吗?

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4楼2015-11-25 13:16:12
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