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RASPA在centos6.4的编译安装 已有5人参与
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RASPA-2.0是今年美国西北大学教授Randall Q. Snurr等人开发的针对于MC，MD，分子力学优化等用途的程序，相比于之前开发的MUSIC软件，RASPA的功能更加齐全，操作更加简便，可以在MC的吸附过程中考虑骨架的柔性，也可以想MUSIC一样先制作积分格点（music中的map）。 之前lmylmy在本版写了RASPA2.0编译安装简易流程http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=9443327&fpage=1&target=blank 是在RHEL上做的，我这里做一个centos版的补全版 （1）、安装之前要检查一下是否装了automake, autoconf, m4, libtool这些包， 用which命令一一查看如： [cw@BioMaterial ~]$ which automake /usr/bin/automake 如果某些包没有装，有两种方法，一种是rpm包安装；另一种是解压从网上下载的tar.gz包。前者更方便，但是学校的服务器大多数不能连接外网所以无法从yum获取rpm包，这时可以去找一个该linux系统的镜像文件解压之后会有一个Packages文件夹找到这些安装包如 automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm 然后安装他们用rpm -ivh automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm命令，所有的这些包安装好之后特意用which检查一下，特别要注意的是要检查aclocal和libtool的安装位置必须一样，要不然安装时会报错，如： [cw@BioMaterial ~]$ which aclocal /usr/bin/aclocal [cw@BioMaterial ~]$ which libtool /usr/bin/libtool 除此之外还可以安装fftw，lapack等库文件用于加速计算，不转亦可运行，详细安装请参看lmylmy的帖子 （2）、安装RASPA 此处按照manual, 过程就可以了 1. rm -rf autom4te.cache 2. mkdir m4 3. aclocal 4. autoreconf -i #如果aclocal和libtool安装的位置不一样，此处会报错# 5. automake --add-missing 6. autoconf 7. ./configure --prefix=${RASPA_DIR} or ./scripts/CompileScript/make-gcc-local #可以将${RASPA_DIR}替换为想要安装的文件夹路径此处我将其安装在/data/cw/simulations文件下，最好不要指定到解压文件夹# 8. make 9. make install 安装完成之后可以去查看一下cd /data/cw/simulation [cw@BioMaterial simulation]$ ls bin lib share 这是我们可以看到三个文件夹 bin #放置可执行文件# lib #放置运行所需库文件# share #最重要的，这是放置运行所需的力场参数forcefield，柔性骨架结构framework，吸附质分子参数molecules, 吸附剂结构structures(cif文件格式)等信息，这些都在share下的raspa文件夹下的四个文件夹内，如果之后做计算要事先产生格点文件，也会自动地产生grids的文件夹用于放置格点文件# （3）运行RASPA 在解压文件夹RASPA-2.0下进入examples文件夹，测试一下简单的任务，进入Basic然后做一下MFI吸附甲烷的测试，进入Adsorption_of_Methane_in_MFI文件夹，会有一个run的脚本文件，如果之前另外指定了安装路径的就改为 #! /bin/sh -f export RASPA_DIR=/data/cw/simulation/ #之前指定的路径# $RASPA_DIR/bin/simulate $1 然后运行./run& 就OK！ 整个安装测试彻底完成 |
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刚装好的raspa，对Adsorption_of_Methane_in_MFI中的run文件修改之后./run&之后出现如下问题 'pseudo_atoms.def' file not found and therefore not used _cell_length_a: 20.022000 _cell_length_b: 19.899000 _cell_length_c: 13.383000 _cell_length_alpha: 90.000000 _cell_length_beta: 90.000000 _cell_length_gamma: 90.000000 _symmetry_space_group_name_Hall: -P 2ac 2n found space group: 292 _symmetry_space_group_name_H-M: P n m a found space group: 292 _symmetry_Int_Tables_number: 292 space group found from symmetry elements: 292 (nr elements: 8) End reading cif-file 'force_field_mixing_rules.def' file not found and therefore not used 'force_field.def' file not found and therefore not used ReturnPseudoAtomNumber: Error!!!! :CH4_sp3 这三个文件找不到怎么解 |
6楼2016-04-24 15:05:16
