24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (2635)
>虫友互识 (236)
>导师招生 (115)
>文献求助 (92)
>论文投稿 (54)
>休闲灌水 (48)
>博后之家 (41)
>考研 (26)
>硕博家园 (25)
>招聘信息布告栏 (23)
>考博 (23)
>基金申请 (17)
>教师之家 (14)
>留学DIY (13)
>公派出国 (13)
>找工作 (11)

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

赵奇一

新虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1311
帖子: 172
在线: 187.9小时
虫号: 2798451
注册: 2013-11-13
性别: GG
专业: 粒子物理学和场论

[求助] 请教一下关于siesta优化层状体系的问题已有2人参与

我建好了一个由两层原子构成的体系，想进行弛豫。希望在弛豫过程中，只发生两层原子间距的变化，而每层原子的相对位置不变，也就是说所有原子只在Z方向上坐标发生变化。这个如何实现？看了手册感觉还是不太明白，希望大神能够解答一下，谢谢了...

回复此楼

» 猜你喜欢

天使可以飞起来是因为他们把自己看得很轻

1楼 2015-11-07 16:34:18

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

1ST强帖: 23
应助: 71 (初中生)
贵宾: 0.031
金币: 1973.1
散金: 9059
红花: 79
帖子: 2681
在线: 2128.8小时
虫号: 529624
注册: 2008-03-20
性别: GG
专业: 原子和分子物理

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-11-22 16:12:55

%block Zmatrix
cartesian
1    -3.438229 6.506952 8.241026    0 0 0
1    2.329288 6.506952 8.241026    0 0 0
1    8.096804 1.512136 8.241026    0 0 0
1    6.654925 4.009544 8.241026    0 0 0
1    2.329288 1.512136 8.241026    0 0 0
1    -0.554470 6.506952 8.241026    0 0 0
1    5.213046 6.506952 8.241026    0 0 0
1    0.887409 9.004360 8.241026    0 0 0
1    -1.996350 9.004360 8.241026    0 0 0
1    -4.880108 9.004360 8.241026    0 0 0
1    -0.554470 1.512136 8.241026    0 0 0
1    5.213046 1.512136 8.241026    0 0 0
1    3.771167 9.004360 8.241026    0 0 0
1    -1.996350 4.009544 8.241026    0 0 0
1    3.771167 4.009544 8.241026    0 0 0
1    0.887409 4.009544 8.241026    0 0 0
2    -1.351749 6.858092 z1          0 0 1
2    -2.793628 9.355500 z1          0 0 1
2    4.415768 1.863277 z1          0 0 1
2    5.857647 9.355500 z1          0 0 1
2    2.973889 4.360684 z1          0 0 1
2    1.532010 6.858092 z1          0 0 1
2    7.299526 6.858092 z1          0 0 1
2    0.090131 9.355500 z1          0 0 1
2    7.299526 1.863277 z1          0 0 1
2    2.973889 9.355500 z1          0 0 1
2    5.857647 4.360684 z1          0 0 1
2    8.741405 4.360684 z1          0 0 1
2    4.415768 6.858092 z1          0 0 1
2    1.532010 1.863277 z1          0 0 1
2    10.183280 1.863277 z1          0 0 1
2    0.090131 4.360684 z1          0 0 1
variables
z1 37.271882
%endblock Zmatrix
上面这个zmatrix的示例就可以将两层（分别是1号原子和2号原子组成）的x，y坐标固定，在优化中只允许第二层的原子整体沿着z方向移动。第二层原子的z坐标的初值是37.271882
这样做的前提是这个双层结构平面要在xy平面内，两层间的距离在z方向上。