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请教一下关于siesta优化层状体系的问题 已有2人参与
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| 我建好了一个由两层原子构成的体系，想进行弛豫。希望在弛豫过程中，只发生两层原子间距的变化，而每层原子的相对位置不变，也就是说所有原子只在Z方向上坐标发生变化。这个如何实现？看了手册感觉还是不太明白，希望大神能够解答一下，谢谢了... |
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zhangguangping
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【答案】应助回帖
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liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-11-22 16:12:55
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-11-22 16:12:55
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%block Zmatrix cartesian 1 -3.438229 6.506952 8.241026 0 0 0 1 2.329288 6.506952 8.241026 0 0 0 1 8.096804 1.512136 8.241026 0 0 0 1 6.654925 4.009544 8.241026 0 0 0 1 2.329288 1.512136 8.241026 0 0 0 1 -0.554470 6.506952 8.241026 0 0 0 1 5.213046 6.506952 8.241026 0 0 0 1 0.887409 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -1.996350 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -4.880108 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -0.554470 1.512136 8.241026 0 0 0 1 5.213046 1.512136 8.241026 0 0 0 1 3.771167 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -1.996350 4.009544 8.241026 0 0 0 1 3.771167 4.009544 8.241026 0 0 0 1 0.887409 4.009544 8.241026 0 0 0 2 -1.351749 6.858092 z1 0 0 1 2 -2.793628 9.355500 z1 0 0 1 2 4.415768 1.863277 z1 0 0 1 2 5.857647 9.355500 z1 0 0 1 2 2.973889 4.360684 z1 0 0 1 2 1.532010 6.858092 z1 0 0 1 2 7.299526 6.858092 z1 0 0 1 2 0.090131 9.355500 z1 0 0 1 2 7.299526 1.863277 z1 0 0 1 2 2.973889 9.355500 z1 0 0 1 2 5.857647 4.360684 z1 0 0 1 2 8.741405 4.360684 z1 0 0 1 2 4.415768 6.858092 z1 0 0 1 2 1.532010 1.863277 z1 0 0 1 2 10.183280 1.863277 z1 0 0 1 2 0.090131 4.360684 z1 0 0 1 variables z1 37.271882 %endblock Zmatrix 上面这个zmatrix的示例就可以将两层（分别是1号原子和2号原子组成）的x，y坐标固定，在优化中只允许第二层的原子整体沿着z方向移动。第二层原子的z坐标的初值是37.271882 这样做的前提是这个双层结构平面要在xy平面内，两层间的距离在z方向上。 |
4楼2015-11-22 15:50:54
charleslian
木虫 (小有名气)
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2楼2015-11-13 22:45:16
3楼2015-11-14 19:46:57
