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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 请教一下关于siesta优化层状体系的问题
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赵奇一

新虫 (小有名气)

[求助] 请教一下关于siesta优化层状体系的问题 已有2人参与

我建好了一个由两层原子构成的体系，想进行弛豫。希望在弛豫过程中，只发生两层原子间距的变化，而每层原子的相对位置不变，也就是说所有原子只在Z方向上坐标发生变化。这个如何实现？看了手册感觉还是不太明白，希望大神能够解答一下，谢谢了...
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天使可以飞起来是因为他们把自己看得很轻
1楼 2015-11-07 16:34:18
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赵奇一

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by charleslian at 2015-11-13 22:45:16
使用zmatrix可以进行设置，详见其例子

谢谢您的回复，听说stress 1 2 4 5 6 这个关键词也可达到效果，是这样吗？因为我现在就是这么做的
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天使可以飞起来是因为他们把自己看得很轻
3楼2015-11-14 19:46:57
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charleslian

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2015-11-22 08:31:37
使用zmatrix可以进行设置，详见其例子

发自小木虫IOS客户端
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2楼2015-11-13 22:45:16
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-11-22 16:12:55
%block Zmatrix                                                               
cartesian
1     -3.438229    6.506952    8.241026      0   0   0
1      2.329288    6.506952    8.241026      0   0   0
1      8.096804    1.512136    8.241026      0   0   0
1      6.654925    4.009544    8.241026      0   0   0
1      2.329288    1.512136    8.241026      0   0   0
1     -0.554470    6.506952    8.241026      0   0   0
1      5.213046    6.506952    8.241026      0   0   0
1      0.887409    9.004360    8.241026      0   0   0
1     -1.996350    9.004360    8.241026      0   0   0
1     -4.880108    9.004360    8.241026      0   0   0
1     -0.554470    1.512136    8.241026      0   0   0
1      5.213046    1.512136    8.241026      0   0   0
1      3.771167    9.004360    8.241026      0   0   0
1     -1.996350    4.009544    8.241026      0   0   0
1      3.771167    4.009544    8.241026      0   0   0
1      0.887409    4.009544    8.241026      0   0   0
2     -1.351749    6.858092    z1            0   0   1
2     -2.793628    9.355500    z1            0   0   1
2      4.415768    1.863277    z1            0   0   1
2      5.857647    9.355500    z1            0   0   1
2      2.973889    4.360684    z1            0   0   1
2      1.532010    6.858092    z1            0   0   1
2      7.299526    6.858092    z1            0   0   1
2      0.090131    9.355500    z1            0   0   1
2      7.299526    1.863277    z1            0   0   1
2      2.973889    9.355500    z1            0   0   1
2      5.857647    4.360684    z1            0   0   1
2      8.741405    4.360684    z1            0   0   1
2      4.415768    6.858092    z1            0   0   1
2      1.532010    1.863277    z1            0   0   1
2     10.183280    1.863277    z1            0   0   1
2      0.090131    4.360684    z1             0   0   1
variables
z1    37.271882
%endblock Zmatrix
上面这个zmatrix的示例就可以将两层（分别是1号原子和2号原子组成）的x，y坐标固定，在优化中只允许第二层的原子整体沿着z方向移动。第二层原子的z坐标的初值是37.271882
这样做的前提是这个双层结构平面要在xy平面内，两层间的距离在z方向上。
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弘德明志博学笃行
4楼2015-11-22 15:50:54
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