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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » 关于启动子的问题
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jackchen129

至尊木虫 (职业作家)
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10楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 13:30:18
这个需要你把启动子构建表达载体转到你的目的菌种中，在干旱的条件下培养（或其他干燥条件处理），跟空载转化和正常的作对照，看启动子表达情况，是否与你干旱处理相关...

那么我需要把哪个启动子转到载体中啊？怎么找到那个基因的启动子啊？

另外，是不是把这个启动子构建表达载体转到菌种中之后，这个启动子的表达水平会比对照更高吧？

我在美国上博士，其实这是一个老师出的博士资格考试题目，只是自己不是这个方向的，所以不是很熟悉，因此才在这里求助，呵呵。

希望能解答详细点吧，谢啦！
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11楼2015-10-28 11:05:23
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liping121200

铜虫 (小有名气)
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11楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 11:05:23
那么我需要把哪个启动子转到载体中啊？怎么找到那个基因的启动子啊？

另外，是不是把这个启动子构建表达载体转到菌种中之后，这个启动子的表达水平会比对照更高吧？

我在美国上博士，其实这是一个老师出的博 ...

首先，你需要查找文献找到与干旱调控相关的基因，尤其是你目的菌种里的，这个你需要做一些筛选了，对干旱应答比较好的基因，做实验时，你可以做个该基因mRNA表达量分析，看是不是在干旱条件导致基因mRNA表达量变化，然后你在一些生物网站上找到对应基因的启动子，启动子是启动基因表达的，不能说是启动子表达水平，只能说在干旱条件下启动子能不能启动相应基因的表达。其实详细的你可以找一篇启动子研究方面的硕士/博士毕业论文，这个很好找，说的很详细。
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好好学习，天天向上
12楼2015-10-28 12:20:26
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liping121200

铜虫 (小有名气)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-10-29 23:03:53
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11楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 11:05:23
那么我需要把哪个启动子转到载体中啊？怎么找到那个基因的启动子啊？

另外，是不是把这个启动子构建表达载体转到菌种中之后，这个启动子的表达水平会比对照更高吧？

我在美国上博士，其实这是一个老师出的博 ...

或者就跟2楼说的，找到相关基因后，然后在生物网站上找到对应的启动子序列，有专门的软件对启动子进行分析，看上面有没有与干旱应答相关的元件
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好好学习，天天向上
13楼2015-10-28 12:23:37
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jackchen129

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
12楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 16:20:26
首先，你需要查找文献找到与干旱调控相关的基因，尤其是你目的菌种里的，这个你需要做一些筛选了，对干旱应答比较好的基因，做实验时，你可以做个该基因mRNA表达量分析，看是不是在干旱条件导致基因mRNA表达量变化 ...

谢谢回复！

下面是完整的问题（不需要我做实验，相当于我仅需要提供一个合理的试验计划）：

Microorganisms respond to environmental conditions by regulating their gene expression. How would you isolate promoter regions associated with desiccation-induced genes expression? Please provide comprehensive discussion on your approach including the materials (as well as commercial kits, if any) and methods.

你的意思是不需要通过设计实验来找到干旱相关基因，可以直接通过文献来确定某些基因，然后在网站上找到对应启动子？

能告诉我是哪些网站吗？估计回答问题的时候，需要提供这些信息。
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14楼2015-10-28 12:46:44
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jackchen129

至尊木虫 (职业作家)
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13楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 16:23:37
或者就跟2楼说的，找到相关基因后，然后在生物网站上找到对应的启动子序列，有专门的软件对启动子进行分析，看上面有没有与干旱应答相关的元件...

或者是不是可以通过microarray或者transcriptomic analysis去对比非干旱条件的对照的基因表达，找到干旱相关的表达基因，然后去某些网站找到相应的启动子，然后。。。就不清楚了

这样首先确定表达基因是不是可行？确定表达基因应该是这个实验设计的第一步吧？

不知道NCBI的BLAST可不可以查到启动这些基因表达的启动子的信息？
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15楼2015-10-28 12:59:56
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liping121200

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 12:46:44
谢谢回复！

下面是完整的问题（不需要我做实验，相当于我仅需要提供一个合理的试验计划）：

Microorganisms respond to environmental conditions by regulating their gene expression. How would you isol ...

因为你之前没有做过干旱，所以你需要确定目标，一般是通过文献找干旱相关的基因，根据你找到的目的基因在phytozone10.1中找你的启动子序列，用plantcare软件找干旱的应答元件，因为我们实验室之前是这么做的，你说”通过microarray或者transcriptomic analysis去对比非干旱条件的对照的基因表达，找到干旱相关的表达基因“这个我没有做过，也不清楚，你也可以查找相关资料，看能不能行得通。
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好好学习，天天向上
16楼2015-10-28 16:29:05
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jackchen129

至尊木虫 (职业作家)
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16楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 20:29:05
因为你之前没有做过干旱，所以你需要确定目标，一般是通过文献找干旱相关的基因，根据你找到的目的基因在phytozone10.1中找你的启动子序列，用plantcare软件找干旱的应答元件，因为我们实验室之前是这么做的，你说 ...

谢谢！
NCBI的BLAST可以找到相关基因的启动子序列吗

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17楼2015-10-28 21:21:09
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liping121200

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 21:21:09
谢谢！
NCBI的BLAST可以找到相关基因的启动子序列吗
...

应该可以的吧，我都用NCBI找文献，我没怎么用来弄基因，你自己弄弄吧
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好好学习，天天向上
18楼2015-10-29 08:11:21
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jackchen129

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
18楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-28 12:11:21
应该可以的吧，我都用NCBI找文献，我没怎么用来弄基因，你自己弄弄吧...

谢谢！

金币给你了，有问题再请教你吧
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19楼2015-10-29 08:17:52
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2270447909

木虫 (著名写手)
加油

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阳光、自信、包容、进取
20楼2015-10-29 08:30:07
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