24小时热门版块排行榜    

查看: 1444  |  回复: 24

jackchen129

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
10楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 13:30:18
这个需要你把启动子构建表达载体转到你的目的菌种中,在干旱的条件下培养(或其他干燥条件处理),跟空载转化和正常的作对照,看启动子表达情况,是否与你干旱处理相关...

那么我需要把哪个启动子转到载体中啊?怎么找到那个基因的启动子啊?

另外,是不是把这个启动子构建表达载体转到菌种中之后,这个启动子的表达水平会比对照更高吧?

我在美国上博士,其实这是一个老师出的博士资格考试题目,只是自己不是这个方向的,所以不是很熟悉,因此才在这里求助,呵呵。

希望能解答详细点吧,谢啦!
11楼2015-10-28 11:05:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liping121200

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 11:05:23
那么我需要把哪个启动子转到载体中啊?怎么找到那个基因的启动子啊?

另外,是不是把这个启动子构建表达载体转到菌种中之后,这个启动子的表达水平会比对照更高吧?

我在美国上博士,其实这是一个老师出的博 ...

首先,你需要查找文献找到与干旱调控相关的基因,尤其是你目的菌种里的,这个你需要做一些筛选了,对干旱应答比较好的基因,做实验时,你可以做个该基因mRNA表达量分析,看是不是在干旱条件导致基因mRNA表达量变化,然后你在一些生物网站上找到对应基因的启动子,启动子是启动基因表达的,不能说是启动子表达水平,只能说在干旱条件下启动子能不能启动相应基因的表达。其实详细的你可以找一篇启动子研究方面的硕士/博士毕业论文,这个很好找,说的很详细。
好好学习,天天向上
12楼2015-10-28 12:20:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liping121200

铜虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-10-29 23:03:53
引用回帖:
11楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 11:05:23
那么我需要把哪个启动子转到载体中啊?怎么找到那个基因的启动子啊?

另外,是不是把这个启动子构建表达载体转到菌种中之后,这个启动子的表达水平会比对照更高吧?

我在美国上博士,其实这是一个老师出的博 ...

或者就跟2楼说的,找到相关基因后,然后在生物网站上找到对应的启动子序列,有专门的软件对启动子进行分析,看上面有没有与干旱应答相关的元件
好好学习,天天向上
13楼2015-10-28 12:23:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackchen129

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
12楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 16:20:26
首先,你需要查找文献找到与干旱调控相关的基因,尤其是你目的菌种里的,这个你需要做一些筛选了,对干旱应答比较好的基因,做实验时,你可以做个该基因mRNA表达量分析,看是不是在干旱条件导致基因mRNA表达量变化 ...

谢谢回复!

下面是完整的问题(不需要我做实验,相当于我仅需要提供一个合理的试验计划):

Microorganisms respond to environmental conditions by regulating their gene expression. How would you isolate promoter regions associated with desiccation-induced genes expression? Please provide comprehensive discussion on your approach including the materials (as well as commercial kits, if any) and methods.

你的意思是不需要通过设计实验来找到干旱相关基因,可以直接通过文献来确定某些基因,然后在网站上找到对应启动子?

能告诉我是哪些网站吗?估计回答问题的时候,需要提供这些信息。
14楼2015-10-28 12:46:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackchen129

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
13楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 16:23:37
或者就跟2楼说的,找到相关基因后,然后在生物网站上找到对应的启动子序列,有专门的软件对启动子进行分析,看上面有没有与干旱应答相关的元件...

或者是不是可以通过microarray或者transcriptomic analysis去对比非干旱条件的对照的基因表达,找到干旱相关的表达基因,然后去某些网站找到相应的启动子,然后。。。就不清楚了

这样首先确定表达基因是不是可行?确定表达基因应该是这个实验设计的第一步吧?

不知道NCBI的BLAST可不可以查到启动这些基因表达的启动子的信息?
15楼2015-10-28 12:59:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liping121200

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 12:46:44
谢谢回复!

下面是完整的问题(不需要我做实验,相当于我仅需要提供一个合理的试验计划):

Microorganisms respond to environmental conditions by regulating their gene expression. How would you isol ...

因为你之前没有做过干旱,所以你需要确定目标,一般是通过文献找干旱相关的基因,根据你找到的目的基因在phytozone10.1中找你的启动子序列,用plantcare软件找干旱的应答元件,因为我们实验室之前是这么做的,你说”通过microarray或者transcriptomic analysis去对比非干旱条件的对照的基因表达,找到干旱相关的表达基因“这个我没有做过,也不清楚,你也可以查找相关资料,看能不能行得通。
好好学习,天天向上
16楼2015-10-28 16:29:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackchen129

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
16楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-27 20:29:05
因为你之前没有做过干旱,所以你需要确定目标,一般是通过文献找干旱相关的基因,根据你找到的目的基因在phytozone10.1中找你的启动子序列,用plantcare软件找干旱的应答元件,因为我们实验室之前是这么做的,你说 ...

谢谢!
NCBI的BLAST可以找到相关基因的启动子序列吗

发自小木虫IOS客户端
17楼2015-10-28 21:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liping121200

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
17楼: Originally posted by jackchen129 at 2015-10-28 21:21:09
谢谢!
NCBI的BLAST可以找到相关基因的启动子序列吗
...

应该可以的吧,我都用NCBI找文献,我没怎么用来弄基因,你自己弄弄吧
好好学习,天天向上
18楼2015-10-29 08:11:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackchen129

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
18楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-28 12:11:21
应该可以的吧,我都用NCBI找文献,我没怎么用来弄基因,你自己弄弄吧...

谢谢!

金币给你了,有问题再请教你吧
19楼2015-10-29 08:17:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2270447909

木虫 (著名写手)

阳光、自信、包容、进取
20楼2015-10-29 08:30:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jackchen129 的主题更新
信息提示
请填处理意见