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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
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miRNA

至尊木虫 (职业作家)

水王之王（愚愚学园管理员）

生物信息学网上教育系统！！

★ ★
BlueGuy(金币+2):不错的网络资源！
《生物信息学》课程简介

课程号: 07120361

课程名称：生物信息学——Bioinformatics

周学时： 3.0-2.0    学分：4.0

预修课程：

分子生物学  计算机程序设计及数据结构

教学内容简介

生物信息学是用数理和信息科学的观点、理论和方法去研究生命现象、组织和分析呈现指数增长的生物学数据的一门学科，其中序列分析与基因组分析是该学科一个重要的研究内容。本课程主要介绍了序列收集与储存、序列对的对位排列、相似序列的数据库搜索、基因预测、蛋白质序列分析等内容。适宜于生物学和工科背景的学生学习。

推荐教材或参考书

《Bioinformatics：Sequence and Genome Analysis》，David W.Mount，Cold Spring Harbor Laboratory Press，2002年（原版）。


1. BioinfoResources
2. Sequence Comparsion
3. Scoring Systems
4. Database Search
5. Tree and Multiple Alignment
6. Protein Sequence Analysis
7. Gene Prediction

网站：http://www.cls.zju.edu.cn/sub/cl ... /content/ketang.htm
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31楼2005-06-08 09:44:12
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Marsking1228

木虫 (著名写手)

逍遥掌门无情人

Bioinformatics - Computational Genetics - Wiley.pdf

★ ★ ★ ★ ★ ★
BlueGuy(金币+6):好书，感谢！
经典Wiley教程——Bioinformatics - Computational Genetics - Wiley.pdf

共分了5个压缩包：
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衣帶?u寬終要悔，何必消得人憔悴！
32楼2005-06-09 12:16:42
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Marsking1228

木虫 (著名写手)

逍遥掌门无情人
经典Wiley教程——Bioinformatics - Computational Genetics - Wiley.pdf(续)

共分了5个压缩包：
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衣帶?u寬終要悔，何必消得人憔悴！
33楼2005-06-09 12:18:57
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yang123

银虫 (小有名气)

1

★ ★
BlueGuy(金币+2):希望多多参与本专题的讨论！
生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建?
好想法，有魄力！
生物信息学是当前发展比较快的很有发展前途的边缘学科，我也比较喜欢，希望在此交上很多好朋友！
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34楼2005-06-09 15:18:11
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vvyoung

铁杆木虫 (正式写手)

1

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35楼2005-06-09 18:34:40
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miRNA

至尊木虫 (职业作家)

水王之王（愚愚学园管理员）

生物信息相关书籍介绍 ！！！

★
BlueGuy(金币+1):能给出下载就更好了！
《生物信息学概论》
"Introduction to bioinformatics"
　　　　　　　　(英) T K Attwood , D J Parry-Smith 著 　罗静初 等译
　　　　　　　　　　　　北京大学出版社 2002年4月第一版
　　本书从生物信息学的研究对象、意义出发，介绍生物信息学研究的基本方法和常用工具。主要介绍的是核酸和蛋白质序列的计算机分析方法，探讨利用现有的计算机程序，从现有的数据库中能够获取什么、不能够获取什么。全书共分十章：1.概论，2.信息网络，3.蛋白质信息资源，4.基因组信息资源，5. DNA序列分析，6.双序列比对，7.多序列比对，8.二次数据库搜索，9.数据库搜索实例，10.序列分析软件包。每章末尾均提供了进一步阅读指南和有关的网址。这本书的一大特色在于丰富的例子和图表，使读者可以很直观的了解和掌握书中的内容。此外，书的末尾还附有与生物信息学相关的词汇表。总的说来，这本书实用性强，可以作为高等院校生物信息学教材，也可以作为生命科学和生物技术各领域分子生物学研究和开发工作者的生物信息学参考书。


《生物信息学手册》 　　　　　　郝柏林 张淑誉 编著
　　　　　　　　　　　　　　上海科学技术出版社 2000年10月第一版
　　一本手册式的生物信息学书籍。除了介绍了生物信息学，还包括了计算机及计算机网络（这一部分提供了一些网址）和分子生物学的知识。更为重要的是，该书的主要部分?quot;生物信息数据库"和"服务、软件和算法"部分，提供了大量的网址。 几乎是每一个条目下面都有不少网址。这本书将网络上的生物信息学资源进行了索引式的介绍，并作了必要的说明。书中列举了近千条网址和引文，基本涵盖了生物学研究的各个方面，堪称生物信息的汪洋大海中的导航图。对生物信息学的服务、软件和算法，本书也作了较全面的描述。本书可供广大生命科学工作者以及由物理学、数学和计算机学转入生命科学领域的研究教学人员参阅（上面可以查到很多网址）。



《生物信息学》 　　　　　　　赵国屏 等 编著
　　　　　　　　　　　　　科学出版社 2002年4月 第一版
　　本书是"863"生物高科技丛书之一。它比较全面地介绍了生物信息学的若干个主要分支，并特别介绍了与人类基因组研究相关的生物信息学的一些较新成果；着重介绍了数据库和数据库的查询、序列的同源比较及其在生物进化研究中的应用；以生物芯片中的生物信息学问题为例，介绍与基因表达相关的生物信息学问题；还介绍了蛋白质结构研究中的生物信息学问题，以及与分子设计和药物设计相关的生物信息学技术。本书可供生物信息学专业和生命科学相关专业的本科生、研究生和教学科研人员阅读学习，也可供相关专业的科技和应用机构的科研、管理和决策人员参考。注意，本书有很大篇幅是讲基因芯片和蛋白质结构预测的。


《生物信息学--基因和蛋白质分析的实用指南》
"Bioinformatics--A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins "
　　　　　　　　Andreas D.Baxevanis B.F.Francis Ouellette 著
　　　　　　　　　　　　　　李衍达 孙之荣 等 译
　　　　　　　　　　　　　　　　清华大学出版社 2000年8月 第一版
　　这本书由前卫计算生物学家撰写，贯穿了已有的工具和数据库，包括应用软件、因特网资源、向数据库提交DNA序列以及进行序列分析和利用核酸序列与蛋白质序列进行预测的的方法。以下是该书的目录：1.因特网与生物学家，2. GeneBank序列数据库，3.结构数据库，4.应用GCG进行序列分析，5.生物数据库的信息检索，6. NCBI数据模型，7.序列比对和数据库搜索，8.多序列比对和实际应用，9.系统发育分析，10.利用核酸序列的预测方法，11.利用蛋白质序列的预测方法，12.鼠类和人类公用物理图谱数据库漫游，13. ACEDB: 基因组信息数据库，14.提交DNA序列数据库。本书有很多实际的序列和序列分析的例子。这本书适合高等院校的师生和从事生物工程研究的科技工作者阅读。
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36楼2005-06-09 20:27:58
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miRNA

至尊木虫 (职业作家)

水王之王（愚愚学园管理员）

分子生物信息数据库概述

分子生物信息数据库概述
分子生物信息数据库是种类繁多。归纳起来，大体可以分为4个大类，即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构序列数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X-衍射和核磁共振结构测定。这些数据库是分子生物信息学的基本数据资源，通常称为基本数据库，初始数据库，也称一次数据库。根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建具有特殊生物学意义和专门用途的二次数据库，是数据库开发的有效途径。近年来，世界各国的生物学家和计算机科学家合作，已经开发了几百个二次数据库和复合数据库，也称专门数据库、专业数据库、专用数据库。

一般说来，一次数据库的数据库量大，更新速度快，用户面广，通常需要高性能的计算机硬件、大容量的磁盘空间和专门的数据库管理系统支撑。例如，欧洲生物信息学研究所用Oracle数据库软件管理、维护核酸数据库EMBL。而基因组数据库GDB的管理、运行则基于Sybase数据库系统，即使是安装其镜象。也需要有Sybase支撑。Oracle和Sybase均为流行的数据库管理商业软件。而二次数据库的容量则要小得多，更新速度也不象一次数据库那样快，也可以不用大型商业数据库软件支撑。许多二次数据库的开发基于Web浏览器，使用超文本语言HTML和Java程序编写的图形界面，有的还带有搜索程序。这类针对不同问题开发的二次数据库的最大特点是使用方便，特别适用于计算机使用经验并不丰富的生物学家。

二次数据库种类繁多，以核酸数据库为基础构建的二次数据库有基因调控转录因子数据库TransFac，真核生物启动子数据库EPD，克隆载体数据库Vector，密码子使用表数据库CUTG等。以蛋白质序列数据库为基础构建的二次数据库有蛋白质功能位点数据库Prosite，蛋白质功能位点序列片段数据库Prints，同源蛋白家族数据库Pfam，同源蛋白结构域数据库Blocks。以具有特殊功能的蛋白为基础构建的二次数据库有免疫球蛋白数据库Kabat，蛋白激酶数据库PKinase等。以三维结构原子坐标为基础构建的数据库为结构分子生物学研究提供了有效的工具，如蛋白质二级结构构象参数数据库DSSP，已知空间结构的蛋白质家族数据库FSSP，已知空间结构的蛋白质及其同源蛋白数据库HSSP等。蛋白质回环分类数据库则是用于蛋白质结构、功能和分子设计研究的专门数据库。此外，酶、限制性内切酶、辐射杂交、氨基酸特性表、序列分析文献等，也属于二次数据库或专门数据库。

法国生物信息研究中心Infobiogen生物信息数据库目录DBCat搜集了主要400多个数据库的名称、内容、数据格式、联系地址、网址等详细信息，使用户对目前生物信息数据库有一个详尽的了解。DBCat本身也是一个具有一定数据格式的数据库。DBCat按DNA、RNA、蛋白质、基因图谱、结构、文献等分类，其中大部分数据库是可以免费下载的公用数据库。列出安装于北京大学生物信息中心Web服务器上的生物信息数据库名称和种类以及简要说明。

此外，国际上许多生物信息中心建有生物信息学和基因组信息资源网络导航系统。其中美国Oak Ride国家实验室人类基因组信息资源导航系统和英国基因组图谱资源中心(Human Genome Mapping Resource Centere，简称HGMP)的GenomeWeb所列网址最为详尽，搜集了世界各地基因组中心、基因组数据库、基因组图谱、基因组实验材料、基因突变、遗传疾病、以及生物技术公司、实验规程、网络教程、用户手册等几百个网址。
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37楼2005-06-09 20:29:13
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miRNA

至尊木虫 (职业作家)

水王之王（愚愚学园管理员）

国外生物信息学软件公司综述！！！

★ ★
BlueGuy(金币+2):挺全！
随着研究者们在探索基因宝库的同时，基因表达监测与生物信息学工具正在快速增加。众多产品的制造商正在为最好的商业模式而抉择，例如，打包销售所有的工具软件。 　　
生物信息学，一门储存、修复、分析和整合生物数据的学科，对当前人类基因组计划得来的基因信息数据及相关新药开发相当重要。现在基因组学最热门的是有关基因表达的研究，寻找生物信息学与基因表达的理想结合也相应成为热门专业。
本文章基于Healthtech Institute(CHI\\\'s)基因组报告系列--主要宗旨是研讨此领域相关的工具和相应公司。基因表达监测（如通过DNA杂交的方式）将在整个基因组的水平上产生巨大的数据，极其需要生物信息学的方法。不同疾病、服药或毒素暴露后基因表达模式的分析，对我们了解人类在分子水平上的反应极为重要。　　
下面详细说明了提供基因表达分析的生物信息学软件的公司名称及其相关产品：
Affymetrix ： 可分析其芯片数据的软件
Applied Maths ： 芯片分析软件和相关数据整合系统
BioDiscovery ： 图象-和-数据分析软件
Clontech Laboratories ： 仪器数据分析软件
Cose ： 图象-和-数据分析软件 ：
CuraGen ： 基因组数据库和生物信息学工具
GeneData ： 数据分析及相关数据库软件
Gene Logic ： 基因表达数据库
Imaging Research ： 图象-和-数据分析软件
Incyte Genomics ： 基因组数据库，相应数据分析软件
InforMax ： 数据分析及相关数据库软件
LION Bioscience ： 与生物数据库有连接的生物信息学软件
Media Cybernetics ： 图象-和-数据分析软件
NuTec Sciences ： 图象-和-数据分析软件
Partek ： 图象-和-数据分析软件
Rosetta Inpharmatics ： 分析软件及基因表达集合入口
Scanalytics ： 图象-和-数据分析软件
Silicon Genetics ： 数据分析软件
Spotfire ： 数据分析、可视化软件，提供与不同基因信息的链接
Synomics ： 相关数据软件
Visipoint ： 数据分析软件　　
图象分析 　　
图象分析软件将杂交得来的图象（一般是phosphorimagers或荧光扫描的图片）转变成可整合的数据形式。很多产品都能滤去非特异的背景\\\"噪音\\\"干扰，标准化的数据将用于实验中的比较。在图形分析方面的著名公司如下：Media Cybernetics，Imaging Research和NuTec Sciences公司。除了能够进行图象分析外，以上公司的产品还能提供数据分析。 　
数据分析 　
数据分析程序通常包括clustering-配准（寻找不同实验中性状相似的基因群）及统计分析。cluster中的基因可在相同条件下进行功能与序列方面的实验，能帮助研究者更好地了解他们相似的性状。统计分析可帮助建立数据变异的可靠度或置信区间（如，正常对照组与疾病组基因表达间的不同），当数据的变化不能确定是否有统计意义时，这对确定后续实验来探求其功能有重要帮助。 　　
数据分析软件方面的重要公司是Silicon Genetics，他们提供能够将基因表达系列分析（SAGE）和杂交阵列所得数据进行分析的软件；BioDiscovery，为阵列分析基因表达数据提供软件，同时也有图象分析软件；Visipoint，其可视化基因软件合并了几个不同的配准工具，用以分析大型基因表达数据之间的关系。　　
数据整合/相关数据库 　　
数据整合/相关数据库软件能将基因表达数据与其他实验数据联合，如生物化学、化学或临床实验等，还能将之与公共或私人数据库合并。很多制药公司会将基因表达数据与毒理、结构激活关系和药理效应合并，为药物开发提供思路。 　　
目前在这方面的公司包括Spotfire, Rosetta Inpharmatics, LION Bioscience, 和GeneLogic。Spotfire的主打产品Spotfire.net，是为了方便用户通过Internet收集、分享和分析数据，同时，还能为用户提供数据的视觉分子模拟展示。Spotfire.net的关键部件是Spotfire Array Explorer，一种能提供多种基因组信息源入口的分析软件。 　　
Rosetta所提供的Resolver Expression Data Analysis System，是一种能从合作者阵列分析或其他基因表达数据集格式中存储，分析和调用基因表达数据的工具。为了解释他们的数据，合作者可进入Rosetta的基于20万个阵列实验的基因表达档案文库中，获取相关信息。LION的生物信息学软件在用户分析完数据后，还可与统计分析的生物信息数据库相连。 　　
GeneLogic提供的GeneExpress系列适用于基因表达数据库。其中的一个模块-BioExpress模块-包含来自正常组织和疾病组织中的基因表达数据，可用于疾病相关基因分析和治疗的靶向研究。　　
打包产品的未来 　　
尽管生物信息学领域正经历着快速成长，仅仅提供基因分析的软件公司是否能在足够大的市场上获利还是值得商榷的。其他产品线上能够降低开发成本的软件供应商将会在此领域中获利。我们期待着这个市场的成熟，基因分析软件将会与陈列分析及相关设备，和/或数据库一起捆绑销售，而并非来自各个独立的供应商。 　　
有好几个提供芯片的公司（例如，Affymetrix, Incyte Genomics和Clontech Laboratories）也同时提供结果分析软件。此外，图象分析设备一般都有最基本的图象分析软件。由于基因表达软件工具的数量和质量都在发展，一个独立的供应商来开发支持其装置的软件，而这种装置只占一小部分市场份额，这已经是无利可图了。\\\"仪器制造商应该提供不同等级的软件来确保人们可以从他们的仪器上获得可靠的数据，这才是有意义的。\\\"在CHI将要发布的生物信息学报告上，Nat Goodman写道。\\\"大多数仪器公司都还没有开始，但无论他们是不能提供软件，还是软件不够好，都有一系列的问题存在。\\\" 　　
Affymetrix提供适用于其高密度基因芯片寡核甘酸阵列的结果分析软件GeneChip。这种生物信息学工具有图片分析，数据管理，及相关数据分析。Affymetrix最近收购了Neom orphic，提示Affymetrix不仅仅关注于基因方面的分析，还将更多的注意力投入到软件上。Incyte开发了基于GEM阵列的软件GEMTools。这种软件能够比较正常细胞和疾病细胞的基因表达，并能确定疾病细胞基因的高表达或低表达。Incyte也因它的基因数据库而闻名。 　　
除外Affymetrix和Incyte，其他提供生物信息学工具的芯片供应商都出现了。Clontech，正是一个这样的公司，提供的软件AtlasImage可量化和比较来自Atlas Arrays的信号密度，并获得确定基因上调或下调的彩色图片。
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38楼2005-06-09 21:20:53
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forest1998

铜虫 (正式写手)

生物信息学札记-樊龙江(浙江大学)

★ ★ ★ ★
BlueGuy(金币+4):好书，谢谢参与！
生物信息学札记-樊龙江(浙江大学)
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39楼2005-06-10 01:00:39
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zhlpower

荣誉版主 (著名写手)

无名

1

★ ★ ★
BlueGuy(金币+3):不错，谢谢！
生物信息学课程
http://www.s-star.org/downloads/lectures.html
02 Introductory Molecular Biology
03 An Overview of the Computational Analysis of Biological Sequences
04 Transcript Analysis
05 Comparative Genomics
06 Representations and Algorithms for Computational Molecular Biology
07 Protein Structure Primer
08 Protein Structure Prediction
09 Protein Physics
10 Genomics and Computational Molecular Biology Genomics
11 Protein and Nucleic Acid Structure, Dynamics,and Engineering
12 Proteomics
13 Proteomes: Proteins Expressed as a Genome
14 Structure Prediction for Macromolecular Interactions
15 Protein - Ligand Modeling
16 DNA Microarray Analysis

2、http://www.uni-konstanz.de/FuF/Bio/Bioinformatik/lecture.htm
A Brief Guide to these Pages
Bioinformatics Intro
Sequence Databases and Database Searching
Sequence Searching and Analysis I
Sequence Searching and Analysis II
Databases Survey
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存在的都是合理的，交流就有收获。
40楼2005-06-10 19:42:39
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