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charliecaili铁虫 (初入文坛)
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[求助]
石墨烯拉伸破坏 已有2人参与
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固定石墨烯y轴上下边界一定的距离，沿Y方向拉伸，可是模型会在上下两端破坏，怎么会这样，程序哪里出来问题，求大神支招 ## INITIALIZATION ###################### units metal dimension 3 boundary p p f atom_style atomic newton on ## ATOM DEFINITION ###################### #read_data data.graphene lattice custom 2.4595 a1 1 0 0 a2 0 1.73203 0 a3 0 0 1 basis 0 0.666666666 0 basis 0.5 0.5 0 basis 0.5 0.16666666 0 & basis 0 0 0 region box block -8 8 -8 8 -50 50 create_box 1 box region mid block -8 8 -8 8 -0.5 0.5 create_atoms 1 region mid mass 1 12.010000 ## SETTINGS ###################### pair_style airebo 3.0 pair_coeff * * potentials/CH.airebo C region lower block INF INF INF -6 INF INF units box region upper block INF INF 6 INF INF INF units box group upper region upper group lower region lower group boundary union upper lower #group mobile subtract all boundary # initial velocities fix 1 all nvt temp 300 300 0.1 velocity boundary set 0.0 0.0 0.0 units box fix 2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0 min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 unfix 1 unfix 2 timestep 0.001 fix 1 all npt temp 300 300 0.05 y 0 0 0.5 thermo 20 compute myTemp all temp compute 1 all stress/atom myTemp compute 2 all pe/atom pair bond compute 3 all reduce sum c_1[1] c_1[2] c_1[3] shell mkdir 10.9dujjk shell cd 10.9dujjk thermo_style custom step temp pe ke etotal lx ly press pxx pyy c_3[1] c_3[2] c_3[3] dump 1 all custom 1000 dump.chiyu.* id type x y z ## RUNING-RELAXATION ###################### run 5000 ## RUNNING-DEFORMATION ###################### unfix 1 undump 1 fix 1 all nvt temp 300 300 0.05 fix 2 all ave/atom 1 1000 1000 c_1[1] c_1[2] c_1[3] c_2 fx fy fz dump 1 all custom 1000 dump.new.* id type x y z vx vy vz c_1[1] c_1[2] c_1[3] & c_2 f_2[1] f_2[2] f_2[3] f_2[4] f_2[5] f_2[6] f_2[7] variable srate equal 1.0e10 variable srate1 equal "v_srate / 1.0e12" fix 3 all deform 1 y erate ${srate1} units box remap x ################### variable tmp equal "ly" variable ly0 equal ${tmp} print "Initial Length, ly0: ${ly0}" variable strain equal "(ly- v_ly0)/v_ly0" # Output strain and stress info to file # for units metal, pressure is in [bars] = 100 [kPa] = 1/10000 [GPa] # p2 are in GPa variable p1 equal "v_strain" variable p2 equal "-pyy/10000" variable p3 equal "pe" fix equill all print 500 "${p1} ${p2} ${p3}" file data.1.txt screen no run 50000 ########### ###################################### # SIMULATION DONE print "All done" |
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charliecaili
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