应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta计算得到介电函数虚部后如何得到实部？
122/2返回列表上一页12
查看: 1263  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhangguangping at 2015-10-05 13:46:34
去Util/Optical这个目录下面看README文件，应该你的问题会得到解决。

麻烦想再请问下，如果纳米带的光学性质可不可以计算呢？我看一般都是计算体相的光学性质
赞一下 回复此楼
11楼2015-10-09 11:14:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhangguangping at 2015-10-05 13:46:34
去Util/Optical这个目录下面看README文件，应该你的问题会得到解决。

我用siesta计算一个纳米带的光学性质，但是计算不出来，显示错误。下面是我的输入文件，麻烦帮我看看哪里有问题：
SystemName          011221-N-H+Si-OH-opt
SystemLabel         011221-N-H+Si-OH-opt
NumberOfAtoms       211
NumberOfSpecies     4
%block ChemicalSpeciesLabel
1   14  Si
2   7   N
3   1   H
4   8   O
%endblock ChemicalSpeciesLabel
LatticeConstant     1 Ang
%block LatticeVectors
      22.109628558616699       7.485984464452540      10.339500065185700
       0.000000000000000      17.207390472761901     -12.458460944992501
       0.000000000000000       0.000000000000000       9.586558767357550
%endblock LatticeVectors
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1 0 0 0
0 1 0 0
0 0 1 0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
AtomicCoordinatesFormat     Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
   0.10352849    0.02141579    0.20284261   3
  -0.00303102    0.18787445    0.60466933   3
   0.31523701   -0.01990189    0.60175324   3
  -0.03776280   -0.00880787    0.32861136   3
   0.03103293   -0.02075025   -0.09745014   3
  -0.04146512   -0.00288224    0.06353341   3
  -0.02105406    0.18417414    0.04700884   3
  -0.01942142    0.10377542    0.05473154   3
   0.42987498   -0.03441736    0.04113554   3
   0.66359171    0.14542582    0.24634073   3
   0.59365788   -0.02235018    0.50748896   3
   0.59338607    0.06581377    0.54238145   3
   0.27639479   -0.00972294    0.32939963   3
   0.33745943   -0.02806354   -0.14080980   3
   0.08496362    0.56485991    0.74832167   3
  -0.00827113    0.44249474    0.58460172   3
  -0.01332421    0.23375639    0.27569067   3
   0.17733280    0.51731308    0.37315976   3
   0.21690341    0.50512642    0.00700930   3
  -0.03942618    0.28120429    0.04016481   3
  -0.01277088    0.44909325    0.00774220   3
  -0.01984203    0.39039748    0.07653864   3
   0.08817346    0.49420128    0.39633010   3
   0.05447248    0.57466305    0.43377294   3
   0.19859706    0.41938282    0.66764997   3
   0.40407032    0.50162165    0.52560630   3
   0.65340510    0.49777328    0.49701257   3
   0.61779999    0.31565647    0.57884649   3
   0.51445734    0.48879869    0.30724931   3
   0.51747028    0.51521088    0.02230615   3
   0.35413804    0.54095078    0.44931858   3
   0.41537074    0.57331279    0.42211222   3
   0.47406552    0.47556880    0.78836917   3
   0.19199402   -0.08864969    0.74272180   3
   0.18089650   -0.06827570    0.07656797   3
  -0.02697501    0.21219641    0.48736164   3
   0.04447764   -0.01535842    0.59230572   3
  -0.05525599    0.10054547    0.86889661   3
   0.12610550   -0.04483418    0.67482321   3
   0.09786292   -0.03608683    0.35988215   3
   0.21123335    0.01723689    0.57977296   3
   0.52050327   -0.09331071    0.66747376   3
   0.63142970    0.18732919    0.70711880   3
   0.61356870    0.07653427    0.13529059   3
   0.53818776   -0.09698994   -0.04737191   3
   0.39618566    0.07233943    0.58251105   3
   0.43723060   -0.04037714    0.60690154   3
   0.55460825    0.36835599    0.52661118   3
   0.63572302    0.13633464   -0.05883615   3
   0.54041958   -0.12152231    0.15124212   3
   0.52182857    0.02128436    0.54202351   3
   0.62786791    0.04492010    0.86443506   3
   0.04038438    0.54084744    1.03923035   3
   0.26135268    0.60322461    0.79812917   3
   0.02807441    0.44943760    0.30980409   3
  -0.01481435    0.33177385    0.77575109   3
   0.13539462    0.52083552   -0.07024639   3
   0.29240675    0.58626566    0.42279778   3
   0.30348388    0.51455917    1.03719121   3
   0.61732348    0.45614289    0.81387839   3
   0.48172721    0.59834610    0.99586005   3
   0.62641149    0.23675425    0.01198849   3
   0.37504984    0.54596226    0.04854829   3
   0.61689781    0.53591698    0.18796202   3
   0.64201401    0.34066985    0.06296906   3
   0.63868827    0.40398469    0.98344646   3
   0.08844855    0.04897862    0.15967745   2
   0.09938155    0.24056300    0.66986075   2
   0.01409202    0.15146747    0.62494313   2
   0.20911349    0.06644179    1.00176920   2
   0.19049249    0.08024497    0.33802179   2
   0.30583353    0.14782218    0.31234376   2
   0.29517778    0.03647122    0.64969584   2
   0.10034905    0.11179210    0.68420898   2
   0.11940238    0.11163878    0.95214677   2
  -0.02106564    0.03887107    0.38716589   2
   0.20117774    0.22866203    0.38735493   2
   0.20887392    0.19600822   -0.00728449   2
  -0.00253356    0.01177461    0.04862582   2
  -0.00275991    0.12260675   -0.02991000   2
   0.10176237    0.25595741    0.32824527   2
   0.20561894    0.21138754    0.65886948   2
   0.41042842    0.01330853    0.05626813   2
   0.40500736    0.24604416    0.67270506   2
   0.32225972    0.15520321    0.60306567   2
   0.51491029    0.07006594    0.97593891   2
   0.49747091    0.07593482    0.31221856   2
   0.61705255    0.15910486    0.31552189   2
   0.56823013    0.03801273    0.59498194   2
   0.39831089    0.12347913    0.70033922   2
   0.42575682    0.11347308    0.94462900   2
   0.31293268    0.01239728    0.30724309   2
   0.51046262    0.22234666    0.37143662   2
   0.51800145    0.19522569   -0.02982949   2
   0.30566116   -0.00676302    0.00066281   2
   0.30444340    0.13295924    0.00116459   2
   0.41079141    0.25725191    0.31932133   2
   0.51101588    0.21490686    0.65624930   2
   0.10616320    0.27076497    0.04464643   2
   0.09639492    0.50216825    0.64389738   2
   0.01040898    0.41760549    0.62655098   2
   0.20925033    0.32879422    0.99239756   2
   0.18659190    0.34610118    0.33673366   2
   0.30760405    0.41491594    0.31718392   2
   0.29276931    0.29894632    0.65003318   2
   0.09978652    0.37624307    0.67333789   2
   0.11935706    0.37335411    0.94295574   2
  -0.00171990    0.28711619    0.32538150   2
   0.20536951    0.49010423    0.38913064   2
   0.20133269    0.46253056    0.01753908   2
   0.00547706    0.26601134   -0.00056420   2
  -0.00028117    0.38954494   -0.04248506   2
   0.07563679    0.51231361    0.33094016   2
   0.20100588    0.46762532    0.66481473   2
   0.41221256    0.26960024    0.03477578   2
   0.41302235    0.49103310    0.60877327   2
   0.31719043    0.41954751    0.61449457   2
   0.51381386    0.33567584    1.00209484   2
   0.50322631    0.33639670    0.31745626   2
   0.60988326    0.50237634    0.52180077   2
   0.59959168    0.30178566    0.67289679   2
   0.40728042    0.37544231    0.66349342   2
   0.42043861    0.38225613    0.96305835   2
   0.30767934    0.28071121    0.31130063   2
   0.53070992    0.47694166    0.37506190   2
   0.50410045    0.46932045    0.02433132   2
   0.30465726    0.27158508    0.00175340   2
   0.30691078    0.40265382   -0.01063974   2
   0.39908253    0.52613846    0.35346626   2
   0.51145197    0.45698481    0.65573508   2
   0.17210790   -0.04730559    0.74684782   4
   0.20557481   -0.06044916   -0.02400310   4
  -0.02398447    0.16385344    0.36017343   4
   0.03856517   -0.01182839    0.49977917   4
  -0.07046874    0.09259085    0.77995494   4
   0.08725557   -0.01407831    0.70470322   4
   0.14295525   -0.03839732    0.28573874   4
   0.20685614   -0.01055844    0.46078160   4
   0.49780733   -0.05234817    0.67695612   4
   0.62258584    0.15333178    0.59500234   4
   0.60942647    0.03388316    0.01012700   4
   0.53699962   -0.06332378   -0.09031743   4
   0.40944962   -0.00089784    0.35733993   4
   0.39293459   -0.00924477    0.70104684   4
   0.59198171    0.31621951    0.42445514   4
   0.63206681    0.19141887    0.06878705   4
   0.52077332   -0.09448992    0.12236906   4
   0.49324948   -0.00633811    0.47675300   4
   0.62820675    0.07041826    0.79617613   4
   0.01248139    0.52686412    0.98234724   4
   0.28192763    0.55748295    0.65555859   4
   0.00278241    0.41436308    0.32222345   4
  -0.01083903    0.29131984    0.63454122   4
   0.10271821    0.53085526    0.05193876   4
   0.30382627    0.54056401    0.28476675   4
   0.32457672    0.53288513    0.96139108   4
   0.61777983    0.44960093    0.70206755   4
   0.52539716    0.58319474    0.94701755   4
   0.61275258    0.26375549   -0.03898227   4
   0.41440979    0.53319189    0.04046052   4
   0.61793350    0.54939589    0.30350849   4
   0.65456350    0.39117412    0.10802979   4
   0.60742430    0.43111141    0.97657273   4
   0.14572180    0.04482034    0.97791867   1
   0.05416568    0.19313511    0.74289762   1
   0.28207463    0.20252339    0.56193510   1
   0.23063793    0.01860605    0.07653323   1
   0.17672901    0.18550202    0.50161070   1
   0.01134436    0.06728533    0.24248046   1
  -0.01263722    0.07042738    0.58363743   1
   0.07554790    0.08703162    0.83757945   1
   0.13135538    0.20654508    0.07784972   1
   0.27970022    0.19830038    0.25087147   1
   0.15990183    0.03644057    0.44631665   1
   0.25469397    0.10765652    0.90889437   1
   0.46028259    0.03310234    0.91632091   1
   0.35601172    0.20260633    0.74756382   1
   0.58740866    0.20906221    0.57090659   1
   0.53935984    0.03035442    0.05887775   1
   0.48169066    0.18320262    0.49750145   1
   0.33310402    0.03982163    0.16206193   1
   0.33450850    0.04983655    0.47816172   1
   0.38176313    0.09129065    0.83601851   1
   0.44013147    0.20631707    0.06692067   1
   0.58491383    0.22645364    0.29672382   1
   0.47797705    0.00228615    0.33874033   1
   0.55885149    0.09455846    0.83422207   1
   0.15778283    0.29288033    0.90784121   1
   0.05204981    0.45935740    0.73715283   1
   0.27681548    0.46405576    0.56924095   1
   0.22812720    0.28605646    0.08042408   1
   0.17313700    0.45089459    0.50600585   1
   0.02708611    0.31372104    0.17801107   1
   0.02424430    0.31300188    0.48626843   1
   0.07851009    0.34711479    0.81838340   1
   0.12598100    0.46977933    0.08613660   1
   0.28193400    0.45996826    0.24335170   1
   0.14944085    0.29599559    0.42079165   1
   0.25388401    0.37438615    0.90917376   1
   0.46329959    0.29899884    0.91228759   1
   0.36450549    0.45822073    0.71485458   1
   0.56660858    0.49964758    0.70818337   1
   0.53733485    0.28529869    0.06641204   1
   0.48946707    0.44305623    0.49219322   1
   0.33356523    0.30844579    0.16213451   1
   0.33377649    0.31231120    0.47867014   1
   0.38548749    0.35290189    0.82121738   1
   0.42892452    0.47977235    0.10509268   1
   0.60299606    0.48048871    0.32815519   1
   0.45982975    0.29318887    0.40957409   1
   0.55784827    0.38431132    0.91930085   1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
    xc.functional         LDA
    xc.authors            CA
    MeshCutoff            100 Ry
    MD.MaxForceTol       0.04 eV/Ang
    MD.UseSaveCG         T
    MD.UseSaveXV         T
    DM.UseSaveDM         T
    PAO.BasisSize        DZP
    DM.MixingWeight      0.01
    MD.MaxCGDispl        0.05 Bohr
    DM.NumberPulay       10
    MaxSCFIterations     200
    ElectronicTemperature   3000 K
    SolutionMethod       diagon
    MD.TypeOfRun         CG
    MD.NumCGsteps        0
    OpticalCalculation      T
    Optical.EnergyMinimum    0 Ry
    Optical.EnergyMaximum    3 Ry
    Optical.Broaden    0.02 Ry
    Optical.Scissor    0.06 Ry
    %block Optical.Mesh
      1   1   1
    %endblock Optical.Mesh
    Optical.OffsetMesh  T
    Optical.PolarizationType    unpolarized
    %block Optical.Vector
       0.0    0.0   1.0
    %endblock Optical.Vector

输出文件最后的错误显示：
Optical: Gaussian broadening     =   0.0200 Ry
Optical: Scissor operator        =   0.0600 Ry
Optical: Number of bands         =     2215
Optical: Number of electrons     =      776
Optical: BZ mesh dimensions      =    1   1   1

Optical: Vectors defining the plane that contains the Efield:
Optical:      1.00000     0.00000     0.00000
Optical:      0.00000    -1.00000     0.00000
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    1
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    5
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    6
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    7
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    4
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    3
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    0
Error in Cholesky factorisation in cdiag
ERROR STOP from Node:    2
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 1 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
-------------------------------------------------------------------------
赞一下 回复此楼
12楼2015-10-09 11:25:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiongxiong5712 的主题更新
122/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭