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白鸽8633

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 什么是位点(活性口袋)?什么是靶点? 已有2人参与

docked poses 和 pocket,不是一样的么?

在MOE中,Isolate the ligand and pocket in 3D,分开配体和口袋,这个是为了什么?
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pymol

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引用回帖:
8楼: Originally posted by 白鸽8633 at 2015-09-23 15:21:40
问一句,因为刚刚使用Molecular Operating Environment这个软件,即MOE,可以看哪方面的文献材料才能指导使用?希望能推荐些。我现在始终对如何将已知药物docking到蛋白上去,所谓的打分系统又看的是啥,我一无所知 ...

看你研究领域相关文献啊,首先了解你的靶点蛋白的空间结构,活性口袋信息,再就是看看其他研究人员有没有做你的蛋白对接相关的文献
9楼2015-09-24 16:47:30
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不太会用MOE。不过docked poses应该指的是放进去的配体的可能构象,而pocket指的是受体中结合配体的位置吧
3楼2015-09-18 16:29:12
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
白鸽8633: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2015-09-21 13:45:20
靶点指的是蛋白或者酶,活性位点指的是蛋白结构上可以结合小分子配体的结构域(活性口袋)
4楼2015-09-19 18:40:43
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白鸽8633

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-09-19 18:40:43
靶点指的是蛋白或者酶,活性位点指的是蛋白结构上可以结合小分子配体的结构域(活性口袋)

意思是靶点的区域要比活性口袋更大,因为是某种蛋白么,而活性口袋是更精准的点?
5楼2015-09-21 13:46:09
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