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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 什么是位点（活性口袋）？什么是靶点？
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白鸽8633

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 什么是位点（活性口袋）？什么是靶点？ 已有2人参与

docked poses 和 pocket，不是一样的么？

在MOE中，Isolate the ligand and pocket in 3D，分开配体和口袋，这个是为了什么？
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1楼 2015-09-18 14:46:54
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白鸽8633

铁杆木虫 (著名写手)
有使用moe的么
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2楼2015-09-18 15:16:39
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不太会用MOE。不过docked poses应该指的是放进去的配体的可能构象，而pocket指的是受体中结合配体的位置吧
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3楼2015-09-18 16:29:12
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
白鸽8633: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2015-09-21 13:45:20
靶点指的是蛋白或者酶，活性位点指的是蛋白结构上可以结合小分子配体的结构域（活性口袋）
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4楼2015-09-19 18:40:43
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白鸽8633

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-09-19 18:40:43
靶点指的是蛋白或者酶，活性位点指的是蛋白结构上可以结合小分子配体的结构域（活性口袋）

意思是靶点的区域要比活性口袋更大，因为是某种蛋白么，而活性口袋是更精准的点？
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5楼2015-09-21 13:46:09
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白鸽8633

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-09-19 18:40:43
靶点指的是蛋白或者酶，活性位点指的是蛋白结构上可以结合小分子配体的结构域（活性口袋）

MOE中docked poses这个是什么意思？
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6楼2015-09-21 13:46:57
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 白鸽8633 at 2015-09-21 13:46:09
意思是靶点的区域要比活性口袋更大，因为是某种蛋白么，而活性口袋是更精准的点？...

可以这么理解了
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7楼2015-09-22 11:26:14
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白鸽8633

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-09-22 11:26:14
可以这么理解了...

问一句，因为刚刚使用Molecular Operating Environment这个软件，即MOE，可以看哪方面的文献材料才能指导使用？希望能推荐些。我现在始终对如何将已知药物docking到蛋白上去，所谓的打分系统又看的是啥，我一无所知
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8楼2015-09-23 15:21:40
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 白鸽8633 at 2015-09-23 15:21:40
问一句，因为刚刚使用Molecular Operating Environment这个软件，即MOE，可以看哪方面的文献材料才能指导使用？希望能推荐些。我现在始终对如何将已知药物docking到蛋白上去，所谓的打分系统又看的是啥，我一无所知 ...

看你研究领域相关文献啊，首先了解你的靶点蛋白的空间结构，活性口袋信息，再就是看看其他研究人员有没有做你的蛋白对接相关的文献
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9楼2015-09-24 16:47:30
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