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ynxwxac

铁杆木虫 (著名写手)

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[资源] 晶体结构解析、作图及投稿常见问答

1．我要固定占有率，但是FVAR 的第二个参数等是怎样得到的！！！

如果不修占位度，就在占位度数据前加1，例如：0.274 改为10.274。
FVAR 的第二个参数是表示您要修的占位的百分数，INS文件中用1，精修后的RES文件中就会变成实际的占位百分数，如Fe,Mg占据同一位置，如果这个数在RES文件中变为0.75就说明Fe占75％，Mg占25％。

您的意思是在ins文件FVAR的第二项加上1，然后进行重修，它就会自动变为实际值是吧！那么我要对氢原子进行同样的重修我也只要在第三个参数加上1就可以吗？谢谢！！

是这样的，但您要加EXYZ EADP 这两个指令，不过好像H原子一般不做占位度的修正吧，占位度的修正大多是重阳离子。

2．个别晶体录谱时完成率低于93％，你有否解决的办法？

有的晶体在高角度的衍射较弱，所以完成率低，也可以像有的网友的做法一样使用ACTA 2theta 命令来折中一下，2theta 对于Mo靶可以取到65，但不要太大(>70)

ACTA 2theta 命令，是如何使用的？直接放在ins文件命令行还是在XP命令中使用？

3．请问，在XP中看图时，想知道当前投影图的观察方向，用Matr得到一个方向矩阵，如何把这个矩阵和晶面指标联系，统一起来。

matr 1　沿a 轴
matr 2　沿b轴
matr 3　沿c 轴

4．请问如何给配位水理论加氢

在SHELEXL中可以用HFIX指令来理论加氢。SP2杂化C加一个氢用参数163，SP2杂化C或N加一个氢用参数43，SP3杂化C或N加一个氢用参数93，SP3杂化C或N加两个氢用参数93，SP3杂化C加一个氢用参数13，SP3杂化C加两个氢用参数23，SP3杂化O加一个氢用参数147，SP3杂化O加一个氢键用参数83。具体用法请参见使用说明书。

您所说的HFIX加氢我试过了，但是可能是由于格式不对吧，提示运行错误．是用下面的格式吗？以给SP3杂化或N加一个氢为例：
HFIX　９３　N1
写在ins文件中？

其实我倒是有个简单的方法给N加H,先把N命名为C,给C加个H,然后把C再命名为N就是咯

试过了，对我这个东西不是很好使，不过应该是种方法。我的问题也解决了，受sundrew的启发也使用相似的方法骗了程序一把。看来有时候还是得用一些非常规的方法的。

先让它自然长出来，最后根据键长合键角选择2个氢，我都是这样做，应该没有问题
5．我初学晶体解析，也碰到completeness问题，但不知道acta 50是如何使用的？请指教！

你只要在INS文件中在acta 命令后加50 边可,当然也可以别的数字如52,但是其具体如何影响 completeness 我也不太清楚,

在ins文件里改了，不起作用啊～

你改完以后重修一下，然后到cif文件力找到completeness那一项就会发现有变化了

50或52是指收集的角度2theta范围的限制，一般不小于50，否则被认为不和要求。

6．在解析过程中，发现76号和78号空间群均能解出结构，且R因子几乎一致，该选哪个好呢？

76 和78 的区别是滑移轴有一点不同。用Platon软件检查一下你的res文件。

这两个空间群是螺旋轴左旋P41和右旋P43的的问题，有时也就是手性问题，这需要用Friedel定律用HKL的正负强度统计来区别，但是有时对于Mo靶的X射线来说，区别是有困难的。您可以用其它物理方法来区别如旋光性等。

7．_refine_ls_number_parameters　　　　　一般包括那些，如何计算？

如果您用SHELXTL来生成CIF文件的话，一般都会自动给出这个参数的。

我是用shelxtl生成的，参数也也有，不过我们这一个老师觉得计算值与报告值有差，不知道如何解释？

以CIF文件为准

8．在发文章时常会看到在一副图片下边有这样的东西：symmetry code -x, -y z+1之类的东西，我们改如何找呀，谢谢！！！

查国际表

我发现直接可以用diamond找到它的代码,在测量键长及键角那一栏就有. 用diamond将其打开，选中你想要知道的元素后，点击上面的带有!号的图标，就可以了

9．_diffrn_standards_number
_diffrn_standards_interval_count
指的是什么？

_diffrn_standards_number 用于监测衍射稳定性的标准衍射强度的点数_diffrn_standards_interval_count 监测衍射稳定性的标准衍射强度的记录数量
以上两项取决于仪器是否做这种标准监测。在四园衍射仪中由于测量时间较长，环境、电压等因素会对不同时间收的数据造成影响，所以要进行标准点的监测以便校正数据，但CCD则不做这种操作了。

10．最近写了一篇文章,在cif文件中有对称操作代码,其中有三个是别人给的,有 _geom_hbond_site_symmetry_A 一栏的代码.但是我自己找了俩个氢键,不知该如何找,我的晶体属于Monoclinic P2(1)/n. 最后俩个的对称代码我也知道,分别是(0.5+x,0.5-y,0.5+z)和(1.5-x,1.5+y,1.5-z)在cif文件中如何表示?

你可以用platon 软件计算一下氢键，它会给出你所有想要的，
或者让platon生成一个cif表，然后把你要的那一部分贴到你的文章上对应的那一部分，
命令是 tab acc，它会生成一个文件，你用写字板打开就行了。

在ins中写htab命令就可以吧？还有eqiv不就有了

谢谢！就直接写入ins文件，然后怎样操作，我对这是刚入门，不懂，在什么软件中进行，您能详细说一下吗？谢谢

你写两条就是了，我建议你看看说明书
Eqiv
Htab

11．请教一下，填写cif文件中的信息需要哪些的其他文件？*._Ls,*.abs分别可以提供什么信息，其他文件呢？

abs中有decay 的百分数，LS中有衍射点数，2theta最大，最小等

你可以用xcif生成一个.txt文件，就什么都有了

12．请问各位高手，应如何加氢，给化合物的溶剂水加氢以及分子骨架加氢。

方法有两种
其一，残峰加氢，就是把q指人成H就是了，和一般原子的指认是一样的，只是在各项异性修正后。
其二，理论加氢，可以在xp里用hadd命令或者在ins文件里用hfix命令

13．在确定C的手性是，该如何操作

没有重原子，则不能定绝对构型

那溴算不算重原子,如果算,又该怎样操作?

大于Si，一般认为有重原子，在做吸收矫正时，可以选手性群，然后解出的CIF文件中有一项为FLACK值，对于此值有要求小于0.05，如果太大则需要REVERSE，符合要求则所见即所得。一般原料是手性的时，应特别注意。原料不是手性的时，应该是外消旋的混合物。

14．请教高手：如何计算点到面的距离？用xp如何计算点到面的垂直距离？或者用那些软件？谢谢了

XP 下用mpln 定义一个面，就自动产生其他原子与他的距离

如果是两个平行的平面，把最后的数一减就可以了

把最后的数一减就可以了'是什么意思，那如果二者有一点角度，又是如何算了，谢谢

其实出来的是两个归一化的平面方程（系数的平方和为一），两个平没如果是平行的，x,y,z的系数就是一样的。常数项相减就是面间距。

说问题就要说清楚了,归一化的平面方程是怎样算出来的？

人家给的方程就是归一化的，你不用算的，你试一试，观察一下就知道了。

15．请教诸位，ZERR值是否表示一个晶胞中所含的分子个数，在解结构的过程中，有时这个值是很大的，是否每次都需要人工改动，这个值如何计算？

一般先改为2或4，最后在改为正确的

代表独立区分子个数，不对时，CIF中原子个数和分子量则错

一般为2的N次方，对于3方6方晶系有3的整数倍

Z直要把结构解完,如果Z直与INS文件原子数不符,精修时,会提示的!在*.lst文件里会找到原子的个数,在根据占有率,确定Z!

16．su值的意义，这个值从哪里得到？
_refine_ls_shift/su_max　　　　　 0.001
_refine_ls_shift/su_mean　　　　　0.000

su值的意义为收敛，是算出来的，一般应小于0。005

17．请问如何计算俩个平面间的距离，或者俩个平面的中心间的距离。就是计算俩个有芳香堆积平面间的距离。不知用mercury能计算吗

在XP里面操作： cent /x atom1 atom2....这就定出了一个中心想X1a, 用同样的方法定出另外一个中心，这就很容易测了...

我觉得用Diamond可以，量一下位于平面内的两原子（两原子之间的连线垂直于平面）。

能找到位于平面内的两原子（两原子之间的连线垂直于平面），符合这样要求的两个原子好像不是很容易的吧？如果能找得到的话，Mercury也就能量了．

两个平面之间的距离是由两个平面的平面方程计算的，不是两个平面原子的距离，这两个平面方程可以由SHELEXS来计算或者用XP来计算。

18．我想将我的晶体结构作为最优化的构型进行理论计算，但存在着坐标转换的问题，请问采用什么坐标转换软件？

在XP命令提示符中键入orth就可以将晶休内坐标转化成直角坐标。

首先XP读入你的ins或res文件，再键入
fmol
orth c.txt
再退出，直角坐标就存到c.txt文件中了

19．在lst文件中出现may be split into …….. and ………时，如何解决？谢谢！

DISORDER 的问题，可以计算占有率。

按照Lst文件里面的建议，在RES里把该原子分成两个（比如S1和S1')，其坐标就用文件里建议的.建议先固定占位率，比如原始的值为0.5，你可以给分开的两个原子分别设为0.25，固定住(10位加1）。refine一下，看看结果，再考虑放开。

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