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取个什么名啊

木虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
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虫号: 3436678
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性别: GG
专业: 生物物理、生物化学与分子

[求助] 荧光定量PCR求助已有1人参与

我用荧光定量PCR检测两个基因之间的关联，使用绝对定量的方法。现在从NCBI得到了基因的序列，怎么根据这个序列设计荧光定量PCR引物，是根据这段序列随机设计一段PCR产物为100~200bp的引物吗？设计好的引物用常规PCR摸索条件时，模板是DNA还是以RNA逆转录形成的cDNA?

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1楼 2015-09-09 10:55:17

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hanfusu

新虫 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
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专业: 微生物学

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
取个什么名啊: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-09-11 08:55:54

PCR引物设计当然是根据你的目标序列来设计。设计的时候有两个大个问题是需要考虑的：
1. 你的PCR使用的荧光的类型：比如是使用SYBR还是使用荧光探针？这两种在特异性和费用上有各自特点，楼主可以自己了解。
2.引物的特异性、退火点、CG比例等等，一般产物长度在100-200bp，如果是使用SYBR的话，可以在网页上设计引物：http://primer3.ut.ee/

常规PCR摸索条件时，使用DNA模板就行了。当然你不缺cDNA的话使用cDNA也可以。希望有所帮助！

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