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1297286362

铜虫 (初入文坛)

[求助] 菌液PCR的结果显示:阳性克隆较少,且目的条带比较浅 已有3人参与

我的步骤是:我用TAKARA的primerstar扩的PCR产物(877bp,高GC序列 98℃ 5min,98℃ 10s,68℃ 1min10s,30cycles,72 ℃ 10min,12℃ forever),跑胶看了一下,条带挺亮,然后纯化,用TAKARA的EX Taq加A(24.2ul DNA ,3ul 10×EX Taq BUFFER ,2.5ul 2.5mM dATP 0.3ul EX Taq 70℃ 30min)再进行纯化,按照北京全式金试剂盒的说明书进行TA克隆(5ul体系,37 ℃ 10min),然后转化(感受态细胞用的是试剂盒里自带的)涂板,37℃培养过夜,挑单菌落于10ul LB+AMP培养1h,取1ul菌液做模板用TAKARA的rTaq进行PCR(98℃ 5min ,98℃ 10s ,55℃ 30s, 72℃ 1min10s ,30cycles 72 ℃ 10min,12℃ forever ),但是现在的问题是:不仅阳性克隆比较少,而且阳性克隆的目的条带比较浅。
备注:纯化以及转化步骤和大众的相同,菌液PCR跑出的胶图中可以看出:不仅阳性克隆比较少,而且阳性克隆的目的条带比较浅,选了几个单一条带的管号去测序,结果是好的,但我想知道为什么假阳性这么高,而且条带比较浅。希望各位帮帮忙!谢谢
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1297286362

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaomili1206 at 2015-09-01 11:00:00
测序结果对的那几管菌液就是转化成功有目的基因的菌液,扩大培养,调整好细菌状态就可以保存菌种了。扩增阳性和测序正确,这不叫假阳性啊,这就是阳性结果了。英格恩技术博客。

亲,是我说错了,我想说的是空载率比较高,我做了几次都是这样,有母的条带的比较少,而且还有杂带,请问这是什么原因?
喜欢你就诅咒你!
5楼2015-09-02 16:41:43
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-03 23:01:42
目的条带浅,好歹也出来啦,说明在摸索摸索条件优化优化就能出来了,至于假阳性问题,你是和正对照比出的结果吧?原因很多啊,模板有Taq酶抑制剂,引物设计不合理退火温度延伸时间等,你得自己一一排除啊,上张图上来可能会好分析一点,这些资料上多有的http://www.detaibio.com/topics/pcr-faq-specific-amplify.html
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
2楼2015-09-01 10:21:15
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xiaomili1206

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-09-03 23:02:00
测序结果对的那几管菌液就是转化成功有目的基因的菌液,扩大培养,调整好细菌状态就可以保存菌种了。扩增阳性和测序正确,这不叫假阳性啊,这就是阳性结果了。英格恩技术博客。
3楼2015-09-01 11:00:00
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

【答案】应助回帖

结果挺好的,很正常
胶底下有些引物二聚体之类的会影响PCR效率
一个就够用了,要那么多干什么
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
6楼2015-09-03 09:19:36
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