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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Castep多CPU计算的问题解决了，又遇到了不能多节点计算的问题
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] Castep多CPU计算的问题解决了，又遇到了不能多节点计算的问题 已有1人参与

我在上个帖子中求助了castep多CPU计算的问题http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=9251122
后来发现是Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX文件不对，于是把它改成了原来的内容，即localhost，就可以多CPU计算了，而且由集群自动分配节点。
可是当我把节点数改为2时，又遇到了新的问题，任务的PBS文件基本不变，还是这样：
#!/bin/sh
#PBS -N pppa
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -o /home/lgx2015/out
#PBS -e /home/lgx2015/err
#PBS -m bae
cd /home/lgx2015/aa5
/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 16 Cs2NaYF6

不论我把#PBS -l nodes=2这句里的节点数设为多少，集群倒是可以为我分配相应的节点数，但是程序实际只用到了一个节点，而且这个节点上用到的核数等于“RunCASTEP.sh -np”命令后面的数字，而其他节点实际都没用到。集群管理员说一个节点只能跑8个核，我跑更多个核是不允许的，让我再改一下设置。
我试了两天了，也没有弄好。
如果修改machines.LINUX文件的话，改成指定节点
cnode01:8
cnode02:8
cnode03:8
是可以实际做到多节点多核运行的，但是集群管理员不允许我指定节点来运行，只能由集群自动分配节点。
请问我改怎样设置，才能既让集群自动分配节点，又能多节点并行呢？问题出在哪里呢
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1楼 2015-08-11 18:59:00
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devinhu

木虫 (小有名气)
你 cat  /proc/net/dev看看
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7楼2015-08-12 17:42:58
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devinhu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoxuan1111: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，搞定了 2015-08-12 15:36:50
肯定不允许你使用MS他那个指定节点跑作业啊。一定得通过torque那套来分配，就如我上一个帖子回你那样。不过你们的管理员也是，这些东西应该他提供的。。
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2楼2015-08-12 11:01:02
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by devinhu at 2015-08-12 11:01:02
肯定不允许你使用MS他那个指定节点跑作业啊。一定得通过torque那套来分配，就如我上一个帖子回你那样。不过你们的管理员也是，这些东西应该他提供的。。

非常感谢。我尝试了好多次，最后彻底放弃用runCASTEP.sh来并行计算。你给我的脚本里面是用castepexe.exe来计算的，我就在这个脚本的基础上改了改路径，设置环境变量的ms70.sh也按你给的改好了，折腾了好久，最后终于可以在集群自动分配节点的前提下多节点并行了。你的脚本有点长，一些句子不太懂，我就去掉了一些，也没影响运行。
现在我的脚本是这样的：
#!/bin/sh
#PBS -N msi
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -l walltime=400:00:00
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
source /home/lgx2015/Accelrys/ms70.sh
mpirun -np $NP /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 Cs2NaYF6_PhonDOS Cs2NaYF6_PhonDisp
如果我想几何优化后继续进行声子计算，像上面这样直接把任务名列在后面可以吗？
我现在正在试，程序正在几何优化，还没到声子计算，不知道几何优化完会不会继续运行
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你想要什么，如何得到想要的，现在应该怎么做？
3楼2015-08-12 15:36:14
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by devinhu at 2015-08-12 11:01:02
肯定不允许你使用MS他那个指定节点跑作业啊。一定得通过torque那套来分配，就如我上一个帖子回你那样。不过你们的管理员也是，这些东西应该他提供的。。

忘了说了，还要把用到的赝势文件拷到.cell和.param所在的文件夹里。
以前用runCASTEP.sh不需要。
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你想要什么，如何得到想要的，现在应该怎么做？
4楼2015-08-12 15:39:15
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