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xiaoxuan1111铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
Castep多CPU计算的问题解决了，又遇到了不能多节点计算的问题 已有1人参与
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我在上个帖子中求助了castep多CPU计算的问题http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=9251122 后来发现是Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX文件不对，于是把它改成了原来的内容，即localhost，就可以多CPU计算了，而且由集群自动分配节点。 可是当我把节点数改为2时，又遇到了新的问题，任务的PBS文件基本不变，还是这样： #!/bin/sh #PBS -N pppa #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -o /home/lgx2015/out #PBS -e /home/lgx2015/err #PBS -m bae cd /home/lgx2015/aa5 /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 16 Cs2NaYF6 不论我把#PBS -l nodes=2这句里的节点数设为多少，集群倒是可以为我分配相应的节点数，但是程序实际只用到了一个节点，而且这个节点上用到的核数等于“RunCASTEP.sh -np”命令后面的数字，而其他节点实际都没用到。集群管理员说一个节点只能跑8个核，我跑更多个核是不允许的，让我再改一下设置。 我试了两天了，也没有弄好。 如果修改machines.LINUX文件的话，改成指定节点 cnode01:8 cnode02:8 cnode03:8 是可以实际做到多节点多核运行的，但是集群管理员不允许我指定节点来运行，只能由集群自动分配节点。 请问我改怎样设置，才能既让集群自动分配节点，又能多节点并行呢？问题出在哪里呢 |
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xiaoxuan1111
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devinhu
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xiaoxuan1111
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非常感谢。我尝试了好多次，最后彻底放弃用runCASTEP.sh来并行计算。你给我的脚本里面是用castepexe.exe来计算的，我就在这个脚本的基础上改了改路径，设置环境变量的ms70.sh也按你给的改好了，折腾了好久，最后终于可以在集群自动分配节点的前提下多节点并行了。你的脚本有点长，一些句子不太懂，我就去掉了一些，也没影响运行。 现在我的脚本是这样的： #!/bin/sh #PBS -N msi #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=400:00:00 #PBS -j oe cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` source /home/lgx2015/Accelrys/ms70.sh mpirun -np $NP /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 Cs2NaYF6_PhonDOS Cs2NaYF6_PhonDisp 如果我想几何优化后继续进行声子计算，像上面这样直接把任务名列在后面可以吗？ 我现在正在试，程序正在几何优化，还没到声子计算，不知道几何优化完会不会继续运行 |
3楼2015-08-12 15:36:14
xiaoxuan1111
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5楼2015-08-12 15:47:52
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