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对天空说lrj金虫 (正式写手)
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[求助]
Nose-Hoover 热浴控温，lammps来讲就是指的fix nvt 吧？为什么温度会大增导致原子丢失 已有6人参与
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我做热导率想先按照文献的方法模拟一遍验证自己的程序对不对，据文献里的表述“前50 万步，将整个系统置于NVE 系综中，对上下固壁和液体区域分别使用温度/速度调节法使系统在100 K 下达到平衡状态。后500 万步，利用Nose-Hoover 热浴来对上下固壁分别进行控温，给液体区域沿y 向施加一个温度梯度.” 对于上面描述的控温我使用如下的命令 fix NVE all nve fix 2 all temp/rescale 100 100 100 0.1 1.0 run 500000 unfix 2 fix NHlo Plow nvt temp 110 110 100 fix NHhi Pup nvt temp 90 90 100 run 5000000 第二个run的时候我没有对液相进行任何控温，Nose-Hoover 热浴控温，对于lammps来讲就是指的fix nvt 吧？但是这样运行之后前面还有nve,体系的温度就会不断增加，最后丢失原子，麻烦前辈看看我的问题出在哪里？ |
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【答案】应助回帖
| 这种属于，系统崩溃的问题，一般和初始结构不好，时间步太大，模拟流程不对等有关，当然有时候和你安装的版本用的数值精度也会有关系。参看http://www.isimuly.com/forum.php ... ;amp;extra=page%3D1 |
16楼2017-03-28 13:11:25
3楼2015-07-29 02:37:49
对天空说lrj
金虫 (正式写手)
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4楼2015-07-29 08:48:52
【答案】应助回帖
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我做热导率想先按照文献的方法模拟一遍验证自己的程序对不对，据文献里的表述“前50 万步，将整个系统置于NVE 系综中，对上下固壁和液体区域分别使用温度/速度调节法使系统在100 K 下达到平衡状态。后500 万步，利用Nose-Hoover 热浴来对上下固壁分别进行控温，给液体区域沿y 向施加一个温度梯度.” ############################################################### 这里文献的描述不准确，NVE系宗能量是invariant。 ############################################################### 对于上面描述的控温我使用如下的命令 fix NVE all nve fix 2 all temp/rescale 100 100 100 0.1 1.0 run 500000 unfix 2 fix NHlo Plow nvt temp 110 110 100 fix NHhi Pup nvt temp 90 90 100 run 5000000 第二个run的时候我没有对液相进行任何控温，Nose-Hoover 热浴控温，对于lammps来讲就是指的fix nvt 吧？但是这样运行之后前面还有nve,体系的温度就会不断增加，最后丢失原子，麻烦前辈看看我的问题出在哪里？ ############################################################### 第二个run的时候你每步的对上下两个区域进行了两次积分，一个根据NVE，就是F=ma，另一次根据NVT，就是F=ma+一个量。我估计你体系出问题就是这个原因。 所以，在第二个run的时候，你应该对上下两部分NVT，中间NVE。不要有overlap。 还有一种方法是用郎之万thermalstat，lammps里的郎之万热浴不会直接进行积分，所以可以写成fix all nve+fix Nhi Langevin。 ############################################################### |
5楼2015-09-03 15:23:05
