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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 利用R对RNA-seq的reads 数据进行统计分析
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快乐君子

银虫 (小有名气)

[交流] 利用R对RNA-seq的reads 数据进行统计分析

我现在有一组RNA-seq的 reads count数据，这个实验有11种处理（1个control），每一处理3重复，所以用表格整合总的有33列reads count 数据，
我现在想用R中的DEseq2 package算出log2 fold change，我能否对平行实验的reads count取平均？
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1楼 2015-07-20 17:43:08
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zhkzhou

木虫 (小有名气)
★
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你的问题没有表述清楚，1个control 是指没有做重复？
我猜是（1个control + 10 个处理）*3。
一直强调 RNA-seq 要有重复，你若是取平均，则完全丧失了数据的优势。
DEseq2和edgeR的说明书里都非常详细的列举了计算过程。
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16楼2015-07-24 20:31:20
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whd2013

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
滥发金币的效果就是一堆表情加祝福了

[ 发自小木虫客户端 ]
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14楼2015-07-20 19:52:09
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