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ultraq

至尊木虫 (著名写手)

[求助] VASP+Phonopy算力常数很慢 已有3人参与

第一次用Phonopy算声子谱,发现在算力常数特别慢,48小时了才算了几个displacement,按照这架势下去,一个星期都不够啊
我是2个10核cpu并联,怀疑是INCAR有问题,请高手看看:
# General/output settings:
SYSTEM     = ,,,
LORBIT     = 11       ! write magnetic moments in OUTCAR
ENCUT    = 500.0      ! in eV
ISMEAR  = 0          ! 0 - gauss ; 1 - MP ;  -5 - tetrahedron
SIGMA   = 0.05       !0.1        ! in eV
ISPIN   = 2
MAGMOM  =  32*0 16*5 16*0 80*0
#LSORBIT =      T    #spin-orbit coupling
#MAGMOM  =  12*0  0 0 9 0 0 -9 0 0 -9 0 0 9   36*0
#LCALCPOL = .TRUE.
#LEPSILON = .TRUE.
GGA=PS

# LDA+U settings:
LDAU     = .TRUE.
LDAUTYPE = 2   ! Dudarev approach, only U-J is used
LDAUL =  -1  2 -1  -1
LDAUU =  0.0 4.5 0.0 0.0

NELMDL=-5
EDIFF=1E-8
NELM=150
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
VOSKOWN=1

PREC=Accurate
NGX=82
NGY=106
NGZ=78

#AMIX  =  0.2
#BMIX  =  0.0001 ! almost zero, but 0 will crash some versions
#AMIX_MAG  =  0.8
#BMIX_MAG  =  0.0001 ! almost zero, but 0 will crash some versions


# Ionic/cell relaxation:
NSW     = 1
IBRION  = 8      ! 0 - MD
               ! 1 - RMM-DIIS method
               ! 2 - CG method
               ! 3 - damped MD method
ISIF    = 3       ! relax ions + calculate stress tensor
EDIFFG  = -0.005 ! forces criteria - 10 meV/Ang
#NPAR = 4
LMAXMIX = 4 ! for s p  LMAXMIX to 2,d: LMAXMIX = 4,  f: LMAXMIX = 6

LREAL= .FALSE
ADDGRID = .TRUE.
LASPH   = .TRUE.
#ISYM   =  -1    0-nonsym 1-usesym 2-fastsym

谢谢!
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ultraq: 金币+10, 有帮助, 谢谢! 2015-07-19 08:40:03
Phonon calculation本来就是很要时间的啊,尤其是supercell建的比较大的情况
这是官方给出的例子:
 PREC = Accurate
ENCUT = 500
IBRION = 8
  EDIFF = 1.0e-08
  IALGO = 38
ISMEAR = 0; SIGMA = 0.1
  LREAL = .FALSE.
ADDGRID = .TRUE.
  LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.

和LZ的INCAR比较的话发现lz开了自旋(ISPIN=2),还有DFT+U。自旋肯定会加大计算量,DFT+U没算过不清楚
而且我还发现你设置了ionic relaxation相关项(NSW ISIF EDIFFG),这些貌似不用设置的吧,可以注释掉

LZ嫌慢的话可以用finite displacement方法来算(就是直接用phonopy生成的POSCAR-*)这个可以多个displacement一起算,速度就会快很多啦 当然取决于lz的计算资源咯
2楼2015-07-19 03:36:17
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ultraq: 金币+5, 有帮助 2015-07-20 14:10:35
20核真的不是很充裕
我们最深的恐惧不是我们能力不够,我们最深的恐惧是能力超越了极限。
3楼2015-07-19 10:14:05
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huterx

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ultraq: 金币+5, 有帮助 2015-07-20 14:10:41
确实是很慢的 我算16个原子 32核也要两天多
4楼2015-07-19 14:30:32
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匿名

用户注销 (职业作家)

本帖仅楼主可见
5楼2015-07-23 09:19:57
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ultraq

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zyl雨田 at 2015-07-23 09:19:57
关键是看一个晶胞的原子数
EDIFF不用这么高的 20个核 比我这边的计算资源还略强一些。一个晶胞44个 88个原子我们都算过来了 楼主耐心

谢谢!
6楼2015-07-23 09:38:07
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