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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] lammps与vmd 已有2人参与

如何用lammps生成可以用vmd可视化的文件,文件是什么类型的,生成后如何在vmd中运行?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id,custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

OK,我再试下~

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2015-07-15 08:15:03
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xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
文件可以用dump生成,一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可,或可用tk console命令读入。
2楼2015-07-14 07:30:02
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-14 07:30:02
文件可以用dump生成,一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可,或可用 ...

还是生不成……
3楼2015-07-14 21:42:32
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yy8790

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
试试 load file ---> determine file type [选择 lammps trajectory]
4楼2015-07-15 02:13:33
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