应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps与vmd
51/1返回列表
查看: 3475  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] lammps与vmd 已有2人参与

如何用lammps生成可以用vmd可视化的文件，文件是什么类型的，生成后如何在vmd中运行？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

LAMMPS学习交流

» 猜你喜欢
1楼 2015-07-14 00:37:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-14 07:30:02
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用 ...

还是生不成……
回复此楼
3楼2015-07-14 21:42:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用tk console命令读入。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-07-14 07:30:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yy8790

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试 load file ---> determine file type [选择 lammps trajectory]
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-15 02:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-14 21:42:32
还是生不成……...

dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一次。
dump_${mytemp}k.lammpstrj是轨迹文件名。id type x y z是原子坐标信息。
最后两个compute的值是我计算甄别位错和层错的
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2015-07-15 07:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +7 自由煎饼果子 2026-03-16 7/350 2026-03-22 22:40 by ACS Nano——
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +4 幸运的酱酱 2026-03-22 5/250 2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 一志愿中南化学（0703）总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 17/850 2026-03-22 15:18 by 脱颖而出
[考研] 354求调剂 +7 Tyoumou 2026-03-18 10/500 2026-03-22 11:11 by 人来盛
[考研] 生物学一志愿985，分数349求调剂 +4 zxts12 2026-03-21 7/350 2026-03-22 09:57 by zxts12
[考研] 一志愿华中科技大学071000，求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 22 350 本科985求调剂，求老登收留 +3 李轶男003 2026-03-20 3/150 2026-03-21 13:28 by 搏击518
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 初始318分求调剂（有工作经验） +3 1911236844 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 322求调剂 +4 然11 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:12 by luoyongfeng
[考研] 295复试调剂 +8 简木ChuFront 2026-03-19 8/400 2026-03-20 20:44 by zhukairuo
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭