应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps与vmd
101/1返回列表
查看: 3481  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] lammps与vmd 已有2人参与

如何用lammps生成可以用vmd可视化的文件，文件是什么类型的，生成后如何在vmd中运行？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

LAMMPS学习交流

» 猜你喜欢
1楼 2015-07-14 00:37:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用tk console命令读入。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-07-14 07:30:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-14 07:30:02
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用 ...

还是生不成……
回复此楼
3楼2015-07-14 21:42:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yy8790

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试 load file ---> determine file type [选择 lammps trajectory]
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-15 02:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-14 21:42:32
还是生不成……...

dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一次。
dump_${mytemp}k.lammpstrj是轨迹文件名。id type x y z是原子坐标信息。
最后两个compute的值是我计算甄别位错和层错的
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2015-07-15 07:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

OK，我再试下～

[ 发自小木虫客户端 ]
回复此楼
6楼2015-07-15 08:15:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yy8790 at 2015-07-15 02:13:33
试试 load file ---> determine file type

这个试过，不行的～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-15 08:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-15 08:15:03
OK，我再试下～
...

我生成的轨迹，在VMD中，怎么不能连续运动呢？？求指点？
赞一下 回复此楼
8楼2015-07-25 18:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
傲梅映雪: 金币+1 2015-07-27 10:42:38
引用回帖:
8楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-25 18:35:11
我生成的轨迹，在VMD中，怎么不能连续运动呢？？求指点？...

不能连续运动可能因为是每1000步输出一次，所以看着有点断？
试着调小输出步长，比如改成100，或者更小。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2015-07-27 07:24:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

在自己的电脑生不成lammpstrj文件，在别人的电脑可以生成，真不知道该咋办？
赞一下 回复此楼
10楼2015-07-29 10:32:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 傲梅映雪 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 352求调剂 +3 大米饭！ 2026-03-22 3/150 2026-03-22 23:28 by king123！
[考研] 306求调剂 +6 chuanzhu川烛 2026-03-18 6/300 2026-03-22 19:39 by 公瑾逍遥
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 17/850 2026-03-22 15:18 by 脱颖而出
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:12 by 朱芷琳
[考研] 280求调剂 +11 咕噜晓晓 2026-03-18 12/600 2026-03-21 22:40 by ACS Nano——
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 302求调剂 +12 呼呼呼。。。。 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:29 by ColorlessPI
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂！ +3 不想理你 2026-03-16 3/150 2026-03-21 03:59 by JourneyLucky
[考研] 机械专硕299求调剂至材料 +3 kkcoco25 2026-03-16 4/200 2026-03-21 03:52 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +10 慕寒mio 2026-03-16 10/500 2026-03-19 15:26 by 丁丁*
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭