应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps与vmd
51/1返回列表
查看: 3715  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] lammps与vmd 已有2人参与

如何用lammps生成可以用vmd可视化的文件，文件是什么类型的，生成后如何在vmd中运行？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

LAMMPS学习交流

» 猜你喜欢
1楼 2015-07-14 00:37:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

在自己的电脑生不成lammpstrj文件，在别人的电脑可以生成，真不知道该咋办？
赞一下 回复此楼
10楼2015-07-29 10:32:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用tk console命令读入。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-07-14 07:30:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-14 07:30:02
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用 ...

还是生不成……
回复此楼
3楼2015-07-14 21:42:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yy8790

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试 load file ---> determine file type [选择 lammps trajectory]
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-15 02:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +5 瞬息宇宙 2026-08-12 5/250 2026-08-13 07:13 by athenadai219
[基金申请] FileCode能看出啥？ +8 要乐观耀哥 2026-08-10 23/1150 2026-08-13 00:35 by 要乐观耀哥
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 不应该看fileCode +5 且听虎啸 2026-08-12 6/300 2026-08-12 16:26 by Tide man
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭