应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps与vmd
101/1返回列表
查看: 3495  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] lammps与vmd 已有2人参与

如何用lammps生成可以用vmd可视化的文件，文件是什么类型的，生成后如何在vmd中运行？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

LAMMPS学习交流

» 猜你喜欢
1楼 2015-07-14 00:37:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用tk console命令读入。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-07-14 07:30:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-14 07:30:02
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用 ...

还是生不成……
回复此楼
3楼2015-07-14 21:42:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yy8790

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试 load file ---> determine file type [选择 lammps trajectory]
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-15 02:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-14 21:42:32
还是生不成……...

dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一次。
dump_${mytemp}k.lammpstrj是轨迹文件名。id type x y z是原子坐标信息。
最后两个compute的值是我计算甄别位错和层错的
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2015-07-15 07:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

OK，我再试下～

[ 发自小木虫客户端 ]
回复此楼
6楼2015-07-15 08:15:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yy8790 at 2015-07-15 02:13:33
试试 load file ---> determine file type

这个试过，不行的～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-15 08:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-15 08:15:03
OK，我再试下～
...

我生成的轨迹，在VMD中，怎么不能连续运动呢？？求指点？
赞一下 回复此楼
8楼2015-07-25 18:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
傲梅映雪: 金币+1 2015-07-27 10:42:38
引用回帖:
8楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-25 18:35:11
我生成的轨迹，在VMD中，怎么不能连续运动呢？？求指点？...

不能连续运动可能因为是每1000步输出一次，所以看着有点断？
试着调小输出步长，比如改成100，或者更小。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2015-07-27 07:24:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

在自己的电脑生不成lammpstrj文件，在别人的电脑可以生成，真不知道该咋办？
赞一下 回复此楼
10楼2015-07-29 10:32:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 傲梅映雪 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 324求调剂 +3 hanamiko 2026-03-26 3/150 2026-03-26 21:00 by sanrepian
[考研] 321求调剂 +6 wasdssaa 2026-03-26 6/300 2026-03-26 20:57 by sanrepian
[考研] 一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂 +3 举个栗子oi 2026-03-24 4/200 2026-03-26 20:49 by sanrepian
[考研] 349求调剂 +3 杰斯塔里斯 2026-03-21 3/150 2026-03-26 20:47 by fmesaito
[考研] 324求调剂 +4 wysyjs25 2026-03-21 4/200 2026-03-26 20:38 by fmesaito
[考研] 【双一流院校新能源、环境材料，材料加工与模拟招收大量调剂】 +4 Higraduate 2026-03-22 8/400 2026-03-26 20:34 by Higraduate
[考研] 287求调剂 +4 land xuxu 2026-03-26 4/200 2026-03-26 19:55 by peike
[考研] 0703化学338求调剂！ +4 Zuhui0306 2026-03-26 4/200 2026-03-26 19:07 by macy2011
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 寻找调剂 +5 倔强芒? 2026-03-21 8/400 2026-03-26 13:25 by 0906ljy
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 招08考数学 +8 laoshidan 2026-03-20 17/850 2026-03-25 17:52 by 一个红太阳
[考研] 求b区院校调剂 +4 周56 2026-03-24 5/250 2026-03-25 17:12 by yishunmin
[考研] 材料292调剂 +8 橘颂思美人 2026-03-23 8/400 2026-03-24 16:33 by laoshidan
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程（085601） +5 WW.' 2026-03-23 7/350 2026-03-24 14:50 by sprinining
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭