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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] lammps与vmd 已有2人参与

如何用lammps生成可以用vmd可视化的文件，文件是什么类型的，生成后如何在vmd中运行？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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1楼 2015-07-14 00:37:05
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xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用tk console命令读入。
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2楼2015-07-14 07:30:02
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-14 07:30:02
文件可以用dump生成，一般可用dump custom 文件名.lammpstrj. 中间一些参数和感兴趣的变量自己选取。
不过一定要输出每个原子的变量。全局变量不可用dump输出
VMD可读lammpstrj格式的文件。把文件拖入即可，或可用 ...

还是生不成……
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3楼2015-07-14 21:42:32
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yy8790

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试 load file ---> determine file type [选择 lammps trajectory]
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4楼2015-07-15 02:13:33
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xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-14 21:42:32
还是生不成……...

dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一次。
dump_${mytemp}k.lammpstrj是轨迹文件名。id type x y z是原子坐标信息。
最后两个compute的值是我计算甄别位错和层错的
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5楼2015-07-15 07:25:05
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

OK，我再试下～

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2015-07-15 08:15:03
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yy8790 at 2015-07-15 02:13:33
试试 load file ---> determine file type

这个试过，不行的～

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2015-07-15 08:15:32
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-15 08:15:03
OK，我再试下～
...

我生成的轨迹，在VMD中，怎么不能连续运动呢？？求指点？
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8楼2015-07-25 18:35:11
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xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
傲梅映雪: 金币+1 2015-07-27 10:42:38
引用回帖:
8楼: Originally posted by 傲梅映雪 at 2015-07-25 18:35:11
我生成的轨迹，在VMD中，怎么不能连续运动呢？？求指点？...

不能连续运动可能因为是每1000步输出一次，所以看着有点断？
试着调小输出步长，比如改成100，或者更小。
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9楼2015-07-27 07:24:08
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傲梅映雪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-07-15 07:25:05
dump                  2 all custom 1000 dump_${my_temp}k.lammpstrj id type x y z c_myCNA c_myCentro
dump_modify                2 sort id
这两句是我生成轨迹文件的命令。2是dump的id，custom为自定义格式。1000是指每run1000步输出一 ...

在自己的电脑生不成lammpstrj文件，在别人的电脑可以生成，真不知道该咋办？
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10楼2015-07-29 10:32:03
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