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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » blast比对结果
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黑色气球

新虫 (初入文坛)

[求助] blast比对结果 已有4人参与

我从土壤里分出的一株未知菌，进行16Srdna的扩增，引物用的27f,1492r。然后测序鉴定，将序列结果在NCBI里面比对，却有三种菌的比对结果相似性都达到了100%，这个我怎么鉴定呀，求大神指教blast比对结果
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1楼 2015-07-05 11:06:32
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
黑色气球: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2015-07-07 16:00:12
选S开头的那个菌属。
你看你截图的页面，大多数都是S属的，最靠谱！另外2个菌都只有零星的一条，我猜测可能是提交错误。
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2楼2015-07-05 19:55:08
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黑色气球

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2015-07-05 19:55:08
选S开头的那个菌属。
你看你截图的页面，大多数都是S属的，最靠谱！另外2个菌都只有零星的一条，我猜测可能是提交错误。

提交错误是什么意思呢
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3楼2015-07-05 21:11:23
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yuanbo934

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S只能鉴定到属不能鉴定到种，需要生理生化，脂肪酸含量等指标才能到种。
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4楼2015-07-06 09:43:37
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黑色气球

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuanbo934 at 2015-07-06 09:43:37
16S只能鉴定到属不能鉴定到种，需要生理生化，脂肪酸含量等指标才能到种。

我现在就只是想鉴定到属，但是根据这样的结果还是不能确定属呢
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5楼2015-07-06 14:26:58
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肥猫p

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑色气球 at 2015-07-05 21:11:23
提交错误是什么意思呢...

就是说序列其实应该是S属，但是提交人员以为是P或X属，所以你blast出来。大部分都是S属，但是有零星2条显示的是别的属。你也看见了，大部分结果都是S属，所以你的菌就是应该是Stenotrophomonas - 寡养单胞菌属
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6楼2015-07-06 15:35:14
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爱睡猪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
6楼: Originally posted by 肥猫p at 2015-07-06 15:35:14
就是说序列其实应该是S属，但是提交人员以为是P或X属，所以你blast出来。大部分都是S属，但是有零星2条显示的是别的属。你也看见了，大部分结果都是S属，所以你的菌就是应该是Stenotrophomonas - 寡养单胞菌属...

你这不是误导么，blast还有提交人员？
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ControlMyself
7楼2015-07-07 08:27:42
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
黑色气球: 金币+2, ★有帮助 2015-07-07 16:01:02
从来没遇到这样的情况啊。。。。你试试重新设计一对因为重新PCR下再测序，如果2次都这样就没办法了。。。一般情况下，BLAST出来的菌属大致应该差不多的。这啥情况啊，基本可以推测你的目标菌应该是寡营养单胞菌属的。。。建议再p一次
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8楼2015-07-07 08:54:44
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肥猫p

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 爱睡猪 at 2015-07-07 08:27:42
你这不是误导么，blast还有提交人员？...

我说的是提交序列到genbank。blast出来的序列是哪来的，不都是大家提交到genbank的么
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9楼2015-07-07 10:37:39
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qurande

金虫 (小有名气)
直接送中科院做鉴定就得啦，而且给你出一份鉴定证书，权威！！
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10楼2015-07-08 16:07:05
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