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| 我从ncbi的GEO中下载我要的数据CEL格式，无法打开，我要要怎么打开 ？ |
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rainbow3311
铁虫 (小有名气)
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- 在线: 62.3小时
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- 注册: 2012-12-04
- 专业: 生物电子学与生物信息处理
3楼2020-06-13 16:26:39
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写了份代码，用于处理大约10GB的cel文件的。参考了楼主的帖子。将目录下的全部cel文件读取并且转成txt，并且在原文件名后去掉后缀加上txt扩展名重新输出到同一文件夹。 电脑正在跑这个批处理，调试无报错。 library(affy) setwd("C:/Rdata/MM559/GSE24080"  dir.files<-list.files(path = "C:/Rdata/MM559/GSE24080" ,pattern="*.CEL" ) count<-length(dir.files) dir.names<-dir.files for (i in 1:count){ AffyData<-ReadAffy(filenames = dir.files) strsplit(dir.names,split="\\." dir.names<-base::paste(dir.names,".txt" exprsSet.RMA<-rma(AffyData) exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA) exprsSet.MAS5<-mas5(AffyData) write.exprs(exprsSet.MAS5, file=dir.names) } 复制代码 这是我刚找到的别人的回复，用r语言 |
2楼2018-08-30 21:24:21
