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铁首星空1

铜虫 (小有名气)

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专业: 实验动物学

[求助] 求助，如何打开CEL文件已有1人参与

我从ncbi的GEO中下载我要的数据CEL格式，无法打开，我要要怎么打开？

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1楼 2015-06-26 19:20:09

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飞翔者1

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 3794283
注册: 2015-04-07
专业: 细胞增殖、生长与分化

写了份代码，用于处理大约10GB的cel文件的。参考了楼主的帖子。将目录下的全部cel文件读取并且转成txt，并且在原文件名后去掉后缀加上txt扩展名重新输出到同一文件夹。
电脑正在跑这个批处理，调试无报错。

library(affy)
setwd("C:/Rdata/MM559/GSE24080"

dir.files<-list.files(path = "C:/Rdata/MM559/GSE24080" ,pattern="*.CEL" )
count<-length(dir.files)
dir.names<-dir.files
for (i in 1:count){
AffyData<-ReadAffy(filenames = dir.files)
strsplit(dir.names,split="\\."

dir.names<-base::paste(dir.names,".txt"

exprsSet.RMA<-rma(AffyData)
exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA)
exprsSet.MAS5<-mas5(AffyData)
write.exprs(exprsSet.MAS5, file=dir.names)
}
复制代码

这是我刚找到的别人的回复，用r语言