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铁首星空1

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助,如何打开CEL文件 已有1人参与

我从ncbi的GEO中下载我要的数据CEL格式,无法打开,我要要怎么打开 ?
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飞翔者1

新虫 (初入文坛)

写了份代码,用于处理大约10GB的cel文件的。参考了楼主的帖子。将目录下的全部cel文件读取并且转成txt,并且在原文件名后去掉后缀加上txt扩展名重新输出到同一文件夹。
电脑正在跑这个批处理,调试无报错。

library(affy)
setwd("C:/Rdata/MM559/GSE24080"
dir.files<-list.files(path = "C:/Rdata/MM559/GSE24080" ,pattern="*.CEL" )
count<-length(dir.files)
dir.names<-dir.files
for (i in 1:count){
AffyData<-ReadAffy(filenames = dir.files)
strsplit(dir.names,split="\\."
dir.names<-base::paste(dir.names,".txt"
exprsSet.RMA<-rma(AffyData)
exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA)
exprsSet.MAS5<-mas5(AffyData)
write.exprs(exprsSet.MAS5, file=dir.names)
}
复制代码

这是我刚找到的别人的回复,用r语言
2楼2018-08-30 21:24:21
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rainbow3311

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

GEO数据库中的CEL文件通常是用R语言的读取,只需要安装R软件即可完成读取和分析流程,网上有很多教程,简单易懂。
3楼2020-06-13 16:26:39
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