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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】关于模拟盒和边界条件问题(硬着头皮继续问)
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素婕求学

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2008-7-30 11:12:
您说的设定真空层，在分子动力学的模拟计算中会影响哪些步骤的计算吗？
真空层方向取尽可能大，那原子在这个方面运动不会受到阻碍，那和没有加模拟盒，在这个方向一样可以实现这样的运动形式有什么区别呢？
—— ...

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非常谢谢您这么耐心的解答

我明白你说的真空层的意义了，这个真空层应该是对表面问题的研究非常重要
如果不涉及到表面问题时，这个真空层的作用会比较难体现出来吧
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11楼2008-07-30 11:31:04
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素婕求学

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yzhhlq_1983 at 2008-7-30 11:21:
赞一个 lei0736 很耐心
如果是使用自由边界条件来考察纳米颗粒的时候，原理上来讲确实是不需要盒子的边长代入计算的，也就是说可以没有它。
一般的模拟软件都会要求你设定它的大小，最好是大于你纳米颗粒的尺度 ...

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呵呵，也谢谢你的解答

因为我没有用过模拟软件，现在都是自己编的程序，很多地方都靠自己琢磨，很多时候都觉得概念不够清楚。现在调试的程序很难达到热平衡，分析下来我觉得应该是边界问题的处理方面有错，所以过来请教各位高手呀~~~~~~~~
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12楼2008-07-30 11:36:07
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
我明白你说的真空层的意义了，这个真空层应该是对表面问题的研究非常重要
如果不涉及到表面问题时，这个真空层的作用会比较难体现出来吧
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我说的真空层是为了理解自由边界条件 也就是说适用自由周期边界条件的就对应物理模型上的有表面或者纳米颗粒情形
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13楼2008-07-30 12:13:51
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★
spur(金币+3,VIP+0):感谢帮助！～辛苦了！！
因为我没有用过模拟软件，现在都是自己编的程序，很多地方都靠自己琢磨，很多时候都觉得概念不够清楚。现在调试的程序很难达到热平衡，分析下来我觉得应该是边界问题的处理方面有错，所以过来请教各位高手呀~~~~~~~~
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一看就是自己编程的 呵呵 我自己也是编程的 所以了解其中的艰辛
找本基础的中文书看看吧 都是翻译的 上手容易
我发过一系列电子书 可以点我的论坛文集查看

自己编程要注意很多细节 周期啊 近邻啊 势函数啊 求导啊 。。。
有很多开源的代码下载 可以参考或者大段复制 前提是了解各个子程序或模块的作用
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14楼2008-07-30 12:17:29
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素婕求学

铁虫 (小有名气)
一看就是自己编程的 呵呵 我自己也是编程的 所以了解其中的艰辛
找本基础的中文书看看吧 都是翻译的 上手容易
我发过一系列电子书 可以点我的论坛文集查看

自己编程要注意很多细节 周期啊 近邻啊 势函数啊 求导啊 。。。
有很多开源的代码下载 可以参考或者大段复制 前提是了解各个子程序或模块的作用
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非常谢谢你，you are so nice~~~~~~~~~~

我有看到你发的电子书的帖子，也下载了很多呢！其实我很早就看过分子动力学的相关书了，只是一直都是自己摸索，可能在理解上出现了偏差，现在终于找到一个可以向大侠们请教的地方了，感觉像找到了救星呀，哈哈~~~~~

你说的开源代码下载，我倒是没有看到什么，你有什么可以推荐的吗？

再次叩谢大侠！！！！！！！！！！！！！！！！！！
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15楼2008-07-31 00:50:35
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
LAMMPS
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MOLDY
DYNAMO
XMD
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16楼2008-07-31 10:30:28
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素婕求学

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2008-7-31 10:30:
LAMMPS
DL-POLY
MOLDY
DYNAMO
XMD

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Thank you so much~
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17楼2008-08-01 00:55:54
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