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杨仔儿

木虫 (著名写手)

[求助] PMD-19-t载体连接问题,真心求助 已有18人参与

目的基因500多bp,pcr用的酶是:Premix Taq (TaKaRa Taq Version 2.0 plus dye),胶回收后连接,怎么都连接不上,求帮助。
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+5, 鼓励回帖交流 2015-06-23 21:58:38
转化后可以提质粒跑胶检测大小,那说明LZ的平板上还是长出来假阳性转化子了,平板上能有多少转化子? T载体和连接酶都是新的还是在冰箱里放了很久的东西?
1.如果转化子较多的话有必要做个蓝白斑筛选,筛查一下你的T载体有问题没有。以平板上深蓝色转化子作为计算自连率的标准。
2.如果转化子就那么几个,感受态做一个阳性对照,排除感受态的问题后,还是要从基因载体的浓度和比例以及连接条件上入手:
按照pmd18t的推荐体系:10ul体系:0.03pmol载体:0.1—0.3pmol基因+5ul solutionI  
按照NEB的体系:20ul体系:0.02pmol载体:0.06pmol基因+10X T4 ligase buffer+1ul ligase
因此,你的基因如果真是70ng/ul的话,2ul就高达0.42pmol的浓度,基因过多反而会降低基因与载体的接触效率,其次我不知道LZ你的2Xbuffer从哪里来的,一般都是10Xbuffer,管子打开一股浓浓的DTT味道才对,连接buffer那么稀很难保证长期存放的效果。连接效率低的问题多半在此!
      至于连接条件的优化,如果遇到很难连接的体系,我一般会尝试二次连接,以Takara10ul连接体系为例,按照上述体系16度过夜连接,早上补加连接酶和连接buffer稀释到20ul,16度8h 或25度4h,下午3管并1管与感受态混合转化,转化子只多不少。
3. 如果上述筛查不解决问题的话,只能说明基因没加上A,将PCR产物加入rTaq及buffer 补加10mM dATP 72度30min加A处理!~
大家相互帮助哈
11楼2015-06-23 21:44:21
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
连接时间不是问题,因为基因不大,体系也不是大问题,因为是做TA克隆…可以这样再试试…
1回收产物要加a
2换用新的T载体
3连接体系在加等量的solution1之前可以50度   5分钟,后冰上五分钟…
4尝试PCR产物直接回收,不切胶…
5菌液PCR检测用载体通用引物更稳定…提取质粒也不便直接跑较检测,而要用酶切检测的方法…祝好运…

[ 发自小木虫客户端 ]
特别喜欢家门口开门的瞬间,宝宝那个高兴呀,蹦蹦跳跳,好不热闹!
14楼2015-06-23 22:23:48
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sundan611

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-06-25 22:07:41
回收模板浓度没问题的话,你就用宝生物的与PMD18T配套的buffer和连接酶,不用NEB的,
载体1ul 目的片段4ul 水5ul 16度连接过夜 连接做一个阳性对照 PMD18T试剂盒里有一个阳性对照
确定感受态没有问题
17楼2015-06-24 08:53:51
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li201018

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-06-25 22:07:10
胶回收产物一定要定量,按照载体:回收产物为1:3-1:10之间都好,最好16度过夜链接,10微升连接体系。祝好运!
低调!务实!
19楼2015-06-24 11:18:25
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普通回帖

jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
能不能说的具体点,你这样描述没法找原因啊。
123456
2楼2015-06-23 15:07:30
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杨仔儿

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-06-23 15:07:30
能不能说的具体点,你这样描述没法找原因啊。

我用的是takara公司的Premix Taq (TaKaRa Taq Version 2.0 plus dye)酶p我的目的基因(500多bp),之后胶回收,浓度在70ng/ul左右,用胶回收的目的基因和pmd-18载体连接,用NEB公司的连接酶10ul体系:载体1ul,目的基因2ul,2X的buffer 5ul,DNA连接酶 0.5ul,水1.5ul,在25度温度下连接2h,做菌液PCR没有条带,提质粒跑核酸电泳,用空载体对照,结果条带显示一致,就是没连接上。我也用过takara的连接体系,过夜连接,结果都是没连接上。
3楼2015-06-23 15:44:56
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杨仔儿

木虫 (著名写手)

就没有告诉一下的,
4楼2015-06-23 16:10:29
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杨仔儿

木虫 (著名写手)

好心人都去哪了
5楼2015-06-23 16:10:39
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flyy1986

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
洗脱buffer有没有用含EDTA的溶液

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2015-06-23 17:19:41
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杨仔儿

木虫 (著名写手)

有没有知道为什么的大神

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-06-23 17:20:03
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杨仔儿

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by flyy1986 at 2015-06-23 17:19:41
洗脱buffer有没有用含EDTA的溶液

哪一步洗脱?

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2015-06-23 17:26:43
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杨仔儿

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by flyy1986 at 2015-06-23 17:19:41
洗脱buffer有没有用含EDTA的溶液

胶回收和提质粒都直接用的无RNA酶水洗脱的

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2015-06-23 17:28:20
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-06-23 21:58:01
载体1微升,回收产物4微升体系试试。用漂洗液洗完回收柱后要充分晾干再洗脱。
10楼2015-06-23 20:20:32
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