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王平阳

金虫 (正式写手)

[交流] 在生物学中常见的一系列名词之间的关系 已有11人参与

一个虫友提出了一系列名词的像话关系,我突然发现自己也不是很清楚,根据我自己的理解作如下分析,希望虫友们批评指正并作补充:


DNA:不多说;
genome:一个物种的全部遗传物质,真核生物包括核基因和质基因;
gene:按最新的分子生物学解释,包括表达这个基因产物的全部DNA序列,包括ORF序列,内含子外显子,启动子,3'UTR,5'UTR,以及调控区;
ORF:在mRNA上从起始密码子到终止密码子之间的一段序列,该段序列可能编码蛋白质,也可能不编码;
CDS:能翻译成氨基酸序列的DNA序列,从起始密码子到终止密码子,也就是说CDS与所翻译的氨基酸序列存在严格的3对1的关系;
mRNA:基因转录后加工成熟用于翻译蛋白质的序列,包括ORF(此时ORF与CDS相同)序列,3'UTR,5'UTR,5'帽子及3'Poly (A)尾;
hnRNA:核不均一RNA,是指转录获得的最原始序列,没有经过任何加工,序列包含从转录起始位点到转录终止位点的全部序列;
cDNA:通过mRNA反转录所得,与mRNA序列互补的单链DNA或者与mRNA对应的DNA双链;
EST:表达序列标签,是指从一个随机选择的cDNA 克隆,进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp。由于cDNA文库的复杂性和测序的随机性,有时多个EST代表同一基因或基因组,将其归类形成EST簇(EST cluster);
几者关系:
1、DNA就是表示一段脱氧核糖核酸序列;
2、包含关系:gene ∈ genome;EST ∈ cDNA;CDS ∈ ORF;mRNA ∈ hnRNA
说明:基因组上包含若干基因,不多说;一段mRNA上可能包含很多个ORF(只要是以起始密码子开始,终止密码子结束),但是只有能翻译成蛋白质的ORF才能称之为CDS;EST序列是在随机测序过程中获得的cDNA序列的一部分;hnRNA需要经过加工,生成成熟的功能RNA,一条hnRNA可能加工成多条mRNA,也有可能不加工成mRNA而是其他功能RNA,如rRNA,tRNA,核酶等;
3、映射关系:mRNA & cDNA
mRNA与cDNA单链互补,且A与U互补
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yydd12345

新虫 (初入文坛)

非常感谢,赞一个
3楼2015-06-10 22:40:04
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Cindycclove

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大神你好,大神收下我的膝盖。
2楼2015-06-10 16:09:42
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南有乔木张恺

木虫 (正式写手)

感谢

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2015-06-18 22:58:41
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hiRachel

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
总结得真好!谢谢~请问在查Genebank中看到CDS 是jion(220..283,36346..36537,38017..38127,40678..40893,
42430..42501,42872..42943,44252..44318,49475..49499)的话,这个基因的3'UTR还是49500..最后,这个部分吗? join中间空出来的部分是什么呢? 期待您的回复! 谢谢呢
7楼2015-07-23 11:16:27
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