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王平阳

金虫 (正式写手)

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[交流] 在生物学中常见的一系列名词之间的关系已有11人参与

一个虫友提出了一系列名词的像话关系，我突然发现自己也不是很清楚，根据我自己的理解作如下分析，希望虫友们批评指正并作补充：

DNA：不多说；
genome：一个物种的全部遗传物质，真核生物包括核基因和质基因；
gene：按最新的分子生物学解释，包括表达这个基因产物的全部DNA序列，包括ORF序列，内含子外显子，启动子，3'UTR，5'UTR，以及调控区；
ORF：在mRNA上从起始密码子到终止密码子之间的一段序列，该段序列可能编码蛋白质，也可能不编码；
CDS：能翻译成氨基酸序列的DNA序列，从起始密码子到终止密码子，也就是说CDS与所翻译的氨基酸序列存在严格的3对1的关系；
mRNA:基因转录后加工成熟用于翻译蛋白质的序列，包括ORF（此时ORF与CDS相同）序列，3'UTR，5'UTR，5'帽子及3'Poly (A)尾；
hnRNA:核不均一RNA，是指转录获得的最原始序列，没有经过任何加工，序列包含从转录起始位点到转录终止位点的全部序列；
cDNA：通过mRNA反转录所得，与mRNA序列互补的单链DNA或者与mRNA对应的DNA双链；
EST：表达序列标签，是指从一个随机选择的cDNA 克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。由于cDNA文库的复杂性和测序的随机性，有时多个EST代表同一基因或基因组，将其归类形成EST簇（EST cluster)；
几者关系：
1、DNA就是表示一段脱氧核糖核酸序列；
2、包含关系：gene ∈ genome；EST ∈ cDNA；CDS ∈ ORF；mRNA ∈ hnRNA
说明：基因组上包含若干基因，不多说；一段mRNA上可能包含很多个ORF（只要是以起始密码子开始，终止密码子结束），但是只有能翻译成蛋白质的ORF才能称之为CDS；EST序列是在随机测序过程中获得的cDNA序列的一部分；hnRNA需要经过加工，生成成熟的功能RNA，一条hnRNA可能加工成多条mRNA，也有可能不加工成mRNA而是其他功能RNA，如rRNA，tRNA，核酶等；
3、映射关系：mRNA & cDNA
mRNA与cDNA单链互补，且A与U互补

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