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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 内部 atom type 是怎么分配和使用的
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gulubaozi

银虫 (小有名气)

[求助] lammps 内部 atom type 是怎么分配和使用的

以前一直做纯组元体系，最近想试试多元体系，lammps里的atom type 一下子就绊住了
lammps 内部 atom type 是怎么分配和使用的？
create_box ； create_atom basis ； 这些命令和atom type 有什么关系？

求大神解答？
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1楼 2015-06-08 21:25:37
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abinitio

版主 (著名写手)
说实话，没太看明白
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2楼2015-06-09 07:50:39
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-06-09 07:50:39
说实话，没太看明白

比如create_box命令里
create_box N region-ID keyword value ...
N = # of atom types to use in this simulation
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3楼2015-06-09 08:23:00
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-06-09 08:23:00
比如create_box命令里
create_box N region-ID keyword value ...
N = # of atom types to use in this simulation...

如果是2元，那就create_box 2 box 呀
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4楼2015-06-09 08:39:02
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abinitio at 2015-06-09 08:39:02
如果是2元，那就create_box 2 box 呀...

create_box         2        mix
lattice                fcc        3.49174763
create_atoms        1        region        fcc_Fe
lattice                bcc        2.851000
create_atoms         2        region        bcc_Fe

那我用上面的命令，最终得到的体系 region fcc_Fe 和 bcc_Fe 中的 atom type 一样吗？
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5楼2015-06-09 08:43:46
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abinitio

版主 (著名写手)
atom type 不是都定义为atomic 吗？
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6楼2015-06-09 08:58:13
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abinitio at 2015-06-09 08:58:13
atom type 不是都定义为atomic 吗？

atomic 指的是 atom_style

atom type最常见的位置是在dump 命令里

dump 1 custom ... id type mass ...

上面讨论中 我说的 atom type 应该指的是这个里边的type
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7楼2015-06-09 09:26:52
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abinitio at 2015-06-09 08:58:13
atom type 不是都定义为atomic 吗？

补充一下，如果我运行下面的指令：
create_box         1        mix
lattice                fcc        3.49174763
create_atoms        1        region        fcc_Fe
lattice                bcc        2.851000
create_atoms         2        region        bcc_Fe

lammps 就会报错:Invalid atom type in create_atoms command
也就是说两次 create_atom 时默认的是两种不同的 atom type 软件内部给的编号应该是 type # = 1 和 type # = 2
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8楼2015-06-09 10:57:01
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niaofei

铁虫 (初入文坛)
楼主看过这个么
http://sourceforge.net/p/lammps/mailman/message/22213770/
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9楼2015-06-09 13:32:53
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