| 查看: 9255 | 回复: 326 | |||||||
[交流]
陈连福NGS生物信息分析 2015暑期培训班招生简章
|
|||||||
|
陈连福NGS生物信息分析 2015暑期培训班招生简章 我是陈连福，华中农业大学博士研究生，研究方向是基因组分析。2005年步入生物技术专业，2010年接触生物信息学，到现在有4~5年的生物信息学经历了。 生物信息学包括的方面很广，其中高通量测序与分析是当前最热门的一类。现阶段的科研任务对高通量测序分析方面的需求量极大并保持快速增长。从大局上看：1. 测序技术非常成熟，我们能在一个月内以非常低廉的价格拿到非常好的测序结果；2. 高通量数据分析技术也非常成熟，我们几乎能找到可以满足我们任何生物学需求的分析软件。但是：1. 绝大部分高通量测序数据的分析软件需要在命令行下运行，这导致软件的学习门槛较高；2. 很多软件的正确使必须得有相应的生物学知识来指导，否则一些参数设置错误会到导致结果不准确，这导致软件的学习难度大； 3. 从软件的分析结果到用于发表文章的图表结果常常需要自行编写程序来解决；4. 一个生物信息项目一般需要分解成很过的分析步骤，由很多不同的生物信息学软件来分析。因此，生物信息学是一个很难并很有市场的学科。 由于生物信息学是一门新兴学科，生物信息分析软件种类繁多，同时具体的分析流程与方法较为缺乏。想要学习生物信息学的人员，大都需要自行摸索，很难找到合适的人员进行指导。有感于此，我将我的一些生物信息分析经验记录下来，形成了一本培训教材。主要包含各种生物信息学软件的具体使用方法。 我从2013年暑期第一期培训班起，在寒暑假陆续开班了数期培训班，反响非常好。通过培训班的集训学习，能少走弯路，将我多年的生物信息学经验在短时间内掌握，最后能熟练使用Linux系统，掌握各种生物信息学软件的使用原理和方法。 2015年暑期，我准备开办第四期培训班，以下是培训班介绍： 1. 培训规模 每次培训班成员数目<=30人。小班授课，手把手教会。 2. 报名方式 推荐淘宝拍下：http://item.taobao.com/item.htm?id=44989123045，在备注中填写上姓名，单位，联系电话。此外，也接受现金报名，直接联系陈连福，到其办公室缴费即可。 报名情况，可以电话询问陈连福本人：15337113306，也可以查询网址： http://www.chenlianfu.com/xueyuan 3. 培训时间与地点 培训地点：华中农业大学 培训时间：初步准备办 1～3 期培训，第一期 7.14～7.24； 第二期 7.26～8.5； 第三期 8.7～8.17 。举办的期数根据报名人员人数决定：最先报名的 30 人优先排第 1 期并可选择是否排第 2 期；后报名以此拍后面的期数；若报名人数较少或其它因素，则可能取消第 2，3 期，并全额退还学费。 4. 培训内容 参考陈连福编写的《NGS生物信息分析》。当然，本次培训的教材会更新不少内容的哦。 5. 培训收费 本次培训收费共 ￥1600.00元，住宿与交通费用自理，并无法开具发票（需要自行解决）。培训前会分发培训教材一本，培训用16G U盘一个，和适用于LINUX系统的无线网卡一枚。 推荐在华中农业大学继续教育学院旅店住宿。该旅店属于学校，离培训地点最近，住宿费用约180元/天。旅店房间由学生宿舍改建而成，有空调，电视机，都是双人间。推荐2人合住。 6. 培训方式 培训课全程上机操作，自带笔记本从安装Linux系统开始学习，手把手教会各种生物信息学软件的使用。 7. 培训内容 目录 1. 安装CENOS 6 64位系统 (X86_64) 1.1. 本次生物信息学培训的电脑硬件和软件要求 1.2. 下载CENOS系统 1.3. 将CENTOS系统刻录到DVD光盘上 1.4. 将CENTOS系统刻录到U盘上 1.5. 安装CENTOS系统 2. LINUX系统入门 2.1. LINUX与生物信息学 2.2. LINUX常用命令 2.3. CENTOS系统初装整理 3. 高通量测序技术简介 3.1. ROCHE/454测序技术 3.2. ILLUMINA测序技术 3.3. PACBIO测序技术 4. 高通量测序数据的质量控制 4.1. 高通量测序数据文件与格式 4.2. ROCHE/454测序数据的质量控制 4.3. ILLUMINA测序数据的质量控制 4.4. PACBIO测序数据的质量控制 5. 基因组DE NOVO组装 5.1. 基因组DE NOVO组装原理 5.2. 使用GCE进行基因组评估 5.3. 使用NEWBLER进行基因组DE NOVO 组装 5.4. 使用SOAPDENOVO进行基因组DE NOVO组装 5.4. 使用ALLPATHS-LG进行基因组DE NOVO组装 5.5. 使用MASURCA进行基因组DE NOVO组装 5.6. 使用HGAP进行基因组DE NOVO组装 5.7. 基因组补洞 5.8. 基因组SCAFFOLD连接 5.9. 有参考基因组的基因组组装 6. 基因组的简单特征分析 6.1. 基因组的序列信息统计 6.2. 重复序列分析 6.3. SSR分析与引物批量设计 6.4. 非编码RNA分析 6.5. 次级代谢基因簇分析 7. 高通量测序数据比对 7.1. SAM格式介绍 7.2. 使用BOWTIE2进行比对 7.3. 使用BWA比对 7.4. 使用HISAT比对 7.5. 使用TOPHAT比对 7.6. 使用SAMTOOLS操作SAM文件 7.7. 使用PICARD操作SAM文件 8. VARIANTS 分析 8.1. VCF格式介绍 8.2. 使用GATK进行VARIANTS CALLING 8.3. 使用SAMTOOLS进行VARIANTS CALLING 8.4. 结合GATK和SAMTOOLS进行VARIANTS CALLING 9. 无参考基因组的转录组分析 9.1. 使用TRINITY进行转录组的DE NOVO组装 9.2. 差异表达分析 9.3. 使用TRANSDECODER预测蛋白编码区 10. 有参考基因组的转录组分析 10.1. 使用TRINITY进行有基因组指导的组装 10.2. 使用CUFFLINKS进行有参考基因组的基因表达分析 11. 真核生物基因组基因预测 11.1. GFF3格式介绍 11.2. 使用PASA进行基因预测 11.3. 使用AUGUSTUS进行基因预测 11.4. 使用SNAP进行基因预测 11.5. 使用GENEMARK-ES进行基因预测 11.6. 使用MAKER进行基因预测 11.7. 使用EVM整合基因预测结果 11.8. 使用PASA更新基因预测结果 11.9. 使用SPLICEGRAPHER进行可变剪接分析 12. 基因组的可视化 12.1. CIRCOS圈图制作 12.2. GBROWSE网页化展示 12.3. JBROWSE网页化展示 12.4. 使用WEBAPOLLO进行手工修正 13. 原核生物基因组上传NCBI与注释 14. 基因功能注释与富集分析 14.1. NR注释 14.2. SWISS-PROT注释 14.3. COG / KOG注释 14.4. CDD注释 14.5. INTERPRO注释 14.6. GO注释和富集分析 14.7. KEGG注释和PATHWAY富集分析 14.8. CAZYME注释 16. 比较基因组分析 16.1. 使用ORTHOMCL进行同源基因分析 16.2. 构建物种树 16.3. 使用R8S进行分子钟分析 16.4. 使用CAFE进行基因家族扩张分析 16.5. 使用MCSCAN进行共线性区块分析 16.6. 使用MUMMER对两个基因组进行比较 16.7. 使用MAUVE进行多基因组比较 17. 生物信息学相关杂技 17.1. PERL入门 17.2. MYSQL的简单运用 17.3. 简易搭建WWW服务器 17.4. 简易HTML网页制作 [ Last edited by lying_dragon on 2015-6-10 at 12:45 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 生物医药科研软件 | 科研&生活。 | 招生 | 肺癌 |
» 猜你喜欢
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有171人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
化工申博
已经有3人回复
-
申博自荐
已经有2人回复
-
广西民族大学化学化工学院化学工程与技术学硕，材料化工专硕调剂名额充足！
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
湖北文理学院，材料，化学，环境，机械，电子，工程等专业均可报名调剂！
+3/101
-
新加坡国立大学化学系刘小钢教授课题组招收博士生3-4名
+1/90
-
工学门类（前两位代码08）满足国家考研A区工科门类分数线要求的同学看过来
+1/51
-
盐城师范学院生物与医药（生物技术与工程领域）还有调剂名额
+1/37
-
北京理工大学（珠海）招收人工智能方向26级博士
+1/20
-
浙江理工大学蒋仲庆教授课题组招收物理或者材料背景研究生（调剂1名）
+1/16
-
省重点实验室招收调剂生（一志愿07开头专业），海洋生物专业名额充足
+1/15
-
26申博自荐（新能源电池方向）
+1/11
-
材料科学与工程、化学类学术硕士研究生最后调剂机会，有意请联系，非诚勿扰！
+1/9
-
重庆三峡科技大学物理电子学、场波专业接收调剂，考数二可调，系统开至4月10日
+1/9
-
广东石油化工学院生物与医药专硕仍有部分调剂名额，欢迎农，工，理和医学的同学调剂。
+1/9
-
省重点实验室招收07专业调剂生，海洋生物专业名额充足
+1/8
-
重庆三峡科技大学电磁场与微波技术专业接收调剂，考数二可调，系统4月13日开放
+1/8
-
中山大学邵晓剑课题组招收博士后（化学生物学、蛋白质组学、表观转录组学）
+1/7
-
复试调剂-招收调剂生（一志愿07开头专业），海洋生物专业4个名额
+1/7
-
26年医学外科专硕申博自荐
+1/6
-
福建理工大学学硕专业代码08开头还有调剂名额
+1/5
-
湖南农业大学化学学硕接收调剂
+2/4
-
湖南农业大学能源材料创新团队招收2026化学专业研究生（学硕）调剂
+1/2
-
长江师范学院 材料工程 招收调剂学生
+1/1
★
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
|
本帖内容被屏蔽 |
11楼2015-06-06 14:23:06
37楼2015-06-06 15:16:06
43楼2015-06-06 15:26:29
47楼2015-06-06 15:34:19
简单回复
dmbb2楼
2015-06-06 13:57
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
月伴沙滩3楼
2015-06-06 14:00
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
hzmmzh4楼
2015-06-06 14:03
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
2015-06-06 14:04
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
54smile晓6楼
2015-06-06 14:08
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
沐-浅夏7楼
2015-06-06 14:10
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
2015-06-06 14:14
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
2015-06-06 14:18
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
纳米材料75310楼
2015-06-06 14:21
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
一颗糖豆12楼
2015-06-06 14:28
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
， [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
xiejf13楼
2015-06-06 14:28
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
一
xiejf14楼
2015-06-06 14:28
回复
一
tzynew15楼
2015-06-06 14:29
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
zhaoyingjun16楼
2015-06-06 14:32
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
tzynew17楼
2015-06-06 14:33
回复
EEB11018楼
2015-06-06 14:35
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
EEB11019楼
2015-06-06 14:36
回复
gengxin6020楼
2015-06-06 14:38
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
赵鹏sky21楼
2015-06-06 14:41
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
JOEF22楼
2015-06-06 14:42
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
douguanqi23楼
2015-06-06 14:46
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
西北胡杨24楼
2015-06-06 14:51
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
neu23425楼
2015-06-06 14:54
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
1 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
xbcb26楼
2015-06-06 14:55
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
1508279445627楼
2015-06-06 14:55
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
假大空28楼
2015-06-06 14:58
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
xautldhldh29楼
2015-06-06 15:00
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
Biotage30楼
2015-06-06 15:04
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
jianing11931楼
2015-06-06 15:06
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
zwr_dut32楼
2015-06-06 15:07
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
sz_kebaoyuan33楼
2015-06-06 15:07
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
8wangle34楼
2015-06-06 15:08
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
小虫199235楼
2015-06-06 15:08
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
tingting198236楼
2015-06-06 15:09
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
落花剑雨38楼
2015-06-06 15:17
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
deweini39楼
2015-06-06 15:17
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
woxue_88840楼
2015-06-06 15:18
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
Emperor翔41楼
2015-06-06 15:23
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
1
an679742楼
2015-06-06 15:25
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
laozhu55744楼
2015-06-06 15:26
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
liubq0845楼
2015-06-06 15:27
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
I口_口||46楼
2015-06-06 15:33
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
sp228677048楼
2015-06-06 15:35
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
jixiangbao49楼
2015-06-06 15:38
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
xinxinxuezi50楼
2015-06-06 15:40
回复
lying_dragon(金币+1): 谢谢参与
