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表面摩擦做平衡的若干问题 已有1人参与
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本人最近在用LAMMPS做摩擦，模型为z方向上下两个表面，x、y、z方向都赋予周期性边界条件，中间加水。我想在上下表面分别沿x轴正负方向运动的同时能在z方向做npt，使盒子在z方向有一定的伸缩以保证中间用于摩擦的水的压强不变。但是在做平衡时，赋予所有原子初速度并在z方向npt，为上下表面赋予定时位移后模型没能正常运动。请问可能是什么原因？另外脚本有无其它问题？下面是我做平衡的脚本，新手上路，请大家多多批评指正！ ########################## # Initialization #------------------------- boundary p p p units real #------------------------------ # Force field specifications #------------------------------ atom_style full bond_style harmonic angle_style charmm dihedral_style charmm pair_style lj/charmm/coul/charmm 10 12 pair_modify mix arithmetic neigh_modify every 2 delay 10 check yes special_bonds charmm #---------------- # Read geometry #---------------- read_data solved_d10.data #--------------------- # Define Groups #--------------------- group water type 1 10 group wato type 10 group allsulfur type 7 group uppersurf molecule <> 49 96 group lowersurf molecule <> 1 48 group uppersulfur intersect allsulfur uppersurf group lowersulfur intersect allsulfur lowersurf group uppernosulfur subtract uppersurf uppersulfur group lowernosulfur subtract lowersurf lowersulfur group pControl union lowernosulfur uppernosulfur water group twosurfs union lowersurf uppersurf #--------------------- # Fix all sulfur atoms #--------------------- fix fixsulfur allsulfur setforce 0.0 0.0 0.0 #-------------- # Minimization #-------------- min_style sd minimize 0.0 1.0e-8 1000 100000 #----------------------- # Initialize velocities #----------------------- velocity all create 10.0 4928459 rot yes mom yes dist gaussian #--------------------- # Shake all H atoms #--------------------- fix shakeH all shake 0.0001 20 0 m 1.0 a 11 #--------------------- ## Set Shear Velocity ##--------------------- variable xu equal vdisplace(0.0,0.0001) variable xl equal vdisplace(0.0,-0.0001) fix vu uppersurf move variable v_xu NULL NULL NULL NULL NULL fix vl lowersurf move variable v_xl NULL NULL NULL NULL NULL #-------------------------------- # Define the integration method #-------------------------------- fix 1 all npt temp 10.0 300.0 100.0 z 1.0 1.0 1000.0 #------------------------------- # Customize output infomration #------------------------------- thermo 10000 thermo_style multi dump mydump all atom 10000 trjequil.lammpstrj restart 500000 res.equil 附件中是模型视图  |
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