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xuxul

金虫 (初入文坛)

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[求助] 分子动力学模拟，如何计算需要加入的离子个数？已有1人参与

在gromacs软件运行过程中，对于离子的加入，个数是如何计算的？
我看到《水中的溶菌酶》教程中说“pdb2gmx 的输出文件告诉我们这个蛋白质包含+8e 的静电荷(由于它的氨基酸组成)。如果你忽略了pdb2gmx 输出文件的这个信息，可以看看你的 topol.top 文件中的最后一行，它将显示“qtot 8.”. 因为生命中不存在静电荷，所以我们需要往我们的系统里面添加离子。”而在《Gromacs初学者写给初学者的心得，欢迎大家交流，指正》（http://dxli75.blog.163.com/blog/static/1067682892008719535025/）中看到“下面是加入离子的个数，一般我们要求NaCl是0.1m/l，就是说600个水分子加Na+ Cl-各一个。好，上面记录的水分子个数有用了，计算一下需要多少，如果有困难，可以问小学生”。
因此，我想问一下，这个添加的离子个数依据是什么？个数的多少是如何计算的？如果NaCl是1m/l，加入离子个数又该如何计算呢？
在此谢谢大家

引用的之前的帖子，再次咨询一下。http://muchong.com/html/201407/7685683.html。感谢大家。

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1楼2015-05-08 14:45:39

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阿七TANK

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性别: GG
专业: 生物物理化学

在定义好的盒子内加入水后，使用genion命令，如下
genion -s *.tpr -c *.gro -p *.top -pname Na -np 阳离子数 -nname Cl 目 -nn 阴离子数目

希望加群387112320，我们一起探索分子模拟之路，里面有专业的科研人士助你分子模拟学习的快速进步