| 查看: 2264 | 回复: 6 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
分子动力学模拟，如何计算需要加入的离子个数？ 已有1人参与
|
||
|
在gromacs软件运行过程中，对于离子的加入，个数是如何计算的？ 我看到《水中的溶菌酶》教程中说“pdb2gmx 的输出文件告诉我们这个蛋白质包含+8e 的静电荷(由于它的氨基酸组成)。如果你忽略了pdb2gmx 输出文件的这个信息，可以看看你的 topol.top 文件中的最后一行，它将显示“qtot 8.”. 因为生命中不存在静电荷，所以我们需要往我们的系统里面添加离子。”而在《Gromacs初学者写给初学者的心得，欢迎大家交流，指正》（http://dxli75.blog.163.com/blog/static/1067682892008719535025/）中看到“下面是加入离子的个数，一般我们要求NaCl是0.1m/l，就是说600个水分子加Na+ Cl-各一个。好，上面记录的水分子个数有用了，计算一下需要多少，如果有困难，可以问小学生”。 因此，我想问一下，这个添加的离子个数依据是什么？个数的多少是如何计算的？如果NaCl是1m/l，加入离子个数又该如何计算呢？ 在此谢谢大家 引用的之前的帖子，再次咨询一下。http://muchong.com/html/201407/7685683.html。感谢大家。 |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂推荐
已经有3人回复
-
085400电子信息类（川大控制工程）求调剂可跨专业 求老师联系
已经有6人回复
-
材料工程281还有调剂机会吗
已经有42人回复
-
290调剂生物0860
已经有36人回复
-
273求调剂
已经有6人回复
-
药学305求调剂
已经有6人回复
-
求调剂学校
已经有12人回复
-
山东省基金2026
已经有8人回复
-
求助调剂，跨调
已经有19人回复
-
求调剂
已经有13人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- vasp计算分子动力学温度变化不正常
已经有15人回复
- 模拟盒子里面水分子数目问题？？
已经有5人回复
- 高分子模拟软件探讨
已经有9人回复
- 分子动力学模拟计算自由能都有哪些方法？
已经有4人回复
- 最近在学习分子动力学模拟，不知道castep跑分子动力学效果如何呢？
已经有12人回复
- 模拟中的密度计算
已经有3人回复
- 急求解答，关于力场的电荷参数！！！
已经有4人回复
- Gaussian中怎么设定金属离子的带电等问题
已经有3人回复
- DS跑动力学，带水分子的蛋白的水需要删掉吗？
已经有8人回复
- NPT系综动力学
已经有19人回复
- 各位大侠来帮忙，含金属离子的蛋白质进行分子动力学，怎么获得金属离子的参数信息啊
已经有5人回复
- 动力学计算过程：时间步长、步数一般设置为多少？
已经有10人回复
- gromacs计算示例
已经有3人回复
- 请教cp2k计算分子极性
已经有4人回复
- 关于势函数的求助
已经有23人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【活动】vasp计算分子动力学讨论合集及专贴（筹划中）
已经有33人回复
- 【原创】分子模拟实例与挑战专题之二加速能量与力的计算
已经有28人回复
- 【原创】vasp的分子动力学模拟
已经有44人回复
阿七TANK
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 71.2
- 散金: 320
- 帖子: 143
- 在线: 38.4小时
- 虫号: 3499957
- 注册: 2014-10-26
- 性别: GG
- 专业: 生物物理化学
6楼2015-07-16 16:12:28
 |
2楼2015-05-08 14:55:09
3楼2015-05-08 14:55:40
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6143.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700.9小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
5楼2015-05-10 14:25:55
20