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分子动力学模拟，如何计算需要加入的离子个数？已有1人参与
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在gromacs软件运行过程中，对于离子的加入，个数是如何计算的？ 我看到《水中的溶菌酶》教程中说“pdb2gmx 的输出文件告诉我们这个蛋白质包含+8e 的静电荷(由于它的氨基酸组成)。如果你忽略了pdb2gmx 输出文件的这个信息，可以看看你的 topol.top 文件中的最后一行，它将显示“qtot 8.”. 因为生命中不存在静电荷，所以我们需要往我们的系统里面添加离子。”而在《Gromacs初学者写给初学者的心得，欢迎大家交流，指正》（http://dxli75.blog.163.com/blog/static/1067682892008719535025/）中看到“下面是加入离子的个数，一般我们要求NaCl是0.1m/l，就是说600个水分子加Na+ Cl-各一个。好，上面记录的水分子个数有用了，计算一下需要多少，如果有困难，可以问小学生”。 因此，我想问一下，这个添加的离子个数依据是什么？个数的多少是如何计算的？如果NaCl是1m/l，加入离子个数又该如何计算呢？ 在此谢谢大家 引用的之前的帖子，再次咨询一下。http://muchong.com/html/201407/7685683.html。感谢大家。 |
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